PDB-7ov0: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-domain of human UMPS in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ov0

タイトル

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-domain of human UMPS in resting state at 0.95 Angstrom resolution

要素

Uridine 5'-monophosphate synthase

キーワード

LYASE / OMPD / UMPS / UMP

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.95 Å

データ登録者

Rindfleisch, S. / Rabe von Pappenheim, F.

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: Ground-state destabilization by electrostatic repulsion is not a driving force in orotidine-5-monophosphate decarboxylase catalysis
著者: Rindfleisch, S. / Krull, M. / Uranga, J. / Schmidt, T. / Rabe von Pappenheim, F. / Kirck, L.L. / Balouri, A. / Schneider, T. / Chari, A. / Kluger, R. / Bourenkov, G. / Diederichsen, U. / Mata, R.A. / Tittmann, K.

履歴

登録	2021年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ov0.cif.gz	192.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ov0.ent.gz	155.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ov0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ov0_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ov0_full_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示
XML形式データ	7ov0_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	7ov0_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ov0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ov0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yvkC 6yvlC 6yvmC 6yvnC 6yvoC 6ywtC 6ywuC 6zwyC 6zwzC 6zx0C 6zx1C 6zx2C 6zx3C 7am9C 7asqC 7oqfC 7oqiC 7oqkC 7oqmC 7oqnC 7otuC 7ouzC 7q1hC 2qcdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (4)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

A: Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.396, 116.562, 61.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-755- HOH

#1: タンパク質	Uridine 5'-monophosphate synthase / UMP synthase / Orotidine-5'-monophosphate decarboxylase 分子量: 28203.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS, OK/SW-cl.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11172, orotate phosphoribosyltransferase, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: Ammonium sulfate, Tris/HCl, Glutathion, Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.7653 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7653 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.95→42.45 Å / Num. obs: 172156 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.279 % / B_iso Wilson estimate: 12.276 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_rim(I) all: 0.037 / Χ²: 0.945 / Net I/σ(I): 18.05 / Num. measured all: 736718 / Scaling rejects: 9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
0.95-0.97	3.316	0.639	1.78	42469	12886	12806	0.681	0.76	99.4
0.97-1	3.594	0.491	2.49	44852	12549	12480	0.786	0.574	99.5
1-1.03	4.197	0.369	3.64	50986	12212	12148	0.897	0.42	99.5
1.03-1.06	4.379	0.258	5.17	51584	11864	11781	0.951	0.292	99.3
1.06-1.1	4.442	0.18	7.34	50572	11442	11386	0.976	0.203	99.5
1.1-1.14	4.469	0.133	9.87	49583	11138	11094	0.986	0.15	99.6
1.14-1.18	4.478	0.109	12	47976	10758	10714	0.991	0.123	99.6
1.18-1.23	4.449	0.094	13.89	45824	10368	10299	0.993	0.106	99.3
1.23-1.28	4.45	0.08	15.92	43686	9913	9817	0.995	0.09	99
1.28-1.34	4.424	0.068	18.33	41493	9519	9379	0.996	0.076	98.5
1.34-1.42	4.414	0.058	21.23	39220	9035	8886	0.997	0.065	98.4
1.42-1.5	4.351	0.052	24.12	36536	8580	8397	0.998	0.058	97.9
1.5-1.61	4.478	0.04	30.75	35249	8053	7872	0.998	0.045	97.8
1.61-1.73	4.538	0.035	35.1	33162	7534	7308	0.999	0.039	97
1.73-1.9	4.468	0.031	39.6	29840	6938	6678	0.999	0.034	96.3
1.9-2.12	4.439	0.026	44.29	26596	6311	5991	0.999	0.03	94.9
2.12-2.45	4.359	0.025	46.24	22971	5578	5270	0.999	0.028	94.5
2.45-3	4.488	0.023	48.8	20053	4741	4468	0.999	0.025	94.2
3-4.25	4.594	0.021	51.57	16001	3718	3483	0.999	0.024	93.7
4.25-42.45	4.247	0.022	50.05	8065	2138	1899	0.998	0.025	88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QCD

2qcd

解像度: 0.95→42.45 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 10.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1175	8501	4.94 %
R_work	0.105	163627	-
obs	0.1056	172128	98.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.74 Å² / B_iso mean: 14.1161 Å² / B_iso min: 5.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 0.95→42.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1975	0	92	353	2420
B_iso mean	-	-	20.08	28.28	-
残基数	-	-	-	-	258

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
0.95-0.96	0.3947	268	0.3654	5464	5732	99
0.96-0.97	0.3167	292	0.3079	5506	5798	99
0.97-0.98	0.2788	298	0.2678	5451	5749	99
0.98-1	0.2465	292	0.2315	5453	5745	100
1-1.01	0.2134	265	0.2019	5477	5742	99
1.01-1.02	0.2203	305	0.175	5487	5792	99
1.02-1.04	0.1536	276	0.153	5482	5758	99
1.04-1.05	0.1552	295	0.1384	5456	5751	99
1.05-1.07	0.1375	294	0.1243	5511	5805	100
1.07-1.09	0.1241	311	0.1148	5459	5770	99
1.09-1.11	0.1143	286	0.1056	5469	5755	100
1.11-1.13	0.1125	257	0.0993	5559	5816	100
1.13-1.15	0.1163	292	0.0986	5492	5784	100
1.15-1.17	0.1048	273	0.095	5493	5766	100
1.17-1.2	0.0939	312	0.0831	5484	5796	99
1.2-1.22	0.1016	301	0.0828	5479	5780	99
1.22-1.26	0.0932	283	0.0806	5471	5754	99
1.26-1.29	0.0998	288	0.0807	5485	5773	99
1.29-1.33	0.102	275	0.0783	5467	5742	99
1.33-1.37	0.0953	281	0.0776	5468	5749	98
1.37-1.42	0.0973	272	0.0774	5469	5741	98
1.42-1.48	0.1003	283	0.0815	5413	5696	98
1.48-1.54	0.0982	263	0.0785	5462	5725	98
1.54-1.62	0.0868	273	0.076	5458	5731	98
1.62-1.73	0.092	309	0.082	5363	5672	97
1.73-1.86	0.0909	269	0.0866	5402	5671	96
1.86-2.05	0.1008	259	0.0903	5353	5612	95
2.05-2.34	0.1063	269	0.097	5350	5619	95
2.34-2.95	0.1255	290	0.109	5336	5626	94
2.95-42.45	0.1314	270	0.1236	5408	5678	92

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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