PDB-7otu: Human OMPD-domain of UMPS in complex with 6-hydroxy-UMP at 0.95 A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7otu

タイトル

Human OMPD-domain of UMPS in complex with 6-hydroxy-UMP at 0.95 Angstroms resolution, crystal 2

要素

Isoform 2 of Uridine 5'-monophosphate synthase

キーワード

LYASE / OMPD / BMP / UMPS / Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.95 Å

データ登録者

Rindfleisch, S. / Rabe von Pappenheim, F. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: Ground-state destabilization by electrostatic repulsion is not a driving force in orotidine-5-monophosphate decarboxylase catalysis
著者: Rindfleisch, S. / Krull, M. / Uranga, J. / Schmidt, T. / Rabe von Pappenheim, F. / Kirck, L.L. / Balouri, A. / Schneider, T. / Chari, A. / Kluger, R. / Bourenkov, G. / Diederichsen, U. / Mata, R.A. / Tittmann, K.

履歴

登録	2021年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7otu.cif.gz	234.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7otu.ent.gz	193.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7otu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7otu_validation.pdf.gz	836.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7otu_full_validation.pdf.gz	836.5 KB	表示
XML形式データ	7otu_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	7otu_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7otu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/7otu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yvkC 6yvlC 6yvmC 6yvnC 6yvoC 6ywtC 6ywuC 6zwyC 6zwzC 6zx0C 6zx1C 6zx2C 6zx3C 7am9C 7asqC 7oqfC 7oqiC 7oqkC 7oqmC 7oqnC 7ouzC 7ov0C 7q1hC 2qcdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform 2 of Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isoform 2 of Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

A: Isoform 2 of Uridine 5'-monophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.893, 116.724, 61.898
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-710- HOH

#1: タンパク質	Isoform 2 of Uridine 5'-monophosphate synthase / UMP synthase 分子量: 28331.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS, OK/SW-cl.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11172, orotate phosphoribosyltransferase, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8 / 詳細: Ammonium sulfate, Tris/HCl, Glutathion, Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.7653 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7653 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.95→42.46 Å / Num. obs: 175866 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.383 % / B_iso Wilson estimate: 11.613 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 0.874 / Net I/σ(I): 23.58 / Num. measured all: 2353528 / Scaling rejects: 149

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
0.95-0.97	12.61	1.448	2.34	162014	12973	12848	0.785	1.507	99
0.97-1	13.419	1.144	2.99	167259	12592	12464	0.864	1.188	99
1-1.03	13.636	0.835	4.1	166851	12310	12236	0.925	0.867	99.4
1.03-1.06	13.693	0.593	5.66	162532	11922	11870	0.959	0.616	99.6
1.06-1.1	13.709	0.419	7.77	158367	11577	11552	0.978	0.435	99.8
1.1-1.14	13.648	0.312	9.98	152184	11180	11151	0.988	0.324	99.7
1.14-1.18	13.587	0.248	12.08	146602	10810	10790	0.992	0.257	99.8
1.18-1.23	13.544	0.212	13.91	141076	10436	10416	0.994	0.22	99.8
1.23-1.28	13.468	0.178	15.95	134657	10028	9998	0.995	0.185	99.7
1.28-1.34	13.398	0.148	18.44	127839	9574	9542	0.996	0.154	99.7
1.34-1.42	13.232	0.121	22.15	120235	9089	9087	0.997	0.125	100
1.42-1.5	13.862	0.097	27.28	119613	8629	8629	0.998	0.101	100
1.5-1.61	13.82	0.073	35.92	111900	8097	8097	0.999	0.075	100
1.61-1.73	13.6	0.058	43.43	103279	7594	7594	0.999	0.06	100
1.73-1.9	13.215	0.045	52.33	92492	7000	6999	0.999	0.047	100
1.9-2.12	12.863	0.035	64.95	81605	6344	6344	1	0.036	100
2.12-2.45	12.479	0.03	72.19	69785	5596	5592	1	0.031	99.9
2.45-3	13.041	0.026	81.59	62505	4793	4793	1	0.027	100
3-4.25	12.843	0.022	89.77	48007	3738	3738	1	0.023	100
4.25-42.46	11.63	0.021	86.81	24726	2153	2126	1	0.022	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
REFMAC	5.8.0258	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QCD

2qcd

解像度: 0.95→42.46 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1062	8677	4.93 %
R_work	0.0961	167160	-
obs	0.0966	175837	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.65 Å² / B_iso mean: 13.133 Å² / B_iso min: 4.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 0.95→42.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1967	0	59	363	2389
B_iso mean	-	-	21.31	27.37	-
残基数	-	-	-	-	257

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
0.95-0.96	0.2801	267	0.2656	5463	5730	99
0.96-0.97	0.247	288	0.2356	5495	5783	99
0.97-0.98	0.2183	303	0.2157	5491	5794	99
0.98-1	0.2062	283	0.1954	5503	5786	99
1-1.01	0.1921	286	0.1798	5463	5749	99
1.01-1.02	0.1645	291	0.1597	5513	5804	99
1.02-1.04	0.1717	290	0.1418	5538	5828	100
1.04-1.05	0.1438	297	0.1296	5525	5822	100
1.05-1.07	0.1259	292	0.1187	5510	5802	100
1.07-1.09	0.1163	306	0.1098	5526	5832	100
1.09-1.11	0.1153	287	0.0975	5547	5834	100
1.11-1.13	0.1105	273	0.0894	5548	5821	100
1.13-1.15	0.0888	290	0.0835	5595	5885	100
1.15-1.17	0.0909	276	0.0783	5544	5820	100
1.17-1.2	0.0803	307	0.0757	5536	5843	100
1.2-1.22	0.0905	300	0.0746	5538	5838	100
1.22-1.26	0.0893	301	0.0705	5544	5845	100
1.26-1.29	0.0788	279	0.0703	5555	5834	100
1.29-1.33	0.0837	287	0.0684	5565	5852	100
1.33-1.37	0.0886	291	0.0682	5588	5879	100
1.37-1.42	0.0853	282	0.0706	5609	5891	100
1.42-1.48	0.0889	287	0.071	5567	5854	100
1.48-1.54	0.0844	267	0.0689	5605	5872	100
1.54-1.62	0.0891	287	0.0688	5642	5929	100
1.62-1.73	0.0868	318	0.0776	5588	5906	100
1.73-1.86	0.096	278	0.084	5637	5915	100
1.86-2.05	0.081	276	0.083	5661	5937	100
2.05-2.34	0.0994	289	0.0878	5681	5970	100
2.34-2.95	0.1095	306	0.0978	5701	6007	100
2.95-42.46	0.1196	293	0.1161	5882	6175	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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