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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y69 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic TetracenomycinX | ||||||
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![]() | RIBOSOME / tetracenomycin | ||||||
機能・相同性 | ![]() dormancy process / negative regulation of translational elongation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / transcriptional attenuation ...dormancy process / negative regulation of translational elongation / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | ||||||
![]() | Wieland, M. / Wilson, D.N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Tetracenomycin X inhibits translation by binding within the ribosomal exit tunnel. 著者: Ilya A Osterman / Maximiliane Wieland / Tinashe P Maviza / Kseniya A Lashkevich / Dmitrii A Lukianov / Ekaterina S Komarova / Yuliya V Zakalyukina / Robert Buschauer / Dmitrii I Shiriaev / ...著者: Ilya A Osterman / Maximiliane Wieland / Tinashe P Maviza / Kseniya A Lashkevich / Dmitrii A Lukianov / Ekaterina S Komarova / Yuliya V Zakalyukina / Robert Buschauer / Dmitrii I Shiriaev / Semen A Leyn / Jaime E Zlamal / Mikhail V Biryukov / Dmitry A Skvortsov / Vadim N Tashlitsky / Vladimir I Polshakov / Jingdong Cheng / Yury S Polikanov / Alexey A Bogdanov / Andrei L Osterman / Sergey E Dmitriev / Roland Beckmann / Olga A Dontsova / Daniel N Wilson / Petr V Sergiev / ![]() ![]() ![]() 要旨: The increase in multi-drug resistant pathogenic bacteria is making our current arsenal of clinically used antibiotics obsolete, highlighting the urgent need for new lead compounds with distinct ...The increase in multi-drug resistant pathogenic bacteria is making our current arsenal of clinically used antibiotics obsolete, highlighting the urgent need for new lead compounds with distinct target binding sites to avoid cross-resistance. Here we report that the aromatic polyketide antibiotic tetracenomycin (TcmX) is a potent inhibitor of protein synthesis, and does not induce DNA damage as previously thought. Despite the structural similarity to the well-known translation inhibitor tetracycline, we show that TcmX does not interact with the small ribosomal subunit, but rather binds to the large subunit, within the polypeptide exit tunnel. This previously unappreciated binding site is located adjacent to the macrolide-binding site, where TcmX stacks on the noncanonical basepair formed by U1782 and U2586 of the 23S ribosomal RNA. Although the binding site is distinct from the macrolide antibiotics, our results indicate that like macrolides, TcmX allows translation of short oligopeptides before further translation is blocked. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 aABw
#1: RNA鎖 | 分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: RNA鎖 | 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#53: RNA鎖 | 分子量: 24771.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#2: タンパク質 | 分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 17506.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 11546.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 CDEFGHJKLMNOPQRSTUVWXYZ012346
-タンパク質 , 1種, 1分子 x
#54: タンパク質 | 分子量: 10768.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/OCW.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#55: 化合物 | ChemComp-OCW / |
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#56: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of the antibiotic TetracenomycinX bound to the Escherichia coli 70S ribosome タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#54 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 2.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 818287 | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161915 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6H4N Accession code: 6H4N / Source name: PDB / タイプ: experimental model |