[日本語] English
万見
- PDB-6xes: Tubulin-RB3_SLD in complex with compound 40a -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xes
タイトルTubulin-RB3_SLD in complex with compound 40a
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / MICROTUBULE INHIBITOR / COLCHICINE / CELL CYCLE / CANCER / CELL CYCLE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / microtubule depolymerization / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain ...Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-TU3 / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者White, S.W. / Yun, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA148706 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Stable Colchicine-Binding Site Tubulin Inhibitors 6-Aryl-2-benzoyl-pyridines as Potential Anticancer Agents.
著者: Chen, H. / Deng, S. / Albadari, N. / Yun, M.K. / Zhang, S. / Li, Y. / Ma, D. / Parke, D.N. / Yang, L. / Seagroves, T.N. / White, S.W. / Miller, D.D. / Li, W.
履歴
登録2020年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,87316
ポリマ－211,7095
非ポリマー3,16411
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19810 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area65390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.178, 126.966, 250.155
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 48780.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 48648.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AGU7
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16851.133 Da / 分子数: 1 / Mutation: C14A, F20W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
非ポリマー , 7種, 243分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-TU3 / [6-(3-hydroxy-4-methylphenyl)pyrazin-2-yl](3,4,5-trimethoxyphenyl)methanone


分子量: 380.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, tri-sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 89968 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 45.16 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5276 / CC1/2: 0.849 / Rpim(I) all: 0.276 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XIW

5xiw


解像度: 2.32→46.55 Å / SU ML: 0.2888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.3149 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 2000 2.23 %
Rwork0.1714 87865 -
obs0.1726 89865 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→46.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14438 0 200 232 14870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007214952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.893120277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05142205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00562634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.83088928
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.380.33351060.27814665X-RAY DIFFRACTION73.37
2.38-2.440.33711410.25766161X-RAY DIFFRACTION97.09
2.44-2.520.33521420.23156252X-RAY DIFFRACTION98.96
2.52-2.60.25471430.21396280X-RAY DIFFRACTION98.95
2.6-2.690.27091440.2076340X-RAY DIFFRACTION99.78
2.69-2.80.25761450.21146356X-RAY DIFFRACTION99.71
2.8-2.930.26021440.19876363X-RAY DIFFRACTION99.89
2.93-3.080.27641450.19396355X-RAY DIFFRACTION99.83
3.08-3.270.27231470.19056424X-RAY DIFFRACTION99.89
3.27-3.530.2261460.17516417X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.880.20231460.15276450X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.440.19661480.13926472X-RAY DIFFRACTION99.95
4.44-5.590.20831490.14056528X-RAY DIFFRACTION99.96
5.59-46.550.17231540.15896802X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.5311654944-0.358747067943-0.4730401449224.02994766415-0.6898697381765.948122507320.199981840976-0.7963703262140.1727677822570.660733595883-0.1453889290140.555418398404-0.396050907353-0.958058982207-0.07597742997770.506982323876-0.03427845041860.05910902489160.540913443878-0.0934902562170.35245013001723.996922618886.377308712821.6064361656
24.49272303590.513439776554-2.695110022771.104605122130.4331161456843.372534769350.333259107115-0.6103858026610.7218664115210.396864150561-0.287795058319-0.0238756422765-0.7012441814530.425944951049-0.02141599059240.761171634225-0.197824881149-0.1276174366010.498792787031-0.02269438835730.53406228283642.309310304990.875953596720.9354795875
32.46072477010.61794965307-0.08818440073562.6219727076-0.8052835077772.959763747250.178417514116-0.196120817164-0.09481827891210.239319531841-0.239214226743-0.1008774254150.06466089440150.1480757664370.05105227963720.24379542157-0.0531519334767-0.0248410541980.2836383767210.02285030770510.30889395193638.060046671481.99873253368.19504213012
43.00964827377-3.945701210391.202351263147.726560679380.4715949135243.623451265890.0441704629508-0.2659319532680.0376935368240.28578094235-0.1461090238310.2052969703860.372453956837-0.3867326187450.1030437444910.292094748126-0.123792351163-0.0255570307940.3740282299450.02103062038520.29225777413828.233092175670.205415970511.6577067451
53.038457712230.642000161106-1.087555226651.475617446340.05216501254251.784654566280.03393104013480.3901325328720.353992245647-0.3703142951820.00242143995640.5939339402940.0258456252927-0.6424459211170.002478476574280.4179087721390.0235670554934-0.1199779967110.4815774535880.06031194405640.48796420834121.337314145579.2993775501-4.05153236637
67.58812882424-0.9276549115281.185810851078.244972759531.385558770894.54993224182-0.2317422875090.318132881881-0.374056154508-0.236429706069-0.2163549879131.369956699580.303215624009-1.023548729230.4500554676180.376068251418-0.116458391079-0.01508856121240.4972392481130.03589578625030.45690823761315.80205257468.27753694811.61707054808
74.9509880402-3.15427202895-1.462018677797.356939246770.890136033982.33809986752-0.01219178742190.09845723786060.038266501476-0.126336705749-0.05033942989770.3973883975250.277416853136-0.2412193205110.06341491287070.405374241017-0.135407583635-0.04914449864640.4173515256840.04231638586710.33961058926720.988395613668.64207314652.95148778702
84.85563706310.3649623305520.747146960483.196284306660.4341778439161.50105982949-0.1998469215960.906325964532-0.00383728623451-0.1412090518750.223683423763-0.2770197731970.143181367356-0.0533570835785-0.02204488115140.3499716723650.00381024070524-0.02512555347310.3219217190670.08079441632730.25889787200941.304421381676.2017993814-2.83374089802
95.237835409974.574718421281.047622398615.422498666031.142756885511.706075375490.18503568354-0.00853938594611-0.788679056330.029115494013-0.162122444036-1.255739820580.2863190911150.134025458147-0.04807617759920.386922226490.08166324656030.00635532363340.335048747970.1246215045430.53255745605751.82745009572.96669798051.43256280031
102.94835038838-0.543296702848-0.4306854045713.352031728250.4918320027163.71844425891-0.392896139156-0.0616256129064-0.6626908850310.32046406033-0.0284472036554-0.07324697500941.161895993270.005736462023460.4778400322150.92458642588-0.008415854970990.02162052038570.4883175841690.03015125379420.569053462623-11.1514528803-54.592649049551.9386565141
111.3476067763.22662831202-1.394452503234.92369259166-2.322149710160.8248282497740.231460069893-0.236645259843-0.456548061740.493527688198-0.601181647003-1.06728983718-0.1809933280940.3829290441150.3003013091430.916113660704-0.191758236973-0.1504282528740.7292029030470.2750804874540.88523036614935.442750346931.921385455135.8740850415
125.452016502081.3226447584-0.978221306183.561964248390.1525221174235.218098200730.0204072440029-0.543158731569-0.1790176921690.449116983684-0.1231542941290.3118426405030.287691990695-0.2488117831640.100037032960.568902958361-0.0295876074650.005142796430580.341569739228-0.003006528095190.306140933955-17.6443364173-27.991777595164.999942864
132.721010398110.956266275203-2.34345138923.70252278519-0.8782092839034.792219681250.0738176590883-0.3050263055220.02188429353630.333246113787-0.125664212429-0.0343318602367-0.3583762262680.1288156871060.05191423752620.5118617774350.00116220900871-0.05402735951780.3288958734080.02592704359790.273599417979-3.0219526974-22.292133907656.3252397083
142.57742520648-0.09786301184-0.0005426806028113.690237420570.2357370997332.38571438368-0.04947336766350.232196277241-0.183831985124-0.3079638945370.001577761931620.337665080160.36310171528-0.2954753394670.04852016737590.595795274719-0.0723476060435-0.03147811649760.4452675925440.01588199999530.345691295168-18.1350778944-39.645208756245.9860660762
151.742281519981.87349335166-0.8435870582183.78264041407-1.132930567530.952353036231-0.1516767404180.0584807417278-0.249326840074-0.506073026684-0.0666180535637-0.4486368846020.3119128482040.08638293165390.1895723076860.5620808470280.06414277491990.03432063170740.369358626690.04631349828170.3336811845723.15077242543-29.541475974738.9173090257
162.811709866680.9128250061210.1255821393972.71579448682-0.06119923289522.264061101050.0969979059791-0.3122067113410.3617989799670.43823127894-0.1144676882520.357697367374-0.236319391133-0.1752767551560.01408387279320.6367714133390.006704956077280.0287468887910.351104077833-0.02680657537590.422320082351-2.3785803027313.165331818739.7917052941
179.76426301831-4.077401225270.9904894668965.198279879652.219647410782.92841340144-0.000760348879163-0.3435991043420.1564090262440.0353353167322-0.09236413113470.3641065909610.2120666190450.1041661521170.08756651061970.509828660562-0.118054961246-0.03703678620160.2780697029330.006041303157960.331089019677-2.29602612784-4.4297531413336.8946208279
181.212106247931.03897046884-0.4231115544693.23707504408-0.2831422205170.910688750188-0.1741559593810.194249662321-0.0223409492409-0.2798228741680.1730940020650.2023420931650.137477205448-0.186633840925-0.007577868388630.515269496099-0.0311582265113-0.04129350156810.3690692693940.06261319560120.266226545248-1.49640719563-0.1635489964225.2209136157
193.081843326980.206474016053-1.091693423542.56664283443-0.3190717340273.30073395911-0.0514566393821-0.1594327673150.08930694210490.512450305618-0.06245144391060.225845606692-0.250526518461-0.1280348627010.108822013170.586495437086-0.07101648175380.007337054440310.3141550299350.01559007563290.32831245615716.41581277751.3375823231.3133490622
203.08105952954-1.4798033401-0.4285416230285.99780343460.2451128330791.51998934739-0.1514773599240.1031994501430.0661485783895-0.121572035412-0.02143237833350.4784913387620.353638939479-0.3384220930080.1251816852130.423139461993-0.10566148468-0.0184254761460.408660466301-0.01084835652460.3925651330757.6945189867243.779423929919.6909658453
212.470781185961.73059279981-0.505857113932.18381110964-0.4839664901690.695403254451-0.1317752733570.1490523349630.0485260233307-0.2650843838660.1137965382450.2306089804520.168959063536-0.2454851150690.03620961573730.532652103975-0.0483074697345-0.03348716240550.4072872256640.04904127633440.34852661120510.887643110339.066175684313.4935351042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 63 through 125 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 126 through 236 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 237 through 271 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 272 through 309 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 310 through 336 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 337 through 362 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 363 through 391 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 392 through 431 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 6 through 46 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 47 through 140 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 1 through 64 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 65 through 199 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 200 through 372 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 373 through 437 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1 through 241 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 242 through 271 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 272 through 430 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 197 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 198 through 273 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 274 through 438 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る