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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xcl | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of human telomeric DNA G-quadruplex in complex with a novel platinum(II) complex. | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / guanine quadruplex / Ligand Complex | 機能・相同性 | : / Chem-V4A / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Miron, C.E. / van Staalduinen, L.M. / Jia, Z. / Petitjean, A. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Going Platinum to the Tune of a Remarkable Guanine Quadruplex Binder: Solution- and Solid-State Investigations. 著者: Miron, C.E. / van Staalduinen, L. / Rangaswamy, A.M. / Chen, M. / Liang, Y. / Jia, Z. / Mergny, J.L. / Petitjean, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3t5eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6983.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→35 Å / Num. obs: 10637 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 55.79 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.28 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.9 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Num. unique obs: 2054 / Rsym value: 0.816 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3t5e 解像度: 2.7→33.6 Å / SU ML: 0.3274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.956 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→33.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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