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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wm2 | ||||||
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タイトル | Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / V-ATPase / proton pump (プロトンポンプ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-transporting two-sector ATPase complex / Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / intracellular pH reduction / transporter activator activity / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / Nef Mediated CD8 Down-regulation ...proton-transporting two-sector ATPase complex / Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / intracellular pH reduction / transporter activator activity / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / Nef Mediated CD8 Down-regulation / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Golgi lumen acidification / Transferrin endocytosis and recycling / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / XBP1(S) activates chaperone genes / Amino acids regulate mTORC1 / head morphogenesis / protein localization to cilium / vacuolar acidification / ROS and RNS production in phagocytes / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / osteoclast development / azurophil granule membrane / transmembrane transporter complex / ATPase activator activity / autophagosome membrane / 微絨毛 / regulation of MAPK cascade / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / proton transmembrane transporter activity / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / RHOA GTPase cycle / angiotensin maturation / regulation of macroautophagy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / specific granule membrane / enzyme regulator activity / axon terminus / ATP metabolic process / ATP合成酵素 / RNA endonuclease activity / ruffle / Insulin receptor recycling / proton transmembrane transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / 分泌 / transmembrane transport / 繊毛 / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / エンドサイトーシス / phagocytic vesicle membrane / メラノソーム / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / presynapse / apical part of cell / signaling receptor activity / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / リソソーム / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 神経繊維 / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, L. / Wu, H. / Fu, T.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Structures of a Complete Human V-ATPase Reveal Mechanisms of Its Assembly. 著者: Longfei Wang / Di Wu / Carol V Robinson / Hao Wu / Tian-Min Fu / 要旨: Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton ...Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton transfer. They play important roles in acidification of intracellular vesicles, organelles, and the extracellular milieu in eukaryotes. Here, we report cryoelectron microscopy structures of human V-ATPase in three rotational states at up to 2.9-Å resolution. Aided by mass spectrometry, we build all known protein subunits with associated N-linked glycans and identify glycolipids and phospholipids in the V complex. We define ATP6AP1 as a structural hub for V complex assembly because it connects to multiple V subunits and phospholipids in the c-ring. The glycolipids and the glycosylated V subunits form a luminal glycan coat critical for V-ATPase folding, localization, and stability. This study identifies mechanisms of V-ATPase assembly and biogenesis that rely on the integrated roles of ATP6AP1, glycans, and lipids. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wm2.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wm2.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 21847MC 6wlwC 6wlzC 6wm3C 6wm4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11132 (タイトル: Cryo-EM structures of human V-ATPase / Data size: 8.4 TB Data #1: Unaligned multi frame micrographs of human V-ATPase in complex with SidK [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-V-type proton ATPase ... , 14種, 30分子 HIJKLMOPRABCDEFGN0123456789QSU
#1: タンパク質 | 分子量: 26183.346 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36543 #2: タンパク質 | 分子量: 13781.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75348 #3: タンパク質 | | 分子量: 43999.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21283 #4: タンパク質 | | 分子量: 55949.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UI12 #5: タンパク質 | | 分子量: 96512.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q93050 #6: タンパク質 | 分子量: 68379.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38606, ATP合成酵素 #7: タンパク質 | 分子量: 56561.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21281 #9: タンパク質 | | 分子量: 28311.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5K8 #10: タンパク質 | | 分子量: 13388.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16864 #11: タンパク質 | | 分子量: 21418.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99437 #12: タンパク質 | 分子量: 15743.655 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27449 #13: タンパク質 | | 分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61421 #14: タンパク質 | | 分子量: 9380.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15342 #16: タンパク質 | | 分子量: 52067.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15904 |
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-タンパク質 , 3種, 5分子 XYZTV
#8: タンパク質 | 分子量: 65505.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 参照: UniProt: A0A4T1L9X6, UniProt: Q5ZWW6*PLUS #15: タンパク質 | | 分子量: 15435.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q6P5S7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #17: タンパク質 | | 分子量: 39045.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75787 |
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-糖 , 5種, 10分子
#18: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | ||||
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#19: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose | ||||
#20: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #21: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #26: 糖 | |
-非ポリマー , 7種, 31分子
#22: 化合物 | ChemComp-CLR / #23: 化合物 | ChemComp-PSF / | #24: 化合物 | ChemComp-PTY / #25: 化合物 | ChemComp-WSS / #27: 化合物 | ChemComp-WJP / | #28: 化合物 | ChemComp-ADP / | #29: 化合物 | ChemComp-WJS / ( | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human V-ATPase in state 1 with SidK and ADP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1000000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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