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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w7l | ||||||
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タイトル | Structure of Tdp1 catalytic domain in complex with inhibitor XZ632p | ||||||
要素 | Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / phosphodiesterase / inhibitor / cancer drug target / DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.856 Å | ||||||
データ登録者 | Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R. / Waugh, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemical Science / 年: 2021 タイトル: Small molecule microarray identifies inhibitors of tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 that simultaneously access the catalytic pocket and two substrate binding sites 著者: Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Lountos, G.T. / Wang, W. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Hilimire, T.A. / Schneekloth, J.S. / Waugh, D.S. / Pommier, Y. / Burke, T.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w7l.cif.gz | 208.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w7l.ent.gz | 163.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w7l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w7l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 10% w/v PEG 8000 20% v/v ethylene glycol 0.03M sodium fluoride 0.03M sodium bromide 0.03M sodium iodide PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.856→50 Å / Num. obs: 87892 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 38.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.856→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 4308 / CC1/2: 0.812 / CC star: 0.947 / Rpim(I) all: 0.312 / Rrim(I) all: 0.813 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6DHU 解像度: 1.856→48.553 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.02
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.85 Å2 / Biso mean: 38.5065 Å2 / Biso min: 17.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.856→48.553 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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