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- PDB-6vzq: Engineered TTLL6 mutant bound to alpha-elongation analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vzq
タイトルEngineered TTLL6 mutant bound to alpha-elongation analog
要素Tubulin polyglutamylase TTLL6
キーワードLIGASE / Protein engineering / TTLL6 / amino acid ligase / glutamylation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / protein polyglutamylation / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility ...positive regulation of cilium movement / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / protein polyglutamylation / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / 9+0 non-motile cilium / microtubule severing / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / microtubule bundle formation / axoneme / tubulin binding / microtubule cytoskeleton / microtubule / cilium / ciliary basal body / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-RZP / Chem-RZY / Tubulin polyglutamylase TTLL6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Mahalingan, K.K. / Keenen, E.K. / Strickland, E.K. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)ZIA NS 003163 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)ZIA NS 003122 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for polyglutamate chain initiation and elongation by TTLL family enzymes.
著者: Mahalingan, K.K. / Keith Keenan, E. / Strickland, M. / Li, Y. / Liu, Y. / Ball, H.L. / Tanner, M.E. / Tjandra, N. / Roll-Mecak, A.
履歴
登録2020年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin polyglutamylase TTLL6
B: Tubulin polyglutamylase TTLL6
C: Tubulin polyglutamylase TTLL6
D: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,61738
ポリマ－213,3824
非ポリマー5,23634
水1,72996
1
A: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1965
ポリマ－53,3451
非ポリマー8514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,89912
ポリマ－53,3451
非ポリマー1,55411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3476
ポリマ－53,3451
非ポリマー1,0015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tubulin polyglutamylase TTLL6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,17515
ポリマ－53,3451
非ポリマー1,83014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.038, 109.491, 171.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.014, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...A57 - 331
121(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...A333 - 350
131(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...A352 - 410
141(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...A418 - 460
151(chain 'A' and (resid 57 through 64 or (resid 65...A501
211(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...B57 - 331
221(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...B333 - 350
231(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...B352 - 410
241(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...B418 - 460
251(chain 'B' and ((resid 57 through 60 and (name N...B501
311(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...C57 - 331
321(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...C333 - 350
331(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...C352 - 410
341(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...C418 - 460
351(chain 'C' and ((resid 57 through 60 and (name N...C501
411(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...D57 - 331
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431(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...D352 - 410
441(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...D418 - 460
451(chain 'D' and ((resid 57 through 60 and (name N...D501

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tubulin polyglutamylase TTLL6 / Tubulin--tyrosine ligase-like protein 6


分子量: 53345.398 Da / 分子数: 4 / 変異: C179A, Q180R, H362I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ttll6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Q9E8, 合成酵素

-
非ポリマー , 6種, 130分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-RZY / (2~{S})-2-[[[(1~{S})-1-acetamidoethyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid


分子量: 375.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H19NO10P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-RZP / (2~{S})-2-[[[(1~{R})-1-acetamido-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid


分子量: 433.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100 mM Sodium Citrate, pH 6.2, 200 mM MgCl2, 12% Peg 20000
PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→46.16 Å / Num. obs: 101188 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 57.3 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06054 / Rpim(I) all: 0.0605 / Rrim(I) all: 0.08561 / Net I/σ(I): 7.16
反射 シェル解像度: 3.08→3.194 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2512 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique obs: 9901 / CC1/2: 0.918 / CC star: 0.978 / Rpim(I) all: 0.251 / Rrim(I) all: 0.3552 / % possible all: 98.36

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YLR

4ylr


解像度: 3.08→46.16 Å / SU ML: 0.3877 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 29.3173
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 5094 5.14 %
Rwork0.2259 94093 -
obs0.2277 99187 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→46.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12026 0 328 96 12450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001812646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.538717215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03871893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00252191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.12697386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.08-3.120.37851620.34072967X-RAY DIFFRACTION92.46
3.12-3.160.33391860.29273092X-RAY DIFFRACTION99.21
3.16-3.190.34792100.26163169X-RAY DIFFRACTION99.12
3.19-3.230.26061920.24693153X-RAY DIFFRACTION98.79
3.23-3.280.33271890.24193075X-RAY DIFFRACTION99.03
3.28-3.320.2291940.22073083X-RAY DIFFRACTION98.08
3.32-3.370.29261870.24373121X-RAY DIFFRACTION97.81
3.37-3.420.37341630.23623175X-RAY DIFFRACTION98.58
3.42-3.470.31521310.25673129X-RAY DIFFRACTION98.16
3.47-3.530.28141660.24423098X-RAY DIFFRACTION97.64
3.53-3.590.28181500.2293161X-RAY DIFFRACTION99.31
3.59-3.660.25681340.23013172X-RAY DIFFRACTION98.8
3.66-3.730.27541880.22523176X-RAY DIFFRACTION98.94
3.73-3.80.30911210.20713227X-RAY DIFFRACTION98.91
3.8-3.890.2931580.21733137X-RAY DIFFRACTION99.04
3.89-3.980.25931670.21623147X-RAY DIFFRACTION98.93
3.98-4.080.21851340.21143193X-RAY DIFFRACTION98.99
4.08-4.190.21361580.19953165X-RAY DIFFRACTION98.96
4.19-4.310.25141580.21233148X-RAY DIFFRACTION98.92
4.31-4.450.25111700.19613161X-RAY DIFFRACTION98.2
4.45-4.610.21571610.19943107X-RAY DIFFRACTION98.76
4.61-4.790.23972000.19683150X-RAY DIFFRACTION99.23
4.79-5.010.27911840.21213179X-RAY DIFFRACTION99.76
5.01-5.270.28211890.22853156X-RAY DIFFRACTION99.73
5.27-5.60.32131840.2463121X-RAY DIFFRACTION99.34
5.6-6.030.29622000.25243159X-RAY DIFFRACTION98.71
6.03-6.640.28981300.24373144X-RAY DIFFRACTION97.91
6.64-7.60.23311770.24983120X-RAY DIFFRACTION98.8
7.6-9.560.17961710.20343177X-RAY DIFFRACTION99.79
9.56-46.160.17671800.21883031X-RAY DIFFRACTION95.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90640556703E-50.00476728203290.001897251813930.003704172798140.0006839216742290.00920759475772-0.00569615145753-0.00254345180415-0.01488404600040.00706939752616-0.0259919651659-0.02480069992770.0220693410255-0.0259803586022-4.70509315943E-80.979382409194-0.127721861487-0.004618970239350.772428225234-0.07984630049520.38193434237938.607023176425.015730558420.2454064123
2-0.00426413633190.0241706033312-0.001673309239370.0159917959187-0.01226243316060.02412587700810.0959408335044-0.0254834370779-0.08099969696970.0133967697138-0.002866381829950.104766087097-0.09708078024480.06447721081693.78521860765E-90.990463621285-0.07907078405840.1775418145190.703077189495-0.10744446902-0.048017676233312.384963640913.1306568710.4541707011
30.0146275890686-0.000495389421619-0.001879771248890.0262354106919-0.00735460893040.00522163614477-0.005172156714790.04645082667290.03633507276170.0665161791443-0.0250657844934-0.004687061042470.007525843750980.005253360907241.50242736535E-81.0008783713-0.01435813502770.1641177727630.808808933715-0.05374116421810.38595442288318.133109178928.42804882812.4302170628
4-0.0005764869141850.01263179977890.002949321010530.0221198480306-0.01485317460730.009275628916310.02452125329690.08005597143330.06576841407720.0609777115836-0.07123484660.0247701333157-0.009596476282970.00165314906854-9.92603064366E-100.983435528353-0.09333947530730.09707289135960.748680415993-0.1246661961170.24825918733923.373892459431.956117199518.2955502694
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 57:116)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 117:275)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 276:341)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 342:460)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 57:197)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 198:291)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 292:384)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 385:460)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 57:114)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 115:275)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 276:330)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 331:460)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 57:115)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 116:197)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 198:339)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 340:460)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る