PDB-6uyb: Crystal structure of TEAD2 bound to Compound 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uyb

タイトル

Crystal structure of TEAD2 bound to Compound 1

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

Transcription/Transcription Inhibitor / EAD / YAP Binding Domain / Transcription Inhibitor / Palmitoylation inhibitor / Transcription-Transcription Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.543 Å

データ登録者

Noland, C.L. / Holden, J.K. / Crawford, J.J. / Zbieg, J.R. / Cunningham, C.N.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Small Molecule Dysregulation of TEAD Lipidation Induces a Dominant-Negative Inhibition of Hippo Pathway Signaling.
著者: Holden, J.K. / Crawford, J.J. / Noland, C.L. / Schmidt, S. / Zbieg, J.R. / Lacap, J.A. / Zang, R. / Miller, G.M. / Zhang, Y. / Beroza, P. / Reja, R. / Lee, W. / Tom, J.Y.K. / Fong, R. / ...

履歴

登録	2019年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uyb.cif.gz	188.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uyb.ent.gz	147.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/6uyb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6uycC 5emvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tk5-2 5hgu-1 2c46-3 6y4y-1 3uh2-1 5fpf-2 6aw4-d 6ifv-2 5dqe-1 3a2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

54.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	124.418, 62.090, 79.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 26703.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-QSJ / (3R,4R)-1-{3-[(E)-2-(4-chlorophenyl)ethenyl]-4-methoxy-5-methylphenyl}-3,4-dihydroxypyrrolidin-2-one 分子量: 373.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀ClNO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM potassium/sodium tartrate pH 6.5 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.543→70.417 Å / Num. obs: 39934 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.543→1.71 Å / Num. unique obs: 1997 / CC_1/2: 0.609

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
ADDREF		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EMV

5emv

解像度: 1.543→70.417 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	2001	5.01 %
R_work	0.1958	-	-
obs	0.1976	39913	50.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.8 Å² / B_iso mean: 32.1939 Å² / B_iso min: 7.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.543→70.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3239	0	66	198	3503
B_iso mean	-	-	38.32	36.96	-
残基数	-	-	-	-	402

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5431-1.5817	0.1491	5	0.2666	134	2
1.5817-1.6244	0.461	21	0.2769	394	7
1.6244-1.6722	0.2948	28	0.2582	655	12
1.6722-1.7262	0.2585	56	0.2785	1091	20
1.7262-1.7879	0.3243	87	0.2648	1525	29
1.7879-1.8595	0.3134	103	0.2713	2034	38
1.8595-1.9442	0.3193	122	0.2827	1860	35
1.9442-2.0467	0.2646	180	0.2343	3172	60
2.0467-2.1749	0.2593	155	0.2243	3114	58
2.1749-2.3428	0.3094	215	0.2459	3526	67
2.3428-2.5786	0.2632	290	0.2155	5318	99
2.5786-2.9517	0.2693	234	0.2116	4969	92
2.9517-3.7189	0.2097	229	0.178	4877	90
3.7189-70.417	0.1808	276	0.1604	5243	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4163	-0.0799	-0.3504	0.806	0.088	0.6268	0.0617	-0.3484	0.0347	0.1205	0.0424	-0.1158	-0.2444	-0.128	1.023	0.1528	-0.0358	-0.0212	0.3126	-0.0365	0.1289	-36.3693	-14.4486	30.3301
2	1.1723	-0.5256	-0.8862	0.8425	0.4723	3.8225	0.2174	-0.0831	0.3443	-0.0197	0.2546	-0.2148	-0.5532	-0.0658	0.4517	0.2166	0.0317	0.0061	0.0985	-0.0048	0.1423	-32.213	-6.8225	18.9382
3	0.8568	0.7099	0.5171	0.7441	0.908	1.7861	0.1412	-0.5385	-0.3159	0.0949	0.1165	-0.1364	0.1389	-0.4938	0.2505	0.1407	0.077	-0.0242	0.4222	-0.0236	0.1361	-39.2883	-13.8935	33.4026
4	1.0479	-0.5044	-0.2008	1.5572	0.3803	4.3672	0.1048	0.1576	-0.0164	-0.1436	-0.0711	0.1618	0.3379	-0.4964	0.1562	0.1393	0.0081	0.006	0.0405	-0.0005	0.0872	-36.0612	-16.8948	7.8438
5	2.243	-0.6773	-0.3626	1.8461	-0.5176	2.2409	0.0068	-0.1127	-0.0319	0.0055	0.0557	-0.0564	0.1482	0.1482	0.0887	-0.0136	-0.0256	-0.0538	-0.1272	-0.0428	0.0193	-27.7459	-19.6283	19.8701
6	2.0176	2.022	-0.1892	3.4405	-1.3259	1.1248	0.072	-0.7748	0.782	0.4444	0.1342	0.2496	-0.17	0.3046	0.6363	0.1626	0.0162	-0.0025	0.256	-0.0425	0.1254	-39.5946	15.7262	27.8247
7	0.6294	-0.1312	-0.7979	1.811	-0.5381	1.2899	0.2199	0.5392	0.3125	-0.0512	0.0181	0.4596	-0.1359	-0.233	0.0334	0.1922	0.0326	-0.0201	0.3609	-0.0148	0.3191	-40.1132	16.7476	16.366
8	3.7593	-1.5744	1.2391	3.7315	-4.6631	5.9996	0.1676	0.8184	-1.2632	-0.9104	-0.2172	0.5697	1.3055	0.182	0.137	0.3931	-0.0749	-0.0484	0.4859	-0.1305	0.5611	-52.231	4.4334	14.3523
9	2.2327	-0.18	-0.6152	2.0107	-0.0746	1.8608	0.1063	-0.4342	0.1791	0.1792	0.0076	-0.0145	-0.0403	0.3137	0.2393	0.1379	0.0217	0.0208	0.1813	-0.0248	0.176	-38.3883	14.4984	24.157
10	0.5761	-0.1844	-0.5268	0.4104	0.0552	1.8251	-0.0197	-0.1498	-0.0007	0.054	0.3135	0.1034	0.294	-0.0294	0.0883	0.3463	0.0762	0.061	0.1464	0.0233	0.1798	-39.8361	2.4295	21.5104
11	5.0111	-0.6494	-4.2744	0.1398	0.6249	3.7445	0.0865	-1.0739	0.331	0.0654	0.1768	-0.0609	-0.0313	0.8864	0.3537	0.2978	0.0296	0.0162	0.4604	0.0206	0.1749	-36.9564	11.428	35.7709
12	2.1474	-0.2816	1.0932	4.0153	-0.1009	3.8248	-0.0759	0.0887	-0.2638	-0.2442	-0.0478	-0.881	0.1496	0.9627	2.1233	0.1392	0.021	-0.005	0.2182	-0.0025	0.2067	-24.3476	9.5988	11.2264
13	1.4673	-0.1518	-0.7845	1.2857	0.0042	2.2801	0.2598	-0.1304	0.3566	-0.0654	0.0742	0.1194	-0.35	0.2616	0.1493	0.1906	0.0007	0.0103	0.0577	-0.0048	0.1037	-36.1463	11.8497	11.3545
14	1.9091	0.2198	0.969	2.2195	0.9985	1.0709	-0.2	-0.3522	-0.3483	0.1492	0.0005	0.1426	0.4343	-0.2598	-1.131	0.1033	0.0391	0.0218	0.0832	0.0545	0.1437	-45.0603	9.0724	22.1767
15	3.863	1.0569	-0.2874	2.282	-0.3367	1.7563	-0.1585	0.1097	0.2778	-0.0701	0.3257	0.1049	-0.2892	-0.1018	0.0874	0.207	0.03	0.0191	0.0854	0.0345	0.3396	-40.4234	22.6805	15.3502
16	0.8743	1.1907	-0.9828	3.3104	0.2183	2.5414	0.0842	-0.7318	-0.1575	0.6315	0.0532	-1.1009	0.3949	0.9201	-0.9734	0.0921	0.0367	-0.138	0.3646	-0.0047	0.2282	-20.767	-21.3098	32.2088
17	1.5215	-0.0875	0.3897	0.8649	0.0061	1.4134	0.327	-0.7114	-0.1636	0.0112	-0.2224	0.2124	0.4123	-1.0134	0.8174	0.1463	-0.1224	-0.0427	0.4267	-0.0214	0.1169	-47.4719	-21.5406	22.2144
18	0.6334	0.3949	-0.1592	0.8617	0.3676	1.4434	-0.0268	-0.1001	-0.3874	-0.0566	0.0369	-0.3642	0.3957	0.3644	-0.1146	0.1453	0.0509	-0.0197	0.2199	0.0377	0.2502	-25.1441	-22.6075	18.6983
19	0.836	-1.1509	-0.2629	2.3326	-0.2453	2.6534	-0.1055	0.0463	0.2172	-0.3389	0.029	-0.2525	-0.2982	0.3832	0.064	0.0787	-0.0381	-0.0259	0.066	0.0107	0.0415	-25.7328	-15.472	17.4596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 326 through 339 )	B	326 - 339
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 340 through 362 )	B	340 - 362
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 363 through 380 )	B	363 - 380
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 381 through 414 )	B	381 - 414
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 415 through 446 )	B	415 - 446
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 222 through 238 )	A	222 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 246 through 277 )	A	246 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 278 through 293 )	A	278 - 293
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 294 through 339 )	A	294 - 339
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 340 through 362 )	A	340 - 362
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 363 through 380 )	A	363 - 380
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 381 through 395 )	A	381 - 395
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 396 through 414 )	A	396 - 414
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 415 through 430 )	A	415 - 430
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 431 through 446 )	A	431 - 446
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 217 through 228 )	B	217 - 228
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 229 through 248 )	B	229 - 248
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 249 through 277 )	B	249 - 277
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 278 through 325 )	B	278 - 325

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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