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- PDB-6u7c: Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG258747 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u7c
タイトルHuman GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG258747
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • Beta-adrenergic receptor kinase 1G protein-coupled receptor kinase 2
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / G-protein coupled receptor kinase / kinase inhibitor / SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of catecholamine secretion / Olfactory Signaling Pathway ...beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of catecholamine secretion / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Activation of SMO / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of the force of heart contraction / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / Calmodulin induced events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / cardiac muscle contraction / viral genome replication / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / receptor internalization / 繊毛 / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / heart development / G alpha (s) signalling events / postsynapse / G alpha (q) signalling events / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / symbiont entry into host cell / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1270 / GPCR kinase / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. ...Helix Hairpins - #1270 / GPCR kinase / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Few Secondary Structures / イレギュラー / Helix Hairpins / PH-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Roll / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q1Y / Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Bouley, R. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL122416 米国
American Heart Association18POST33960047
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2020
タイトル: A New Paroxetine-Based GRK2 Inhibitor Reduces Internalization of themu-Opioid Receptor.
著者: Bouley, R.A. / Weinberg, Z.Y. / Waldschmidt, H.V. / Yen, Y.C. / Larsen, S.D. / Puthenveedu, M.A. / Tesmer, J.J.G.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-adrenergic receptor kinase 1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,4815
ポリマ－124,9553
非ポリマー5272
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6910 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area47170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.633, 240.610, 214.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-adrenergic receptor kinase 1 / G protein-coupled receptor kinase 2 / Beta-ARK-1 / G-protein coupled receptor kinase 2


分子量: 79692.641 Da / 分子数: 1 / 変異: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRK2, ADRBK1, BARK, BARK1
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P25098, beta-adrenergic-receptor kinase

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 BG

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P62871
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7845.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P63212

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非ポリマー , 3種, 78分子

#4: 化合物 ChemComp-Q1Y / 5-[(3S,4R)-3-{[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)oxy]methyl}piperidin-4-yl]-2-fluoro-N-[(2H-indazol-3-yl)methyl]benzamide


分子量: 502.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27FN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50 mM MES pH 6.0, 1.1 M NaCl, 6% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→57.92 Å / Num. obs: 112767 / % possible obs: 99.22 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.2367 / Rpim(I) all: 0.06825 / Rrim(I) all: 0.2521 / Net I/σ(I): 7.25
反射 シェル解像度: 2.44→2.527 Å / Rmerge(I) obs: 3.939 / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 5845 / CC1/2: 0.405 / Rpim(I) all: 1.592 / % possible all: 95.66

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PNK

4pnk


解像度: 2.44→29.902 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2624 3708 3.39 %
Rwork0.2366 --
obs0.2375 109470 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 210.7 Å2 / Biso mean: 52.51 Å2 / Biso min: 41.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→29.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8213 0 38 76 8327
Biso mean--80.96 66.18 -
残基数----1028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.44-2.47210.45761220.4315330179
2.4721-2.50590.37531230.4258347583
2.5059-2.54170.44551270.4139377290
2.5417-2.57960.43211340.434397295
2.5796-2.61990.44291390.4352409897
2.6199-2.66290.41211400.4345400296
2.6629-2.70870.47531430.4237407596
2.7087-2.7580.49471480.416409097
2.758-2.8110.4091360.389402298
2.811-2.86830.35151450.3834414398
2.8683-2.93060.3891490.3619412799
2.9306-2.99870.40141470.3609414399
2.9987-3.07360.39181470.3586420099
3.0736-3.15670.39751430.33594176100
3.1567-3.24940.32721480.30334153100
3.2494-3.35420.27571480.27244213100
3.3542-3.47390.30481410.264100100
3.4739-3.61280.25741460.23454216100
3.6128-3.77690.23211480.20594205100
3.7769-3.97560.20561510.18824177100
3.9756-4.2240.18891420.16834170100
4.224-4.54910.18521470.14834193100
4.5491-5.0050.171500.13934211100
5.005-5.72480.19091470.1634147100
5.7248-7.19610.21461440.18424211100
7.1961-29.9020.17671530.1537417099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3439-1.4246-2.13732.77951.97043.8449-0.4066-0.3602-0.69940.0221-0.18220.63770.6604-0.17250.45180.9520.06410.29880.44350.07580.9886-44.7213.08632.311
27.9656-0.4532-1.52815.82221.4335.7406-0.1652-0.02970.1489-0.90290.2106-0.46610.31331.1568-0.09880.81830.1280.14580.48560.02020.5518-18.05918.76415.848
34.1738-1.2422-1.0415.3298-0.41413.89290.0778-0.82910.81430.04820.2854-0.7236-0.65741.1548-0.32450.7097-0.11510.08470.687-0.26310.6854-21.23336.31733.246
42.1738-0.21750.16996.5464-0.84941.77860.2730.40110.1755-0.6255-0.0615-0.4129-0.42160.0781-0.07461.32460.13690.33310.42470.04760.9205-22.013-21.79615.914
51.3198-1.10210.19783.2258-0.54391.40740.17520.1199-0.171-0.5274-0.00850.30280.0843-0.0917-0.1370.96670.00960.10770.3133-0.00350.7139-24.794-55.90126.892
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 30:184 OR RESID 513:547 ) )A30 - 184
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 30:184 OR RESID 513:547 ) )A513 - 547
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 185:274 OR RESID 475:512 OR RESID 701:701 ) )A185 - 274
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 185:274 OR RESID 475:512 OR RESID 701:701 ) )A475 - 512
5X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 185:274 OR RESID 475:512 OR RESID 701:701 ) )A701
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 275:474 OR RESID 702:702 ) )A275 - 474
7X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 275:474 OR RESID 702:702 ) )A702
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 548:668 )A548 - 668
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 2:340 ) OR ( CHAIN G AND RESID 7:64 )B2 - 340
10X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 2:340 ) OR ( CHAIN G AND RESID 7:64 )G7 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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