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Yorodumi- PDB-6u2s: Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u2s | ||||||
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Title | Structure-based discovery of a novel small-molecule inhibitor of methicillin-resistant S. aureus | ||||||
Components | Bi-component leukocidin LukED subunit D | ||||||
Keywords | TOXIN / alpha-toxin / PVL / Leukocidins / MRSA | ||||||
Function / homology | Function and homology information hemolysis in another organism / cytolysis in another organism / toxin activity / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Structure-based discovery of a small-molecule inhibitor of methicillin-resistantStaphylococcus aureusvirulence. Authors: Liu, J. / Kozhaya, L. / Torres, V.J. / Unutmaz, D. / Lu, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u2s.cif.gz | 147.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u2s.ent.gz | 114.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/6u2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/6u2s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6u33C 6u3fC 6u3tC 6u3yC 6u49C 6u4pC 1lkfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34200.523 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 27-327 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) Gene: lukNF, lukD, BTN44_02870, EP54_14125, EQ90_10595, ER624_13605, HMPREF3211_01500, NCTC10654_01892, NCTC13131_06007, RK64_09800 Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: Q93UU8, UniProt: Q2FXB1*PLUS | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10 mg/mL protein in 10 mM fos-choline 14, 30 mM beta-OG, 10 mM sodium acetate, pH 5.4 against reservoir solution of 28% PEG400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.977 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 16, 2016 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→67.61 Å / Num. obs: 59415 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.2 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 3824 / CC1/2: 0.961 / % possible all: 84.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1LKF Resolution: 1.5→67.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.622 / SU ML: 0.049 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.065 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 80.45 Å2 / Biso mean: 29.138 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→67.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.501→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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