PDB-6t6x: Structure of the Bottromycin epimerase BotH in complex with substrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t6x

タイトル

Structure of the Bottromycin epimerase BotH in complex with substrate

要素

BotH

キーワード

HYDROLASE / Bottromycin / RiPP / Epimerase / ABH

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / catalytic activity / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Chem-MQW / BotH

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: The bottromycin epimerase BotH defines a group of atypical alpha / beta-hydrolase-fold enzymes.
著者: Sikandar, A. / Franz, L. / Adam, S. / Santos-Aberturas, J. / Horbal, L. / Luzhetskyy, A. / Truman, A.W. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J.

履歴

登録	2019年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t6x.cif.gz	194.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t6x.ent.gz	127.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6t6x_validation.pdf.gz	871.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t6x_full_validation.pdf.gz	876.3 KB	表示
XML形式データ	6t6x_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	6t6x_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t6hSC 6t6yC 6t6zC 6t70C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t6h-d 6pve-4 2iip-4 6t70-d 7bkg-3 6t6z-d 5j3p-2 6tfa-2 3rod-1 6pvs-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BotH

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.655, 80.285, 89.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- HOH
2	1	A-516- HOH
3	1	A-563- HOH
4	1	A-613- HOH
5	1	A-616- HOH
6	1	A-636- HOH

#1: タンパク質	BotH 分子量: 33089.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. BC16019 (バクテリア) 遺伝子: botH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: K4MHV9
#2: 化合物	ChemComp-MQW / (4~{R})-2-[(1~{R})-1-[[(2~{S})-2-[[(2~{S})-3-methyl-2-[[(4~{Z},6~{S},9~{S},12~{S})-2,8,11-tris(oxidanylidene)-6,9-di(propan-2-yl)-1,4,7,10-tetrazabicyclo[10.3.0]pentadec-4-en-5-yl]amino]butanoyl]amino]-3-phenyl-propanoyl]amino]-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]-4,5-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylic acid 分子量: 798.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₅₄N₈O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→44.77 Å / Num. obs: 65761 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 9.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / R_merge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 3355

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T6H

6t6h

解像度: 1.25→44.77 Å / SU ML: 0.1007 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.264 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1752	3282	4.99 %
R_work	0.1661	62479	-
obs	0.1666	65761	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→44.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1929	0	56	306	2291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	2036
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2286	2763
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0808	293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	374
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.2299	726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.27	0.2585	141	0.2115	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.27-1.29	0.2101	142	0.2114	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.29-1.31	0.1862	154	0.2009	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.31-1.33	0.2046	121	0.2031	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.33-1.36	0.2259	134	0.2036	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.36-1.38	0.2288	141	0.199	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.38-1.41	0.2187	147	0.1895	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.41-1.44	0.2108	128	0.19	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.09
1.44-1.47	0.2125	149	0.1799	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.47-1.51	0.1709	151	0.1732	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.51-1.55	0.1856	154	0.171	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.55-1.6	0.2058	125	0.1678	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.6-1.65	0.1828	116	0.1673	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.65-1.71	0.1897	152	0.1688	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.71-1.78	0.1796	144	0.1678	2659	X-RAY DIFFRACTION	97.87
1.78-1.86	0.1606	149	0.1573	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.86-1.96	0.1647	147	0.1549	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.96-2.08	0.1548	138	0.1436	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.08-2.24	0.1615	137	0.1454	2707	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.24-2.46	0.134	151	0.1462	2693	X-RAY DIFFRACTION	97.43
2.46-2.82	0.1681	171	0.1576	2657	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.82-3.55	0.1475	145	0.1616	2730	X-RAY DIFFRACTION	97.26
3.55-44.77	0.1889	145	0.1691	2770	X-RAY DIFFRACTION	94.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.839073336198	0.136081276392	-0.0481443122604	1.8811084084	-0.0459042351342	1.08366978284	-0.00501950835424	0.0832965482851	-0.0587384510331	-0.082114343904	0.0288445296495	-0.115963221516	0.0732082976643	0.0399635165202	-0.0146364194212	0.0392772733393	-0.00100725427863	0.00203247695897	0.0616611199464	-0.00122169990476	0.0402474763683	-6.58728644497	-11.3870995236	-34.6068398406
2	1.63223790838	-0.085619295515	0.0523679432632	1.79840275612	1.02242979057	2.62279780516	-0.0161351567149	0.0501218597009	0.0946471983098	-0.0841823619791	-0.0438769418375	0.0408401384885	0.0335915855263	-0.0835755338676	0.0390661103792	0.0507017034958	-0.010741850657	0.00168379867711	0.0318872079749	0.0332747695444	0.0326714089138	-12.8437002475	-1.72766403846	-35.0092370605
3	1.50747155286	0.267786835282	-0.0996310060722	1.69312625347	-0.0494154950383	0.933571732167	-0.0156209107009	0.0128377394108	0.088967328281	0.0597092894107	-0.00301749185897	0.12901753879	-0.0214993264309	-0.0583532043119	0.0182918857052	0.032403085186	-0.0144107425966	-0.000560247039212	0.0479920381984	0.010655341178	0.0570456909768	-21.5444899436	-10.7368249896	-30.2327151597
4	1.40406960078	-0.971785683401	0.525793452298	3.7692178512	-0.750232043147	1.4583982467	-0.0705231677907	-0.247258019502	0.105973019723	0.333588540027	0.0217813140976	0.0418463649126	-0.0322031153724	-0.115444650188	0.0392297437207	0.130300134828	0.00831161881771	0.0149727178898	0.130360468371	-0.0122544053103	0.0774403930758	-11.7045396706	-0.328899461687	-11.670043413
5	0.93667793302	1.32008021656	0.253111322541	3.79114092225	-1.18265820132	1.33197391031	0.0604356241157	-0.0894322786182	-0.0321342867248	0.25677596648	-0.0524051353093	0.0210965243053	-0.0240180960002	-0.0102710334489	-0.0274736283947	0.0886400256786	0.00459357040436	0.00215035415291	0.0870881255458	-0.00172641831432	0.0863718585979	-5.18983347064	-9.03761991627	-17.2529181489
6	0.881051448002	0.487560218395	0.190784958508	1.33188109406	0.234447201487	0.29692842023	-0.0463591991878	0.019480897883	0.090535688866	-0.00503466923424	0.0170276615613	0.202940183668	-0.00713920007084	-0.0673825453787	0.0430046328148	0.0583869412856	-0.00558256726318	0.0136455587994	0.0897495057862	0.00310739590297	0.0716190913538	-23.1717064395	-8.45062751614	-25.9976767455
7	1.87044926025	-0.144564492034	-0.323823340653	0.827822912934	0.0378204846505	1.02952921356	-0.0295215281707	-0.0499058151831	-0.0598115089182	0.0681661215507	0.0300178969959	0.0791111111447	0.120391667139	-0.0477640175544	0.00611403586031	0.080564032112	-0.0218306879094	0.0105542803587	0.0477016684241	0.0115008128669	0.0506053919761	-20.8031959554	-21.4893435532	-24.0327931814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 141 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 167 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 168 through 182 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 183 through 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 222 through 262 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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