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Yorodumi- PDB-6t6x: Structure of the Bottromycin epimerase BotH in complex with substrate -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t6x | ||||||
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Title | Structure of the Bottromycin epimerase BotH in complex with substrate | ||||||
Components | BotH | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Bottromycin / RiPP / Epimerase / ABH | ||||||
Function / homology | : / alpha/beta hydrolase fold / catalytic activity / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Chem-MQW / BotH Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces sp. BC16019 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.25 Å | ||||||
Authors | Koehnke, J. / Sikandar, A. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2020 Title: The bottromycin epimerase BotH defines a group of atypical alpha / beta-hydrolase-fold enzymes. Authors: Sikandar, A. / Franz, L. / Adam, S. / Santos-Aberturas, J. / Horbal, L. / Luzhetskyy, A. / Truman, A.W. / Kalinina, O.V. / Koehnke, J. #1: Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6t6x.cif.gz | 194.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6t6x.ent.gz | 127.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6t6x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6t6x_validation.pdf.gz | 871.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6t6x_full_validation.pdf.gz | 876.3 KB | Display | |
Data in XML | 6t6x_validation.xml.gz | 16 KB | Display | |
Data in CIF | 6t6x_validation.cif.gz | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/6t6x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6t6hSC 6t6yC 6t6zC 6t70C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33089.895 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. BC16019 (bacteria) / Gene: botH / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta 2 / References: UniProt: K4MHV9 |
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#2: Chemical | ChemComp-MQW / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: MES, ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.25→44.77 Å / Num. obs: 65761 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 9.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.25→1.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 3355 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6T6H Resolution: 1.25→44.77 Å / SU ML: 0.1007 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.264 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.25→44.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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