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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6smp | ||||||
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タイトル | AntDE:AntF (holo): type II PKS acyl-carrier protein in complex with its ketosynthase bound to the hexaketide | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / Natural Product Biosynthesis / Polyketides / Minimal PKS System / Anthraquinone / Chain Elongation / Catalysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Braeuer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruehl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H. / Groll, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural snapshots of the minimal PKS system responsible for octaketide biosynthesis. 著者: Brauer, A. / Zhou, Q. / Grammbitter, G.L.C. / Schmalhofer, M. / Ruhl, M. / Kaila, V.R.I. / Bode, H.B. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6smp.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6smp.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6smp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6smp_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6smp_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6smp_validation.xml.gz | 110.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6smp_validation.cif.gz | 147.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/6smp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/6smp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10850.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: C6H68_21855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S8QL96, UniProt: Q7MZT5*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 47350.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア) 株: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / 遺伝子: plu4191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZT3 #3: タンパク質 | 分子量: 40787.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア) 株: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / 遺伝子: plu4190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MZT4 #4: 化合物 | ChemComp-LLE / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.5 M (NH4)2SO4, 30% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 92717 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 8962 / CC1/2: 0.734 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6SMO 解像度: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 44.249 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.417 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 149.74 Å2 / Biso mean: 61.457 Å2 / Biso min: 24.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.972 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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