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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6scu | ||||||
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タイトル | THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J88 | ||||||
![]() | Thermolysin | ||||||
![]() | HYDROLASE / THERMOLYSIN / METALLOPROTEASE / FRAGMENT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J88 著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 235.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 158.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 736.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 736.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 E
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00800, thermolysin |
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-非ポリマー , 5種, 260分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/88B.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/88B.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 化合物 | ChemComp-88B / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 61953 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 13.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 9812 / CC1/2: 0.945 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.42→46.15 Å / SU ML: 0.1013 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.3507 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→46.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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