PDB-6s17: Crystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s17

タイトル

Crystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor

要素

Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / catalytic domain / phosphorylated

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Redondo, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Kinase Scaffold Repurposing in the Public Domain
著者: Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Elkins, J.M. / Ward, S.

履歴

登録	2019年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月21日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s17.cif.gz	234 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s17.ent.gz	189.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s17_validation.pdf.gz	728.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s17_full_validation.pdf.gz	731.3 KB	表示
XML形式データ	6s17_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	6s17_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/6s17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s11C 6s14C 6s1bC 6s1hC 6s1jC 4mq1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nct-1 6yf8-2 5a4q-1 3anq-3 6eis-3 4mq2-3 6a1g-2 5a4l-1 4yll-d 5a54-1 6eiq-1 5a4e-1 3anr-4 6eij-1 6eip-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A

ヘテロ分子

43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.870, 70.550, 68.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-620- HOH

#1: タンパク質	Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB 分子量: 42081.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-KQK / ~{N},~{N}-dimethyl-4-pyrazolo[1,5-b]pyridazin-3-yl-pyrimidin-2-amine 分子量: 240.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6M ammonium sulfate -- 0.1M citrate pH 5.3 -- 0.2M sodium/potassium tartrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→30.46 Å / Num. obs: 137242 / % possible obs: 80.2 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 12.26 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 554971

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.1-1.13	2	0.621	6147	3030	0.552	0.47	0.785	1.3	24.3
4.92-30.46	4.5	0.037	8824	1958	0.998	0.019	0.042	32.9	98.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4mq1

4mq1

解像度: 1.1→25.065 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1625	6929	5.05 %
R_work	0.1491	130301	-
obs	0.1498	137230	80.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.52 Å² / B_iso mean: 21.7222 Å² / B_iso min: 8.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.1→25.065 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2753	0	115	449	3317
B_iso mean	-	-	29.14	33.66	-
残基数	-	-	-	-	343

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1-1.1125	0.2812	66	0.2908	1133	1199	21
1.1125-1.1256	0.3102	58	0.2781	1403	1461	26
1.1256-1.1394	0.3319	98	0.2645	1666	1764	31
1.1394-1.1538	0.2571	114	0.2569	1884	1998	35
1.1538-1.169	0.2609	128	0.2468	2266	2394	42
1.169-1.185	0.2361	131	0.2262	2700	2831	49
1.185-1.2019	0.2325	171	0.2198	3089	3260	58
1.2019-1.2198	0.2342	215	0.2172	3847	4062	72
1.2198-1.2389	0.2163	279	0.206	4360	4639	81
1.2389-1.2592	0.2281	228	0.2015	4547	4775	83
1.2592-1.2809	0.2173	241	0.1861	4625	4866	86
1.2809-1.3042	0.1968	261	0.1816	4746	5007	88
1.3042-1.3293	0.1957	270	0.1723	4791	5061	89
1.3293-1.3564	0.1851	258	0.1707	4844	5102	90
1.3564-1.3859	0.1736	312	0.1682	5117	5429	95
1.3859-1.4182	0.1764	278	0.1648	5167	5445	95
1.4182-1.4536	0.1832	254	0.1626	5189	5443	96
1.4536-1.4929	0.1651	251	0.1577	5175	5426	96
1.4929-1.5368	0.1702	293	0.1519	5242	5535	96
1.5368-1.5864	0.1706	260	0.1452	5221	5481	97
1.5864-1.6431	0.1603	254	0.1408	5230	5484	96
1.6431-1.7089	0.169	295	0.143	5263	5558	97
1.7089-1.7867	0.1566	224	0.1452	5277	5501	97
1.7867-1.8808	0.1608	288	0.1388	5239	5527	97
1.8808-1.9986	0.1418	300	0.1364	5323	5623	98
1.9986-2.1529	0.1415	279	0.1328	5313	5592	98
2.1529-2.3694	0.1398	254	0.1245	5386	5640	98
2.3694-2.7119	0.1414	295	0.132	5357	5652	99
2.7119-3.4153	0.1467	274	0.1423	5425	5699	99
3.4153-25.0717	0.1643	300	0.1517	5476	5776	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7373	0.1238	-0.8818	0.8768	-0.2228	2.6277	-0.0661	-0.1096	-0.1567	0.0554	0.0085	-0.0471	0.1822	0.0488	0.0435	0.1064	-0.0087	0.0053	0.0827	0.0185	0.0965	24.7392	-60.9734	46.144
2	5.2778	-3.518	-1.1418	6.041	1.3715	3.0952	-0.0814	-0.0197	0.1233	0.0509	0.0621	0.143	-0.2622	-0.1262	0.0082	0.0852	0.0002	0.0074	0.0715	0.0108	0.0691	27.0777	-44.3306	37.7829
3	2.4363	-0.1621	1.2632	0.415	-0.4137	2.0861	-0.0032	-0.1904	0.0216	0.0441	0.0579	0.0082	-0.0585	-0.1267	-0.0643	0.1095	-0.0064	0.0162	0.0863	0.0074	0.0904	18.1099	-51.0794	40.6193
4	7.1293	-3.5845	-0.7209	3.3255	-1.4522	2.4653	-0.0044	0.0216	-0.1619	-0.2759	-0.0215	0.1131	0.4683	-0.1641	-0.0182	0.189	-0.0353	-0.0211	0.0808	0.0134	0.1381	4.243	-62.2318	23.7514
5	2.6107	0.1927	0.4242	1.2062	-0.2635	1.0356	0.0015	-0.0958	-0.0622	0.0261	0.0121	0.0567	-0.0179	-0.0618	-0.0145	0.0935	0.0105	0.0106	0.0796	-0.0005	0.0828	12.834	-44.8667	29.9276
6	5.5344	-2.701	1.7012	2.4212	0.3719	1.8373	0.1885	0.3508	0.6987	-0.5687	0.1069	-0.7861	-0.3269	0.3515	-0.4507	0.1739	0.0033	0.0746	0.1531	0.0488	0.2451	31.9773	-42.2593	20.875
7	1.5774	0.1064	0.3181	0.6304	0.2527	1.3247	0.0345	0.1769	-0.0269	-0.1074	-0.0035	-0.0464	-0.0246	0.1102	-0.0265	0.1151	0.0188	0.0026	0.1125	0.0006	0.1034	18.228	-46.8195	12.6461
8	3.3748	1.7959	0.0491	3.961	-1.0328	5.9833	0.0638	0.6441	0.3313	-0.8772	0.0767	-0.0577	-0.2419	0.1368	-0.0763	0.3163	0.0396	0.0643	0.3985	0.0554	0.1532	25.1032	-43.1103	-2.885
9	3.8526	1.8047	-4.0536	6.4345	-2.5569	6.4118	-0.0851	0.9676	-0.6346	-0.5598	0.0852	-0.1746	0.4636	0.1844	0.0071	0.276	0.0761	-0.0132	0.3214	-0.0718	0.1645	18.0715	-53.594	-1.6393
10	2.1743	-0.409	-0.489	0.5685	0.1559	2.0837	0.1211	0.2216	-0.1328	-0.1348	-0.0023	0.1562	0.182	-0.206	-0.1144	0.1693	0.0003	-0.0707	0.2019	-0.0137	0.1688	0.0741	-51.4874	8.5483
11	4.2619	1.2482	-0.6547	3.1983	-0.2962	2.6086	-0.0849	-0.2371	0.0297	-0.1029	0.0135	0.3929	-0.0877	-0.4521	0.0295	0.105	0.0348	-0.0275	0.2021	0.0054	0.1654	-3.3862	-44.5664	15.7712
12	1.8939	-1.074	-0.7889	2.0227	0.9998	3.2265	-0.0015	0.0461	0.201	-0.0718	0.0407	0.01	-0.1648	0.063	-0.0389	0.1123	0.0156	-0.0084	0.0727	0.0101	0.105	12.2094	-34.8724	16.5191
13	3.75	-1.9101	-0.3136	5.7302	1.3424	0.454	-0.1152	-0.2227	0.2234	0.2893	0.1484	0.5258	-0.1838	-0.3207	0.0719	0.1505	0.0742	0.0328	0.1754	0.0268	0.1647	-0.9902	-35.3071	23.7001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 134:192)	A	134 - 192
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 193:215)	A	193 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:248)	A	216 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 249:256)	A	249 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 257:313)	A	257 - 313
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 314:321)	A	314 - 321
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 322:389)	A	322 - 389
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 390:404)	A	390 - 404
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 405:416)	A	405 - 416
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 417:439)	A	417 - 439
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 440:457)	A	440 - 457
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 458:474)	A	458 - 474
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 475:482)	A	475 - 482

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)