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万見
- PDB-6s15: Pyridine derivative of the natural alkaloid Berberine as Human Te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s15
タイトルPyridine derivative of the natural alkaloid Berberine as Human Telomeric G-quadruplex Binder
要素DNA TAGGGTTAGGGT
キーワードDNA / DRUG-DNA COMPLEX / telomeric G-quadruplex
機能・相同性: / Berberine / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Gratteri, P. / Papi, F.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Pyridine Derivative of the Natural Alkaloid Berberine as Human Telomeric G4-DNA Binder: A Solution and Solid-State Study.
著者: Papi, F. / Bazzicalupi, C. / Ferraroni, M. / Ciolli, G. / Lombardi, P. / Khan, A.Y. / Kumar, G.S. / Gratteri, P.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TAGGGTTAGGGT
B: DNA TAGGGTTAGGGT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0815
ポリマ－7,5472
非ポリマー5343
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.250, 41.250, 68.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 DNA TAGGGTTAGGGT


分子量: 3773.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: quadruplex structure / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-KQT / Berberine


分子量: 455.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C28H27N2O4 / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.38 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Potassium Cacodylate, Lithium Sulfate, Magnesium Sulfate, Iso-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.35 Å / Num. obs: 6173 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 22.9 % / Biso Wilson estimate: 32.91 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 21.74
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.54 / Num. unique obs: 418 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.33 / % possible all: 96.35

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CDB

5cdb


解像度: 1.7→35.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 3.242 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.1758 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.156
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2935 702 10.2 %RANDOM
Rwork0.2657 ---
obs0.2684 6173 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.22 Å2 / Biso mean: 32.915 Å2 / Biso min: 18.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.39 Å2-0 Å2
3----2.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→35.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 493 36 24 553
Biso mean--34.61 41.65 -
残基数----24
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.013593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.019270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.615913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.463623
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02119
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 57 -
Rwork0.288 418 -
all-475 -
obs--96.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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