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- PDB-6rz5: XFEL crystal structure of the human cysteinyl leukotriene recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rz5
タイトルXFEL crystal structure of the human cysteinyl leukotriene receptor 1 in complex with zafirlukast
要素Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / LCP / cysteinyl leukotriene / LTD4 / cyslt1 / cysltr1 / cyslt1r / asthma / zafirlukast / BRIL / sodium site / Cysteinyl Leukotriene Receptor 1 / XFEL / Serial Femtosecond Crystallography / SFX
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteinyl leukotriene receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / LTC4-CYSLTR mediated IL4 production / respiratory gaseous exchange by respiratory system / inflammatory response to antigenic stimulus / G protein-coupled peptide receptor activity / neuropeptide signaling pathway / establishment of localization in cell / electron transport chain ...cysteinyl leukotriene receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / LTC4-CYSLTR mediated IL4 production / respiratory gaseous exchange by respiratory system / inflammatory response to antigenic stimulus / G protein-coupled peptide receptor activity / neuropeptide signaling pathway / establishment of localization in cell / electron transport chain / defense response / chemotaxis / calcium ion transport / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / Potential therapeutics for SARS / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteinyl leukotriene receptor 1 / Cysteinyl leukotriene receptor / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. ...Cysteinyl leukotriene receptor 1 / Cysteinyl leukotriene receptor / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / zafirlukast / Soluble cytochrome b562 / Cysteinyl leukotriene receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Luginina, A. / Gusach, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Brouillette, R. / Popov, P. / Shiryaeva, A. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Lyapina, E. ...Luginina, A. / Gusach, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Brouillette, R. / Popov, P. / Shiryaeva, A. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Lyapina, E. / Ishchenko, A. / Patel, N. / Polovinkin, V. / Safronova, N. / Bogorodskiy, A. / Edelweiss, E. / Liu, W. / Batyuk, A. / Gordeliy, V. / Han, G.W. / Sarret, P. / Katritch, V. / Borshchevskiy, V. / Cherezov, V.
資金援助 ロシア, 米国, カナダ, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation16-14-10273 ロシア
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127086 米国
Canadian Institutes of Health ResearchFDN-148413 カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure-based mechanism of cysteinyl leukotriene receptor inhibition by antiasthmatic drugs.
著者: Luginina, A. / Gusach, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Brouillette, R. / Popov, P. / Shiriaeva, A. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Lyapina, E. / Ishchenko, A. / Patel, N. / Polovinkin, ...著者: Luginina, A. / Gusach, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Brouillette, R. / Popov, P. / Shiriaeva, A. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Lyapina, E. / Ishchenko, A. / Patel, N. / Polovinkin, V. / Safronova, N. / Bogorodskiy, A. / Edelweiss, E. / Hu, H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Batyuk, A. / Gordeliy, V. / Han, G.W. / Sarret, P. / Katritch, V. / Borshchevskiy, V. / Cherezov, V.
履歴
登録2019年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年1月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _entity_src_gen.host_org_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num
改定 3.02020年4月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num
改定 3.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 3.22023年12月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
改定 3.32024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1
B: Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,29344
ポリマ－95,8542
非ポリマー13,43942
水18010
1
A: Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,72323
ポリマ－47,9271
非ポリマー6,79622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,57021
ポリマ－47,9271
非ポリマー6,64320
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.590, 68.580, 87.390
Angle α, β, γ (deg.)76.31, 76.68, 81.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1 / CysLTR1 / Cysteinyl leukotriene D4 receptor / LTD4 receptor / G-protein coupled receptor HG55 / ...CysLTR1 / Cysteinyl leukotriene D4 receptor / LTD4 receptor / G-protein coupled receptor HG55 / HMTMF81 / Cytochrome b-562 / CysLTR1 / Cysteinyl leukotriene D4 receptor / LTD4 receptor / G-protein coupled receptor HG55 / HMTMF81


分子量: 47927.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: CYSLTR1, CYSLT1, cybC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y271, UniProt: P0ABE7

-
非ポリマー , 6種, 52分子

#2: 化合物 ChemComp-ZLK / zafirlukast


分子量: 575.675 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H33N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 75-175 mM sodium phosphate 24-34% v/v PEG400 100 mM HEPES pH 7.0 1 uM zafirlukast

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.302 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月21日 / 詳細: pair of Kirkpatrick-Baez mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.302 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→20 Å / Num. obs: 30258 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 82.7 % / Biso Wilson estimate: 65.2 Å2 / CC1/2: 0.98 / R split: 0.2 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 43.2 % / Num. unique obs: 2988 / CC1/2: 0.2 / R split: 2.19 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 2.25 µm2 / Pulse duration: 43 fsec. / Pulse photon energy: 9.52 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: LCP jet / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injection解説: LCP jet / Flow rate: 0.2 µL/min / Injector diameter: 50 µm
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 40720 / Frames indexed: 30129 / Frames total: 315374 / Lattices indexed: 32568 / XFEL pulse events: 315374

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
CrystFEL0.6.3+23ea03c7データ削減
CrystFEL0.6.3+23ea03c7データスケーリング
PHASER1.12-2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RZ4

6rz4


解像度: 2.53→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.415 / SU Rfree Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.255
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1508 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 30186 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 92.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0892 Å21.1108 Å22.9794 Å2
2--7.8357 Å20.1126 Å2
3----7.7465 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5527 0 572 10 6109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016237HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.088375HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2082SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1005HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6237HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion819SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6750SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.55 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 -4.97 %
Rwork0.2197 574 -
all0.2219 604 -
obs--98.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04260.1658-0.3138-0.0354-0.1050.9688-0.0252-0.11980.1251-0.0266-0.0586-0.0437-0.0736-0.02780.0838-0.28660.0186-0.0239-0.3093-0.0601-0.21072.129615.55751.6921
20.4985-0.06050.61210.5089-0.4540.5653-0.0476-0.0031-0.27870.09980.01750.1323-0.17060.02250.0301-0.29140.034-0.0102-0.31420.0185-0.1065-2.1224-15.75524.1544
31.06890.81830.56912.563-0.4098-0.04740.0091-0.2408-0.05710.1246-0.05890.2615-0.125-0.0880.0499-0.30130.0644-0.0321-0.224-0.0698-0.1556-1.4664-0.6662-6.3049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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