PDB-6run: Co-substituted alpha-Keggin bound to Proteinase K solved by EP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6run

タイトル

Co-substituted alpha-Keggin bound to Proteinase K solved by EP

要素

Proteinase K

キーワード

PROTEIN BINDING / Polyoxometalate / Complex / alpha-Keggin / Proteinase K

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Breibeck, J. / Bijelic, A. / Rompel, A.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Transition metal-substituted Keggin polyoxotungstates enabling covalent attachment to proteinase K upon co-crystallization.
著者: Breibeck, J. / Bijelic, A. / Rompel, A.

履歴

登録	2019年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6run.cif.gz	119.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6run.ent.gz	98 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6run.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6run_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6run_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6run_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6run_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6run ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6run	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rugC 6ruhC 6rukC 6ruwC 6rveC 6rvgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bi7-1 3i48-1 3i41-2 3g2d-1 6fk5-d 5jn8-3 5ku6-1 4l1y-d 1ex9-d 3o0v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.860, 67.860, 102.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-576- HOH

#1: タンパク質	Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-WCO / Co-substituted alpha-Keggin 分子量: 2736.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoO₃₉PW₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM sodium acetate (pH 5.5), 0.7-1.2 M ammonium sulphate, 2.5 mM Co-subsituted alpha-Keggin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→35 Å / Num. obs: 96998 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.979 / R_merge(I) obs: 0.2122 / R_pim(I) all: 0.07843 / Net I/σ(I): 6.83
反射シェル	解像度: 1.1→1.139 Å / Num. unique obs: 9398

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.1→34.996 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1403	4850	5 %
R_work	0.1274	-	-
obs	0.128	96995	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→34.996 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2017	0	109	307	2433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2210
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.079	3248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.883	718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	310
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1002-1.1127	0.2906	152	0.2708	2902	X-RAY DIFFRACTION	96
1.1127-1.1258	0.2639	159	0.2451	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1258-1.1395	0.223	159	0.2137	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1395-1.1539	0.2168	160	0.1846	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1539-1.1691	0.192	161	0.1609	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1691-1.1851	0.1591	158	0.1425	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1851-1.2021	0.1405	160	0.1351	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2021-1.22	0.1638	160	0.1354	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
1.22-1.2391	0.1504	161	0.1305	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2391-1.2594	0.1532	158	0.1326	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2594-1.2811	0.1576	163	0.1321	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2811-1.3044	0.1527	159	0.133	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3044-1.3295	0.1558	160	0.1191	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3295-1.3566	0.1409	161	0.1112	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3566-1.3861	0.1365	161	0.1063	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3861-1.4184	0.1221	161	0.0992	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4184-1.4538	0.1212	160	0.0933	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4538-1.4931	0.1057	160	0.0896	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4931-1.5371	0.1212	162	0.0879	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5371-1.5867	0.1161	161	0.0911	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5867-1.6434	0.1212	162	0.0909	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6434-1.7092	0.1117	163	0.0976	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7092-1.787	0.1253	163	0.1025	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.787-1.8812	0.1131	162	0.1081	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8812-1.999	0.1246	164	0.112	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.999-2.1534	0.1168	164	0.1245	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1534-2.37	0.118	164	0.1342	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.7129	0.1467	166	0.137	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7129-3.4175	0.1506	169	0.1359	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4175-35.0134	0.148	177	0.1487	3364	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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