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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r0q | ||||||
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タイトル | Mutant cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with thalidomide metabolite alpha-(o-carboxybenzamido)glutarimide | ||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN / proteolysis targeting chimera / PROTAC / protein degradation / hydrolysis product | ||||||
機能・相同性 | CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-JNW / Cereblon isoform 4![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heim, C. / Hartmann, M.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: De-Novo Design of Cereblon (CRBN) Effectors Guided by Natural Hydrolysis Products of Thalidomide Derivatives. 著者: Heim, C. / Pliatsika, D. / Mousavizadeh, F. / Bar, K. / Hernandez Alvarez, B. / Giannis, A. / Hartmann, M.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6r0sC ![]() 6r0uC ![]() 6r0vC ![]() 6r11C ![]() 6r12C ![]() 6r13C ![]() 6r18C ![]() 6r19C ![]() 6r1aC ![]() 6r1cC ![]() 6r1dC ![]() 6r1kC ![]() 6r1wC ![]() 6r1xC ![]() 4v2yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 13766.490 Da / 分子数: 4 / 変異: A52H, M54Y, F56H, R68N, A72R, I87V, L89Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 FEGH
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 273.330 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 358.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 429分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/JNW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/JNW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-JNW / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.51 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M Ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→49.17 Å / Num. obs: 68423 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.37 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 3.14 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 10911 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4v2y 解像度: 1.5→49.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 3.261 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.669 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→49.17 Å
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拘束条件 |
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