PDB-6qqz: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qqz

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with inhibitor

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of Inhibitors againstMycobacterium abscessustRNA (m1G37) Methyltransferase (TrmD) Using Fragment-Based Approaches.
著者: Whitehouse, A.J. / Thomas, S.E. / Brown, K.P. / Fanourakis, A. / Chan, D.S. / Libardo, M.D.J. / Mendes, V. / Boshoff, H.I.M. / Floto, R.A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Coyne, A.G.

履歴

登録	2019年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qqz.cif.gz	177.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qqz.ent.gz	139.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qqz_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qqz_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6qqz_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	6qqz_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqqC 6qqrC 6qqtC 6qquC 6qqvC 6qqwC 6qr0C 6qr1C 6qr2C 6qr3C 6qr4C 6qr7C 6qr9C 6qraC 6qrbC 6qrcC 6qrdC 6qreC 6qrfC 6qrgC 6nvrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qo4-d 6qqy-d 6qr3-d 6qr1-d 6qqu-d 6qoq-d 6qox-d 6qr5-d 6nw6-d 6qrc-d 6qr8-d 6qr9-d 6qou-d 6nw7-d 6qow-d 6qra-d 6qor-d 6qog-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.779, 77.775, 86.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JEB / 5-azanyl-3-[1-(pyridin-3-ylmethyl)indol-6-yl]-1~{H}-pyrazole-4-carbonitrile 分子量: 314.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₄N₆
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→86.44 Å / Num. obs: 51652 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.11 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 22.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.79	9	0.923	8069	0.824	0.324	0.98	100
5.38-86.44	7.8	0.031	1945	0.999	0.012	0.034	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NVR

6nvr

解像度: 1.702→45.739 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	2752	5.34 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1742	51578	92.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.16 Å² / B_iso mean: 35.8742 Å² / B_iso min: 19.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.702→45.739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3126	0	53	234	3413
B_iso mean	-	-	32.4	45.31	-
残基数	-	-	-	-	412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3285
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	4507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	508
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.252	1172

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7023-1.7317	0.2642	152	0.2443	2615	2767	100
1.7317-1.7632	0.2954	160	0.2191	2593	2753	100
1.7632-1.7971	0.2358	148	0.2093	2597	2745	100
1.7971-1.8338	0.2361	162	0.1892	2595	2757	100
1.8338-1.8736	0.2295	121	0.1857	2676	2797	100
1.8736-1.9172	0.2227	79	0.1965	1241	1320	65
1.9172-1.9652	0.1879	104	0.1757	2112	2216	99
1.9652-2.0183	0.2189	142	0.1747	2614	2756	100
2.0183-2.0777	0.2219	130	0.176	2188	2318	83
2.0777-2.1448	0.1963	138	0.1715	2613	2751	100
2.1448-2.2214	0.2104	150	0.1764	2634	2784	100
2.2214-2.3103	0.1784	87	0.1641	1575	1662	60
2.3103-2.4155	0.2096	146	0.1698	2654	2800	100
2.4155-2.5428	0.1867	156	0.1759	2632	2788	100
2.5428-2.7021	0.2258	145	0.1793	2294	2439	87
2.7021-2.9107	0.219	159	0.1923	2640	2799	100
2.9107-3.2036	0.2057	127	0.187	2677	2804	100
3.2036-3.667	0.1694	114	0.1772	2513	2627	94
3.667-4.6193	0.1693	173	0.1498	2531	2704	95
4.6193-45.7559	0.1926	159	0.1621	2832	2991	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0877	-0.0199	0.0362	0.0345	-0.0642	0.0895	-0.0247	0.6287	0.0102	-0.4626	-0.0717	-0	0.1152	-0.3465	-0.0004	0.3525	-0.0281	0.0186	0.4041	-0.0056	0.2599	-32.0335	13.2461	-22.2128
2	1.0605	0.3747	-0.1275	0.3705	-0.4506	0.5987	0.029	0.1163	0.075	-0.2349	0.171	-0.032	-0.2131	-0.1023	0	0.2646	0.0015	-0.0089	0.3225	0.0241	0.3044	-36.296	18.8442	-14.2316
3	1.3006	-0.2024	-0.3092	0.0809	-0.069	0.849	-0.0324	-0.0098	-0.0481	-0.0357	0.0208	0.0222	0.081	-0.0489	-0	0.2376	-0.0218	0.005	0.2326	-0.0126	0.2511	-28.0185	10.2307	-11.1815
4	0.4932	0.2159	0.0926	0.7958	-0.8797	1.2959	-0.1388	0.1997	-0.311	-0.2512	-0.4125	0.2585	0.486	-0.1217	-0.6182	0.4195	-0.1245	-0.0281	0.3153	-0.2553	0.3548	-14.5128	0.7243	-25.1128
5	0.2162	0.0237	0.1496	0.1391	0.1215	0.1408	-0.0107	0.0441	0.1371	-0.5111	0.2199	-0.3113	0.0078	0.2477	-0.0004	0.3624	-0.0377	0.0712	0.2995	-0.015	0.3044	2.4427	4.6343	-40.8116
6	0.2204	0.0653	-0.1681	0.0359	0.0206	0.0839	-0.0119	-0.0655	0.1747	0.1167	0.1707	-0.2083	0.1101	0.2783	0.0001	0.2867	0.0298	-0.0258	0.3399	-0.0404	0.292	2.4357	2.1541	-24.1014
7	1.0781	0.4944	-0.327	0.3456	-0.2308	0.6521	-0.0223	0.1339	-0.0964	-0.1709	-0.0629	0.3701	-0.096	-0.1701	-0.0001	0.3103	0.0078	-0.0296	0.2761	0.0025	0.236	-14.9273	16.1409	-36.7489
8	0.8109	-0.1684	-0.3315	0.4166	0.5177	1.0411	0.025	0.0209	0.0772	-0.1876	0.05	-0.0401	-0.1578	0.0005	0	0.2852	-0.0299	0.022	0.2134	-0.0025	0.2408	-8.3287	19.1604	-28.4271
9	0.0089	0.0505	0.0241	0.0808	0.0792	0.0578	-0.091	0.009	0.3422	-0.1269	0.0171	-0.2945	-0.2461	0.0419	0.0008	0.3232	-0.0195	-0.0176	0.3266	0.0012	0.4859	-16.4755	25.5724	-7.438
10	0.158	-0.0769	-0.1265	0.0418	0.0978	0.1166	0.018	-0.3657	0.3143	0.2809	-0.0198	0.1832	0.1839	-0.0319	-0.0002	0.2984	0.026	0.0189	0.357	-0.0788	0.3012	-33.5235	22.551	6.4785
11	0.1394	0.011	-0.4137	0.0034	-0.0373	0.8177	-0.1269	-0.5809	0.1726	0.2806	0.2089	-0.29	0.2896	0.0475	-0.0253	0.2073	0.0311	-0.0487	0.5741	-0.1015	0.3501	-18.5267	19.8391	5.9757
12	0.067	0.0002	-0.0348	0.0046	-0.0045	0.0117	0.227	0.2693	-0.3734	-0.0412	0.1292	-0.4531	0.2114	-0.2375	-0.0007	0.289	-0.032	-0.0728	0.3132	-0.0222	0.4065	-8.1519	9.6241	-1.7266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 62 )	A	20 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 155 )	A	63 - 155
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 181 )	A	156 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 182 through 203 )	A	182 - 203
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 155 )	B	63 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 156 through 182 )	B	156 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 183 through 203 )	B	183 - 203
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 204 through 222 )	B	204 - 222
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 223 through 232 )	B	223 - 232

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