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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qdx | ||||||
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タイトル | Structure of E.coli RlmJ in complex with a bisubstrate analogue (BA4) | ||||||
![]() | Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J | ||||||
![]() | TRANSFERASE / RNA MTases / methyltransferase / m6A / transition state analogue / inhibitor / RNA binding / TrmK / RlmJ / m1A / structure. | ||||||
機能・相同性 | ![]() 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase / 23S rRNA (adenine(2030)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / carbon utilization / rRNA base methylation / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oerum, S. / Catala, M. / Atdjian, C. / Brachet, F. / Ponchon, L. / Barraud, P. / Iannazzo, L. / Droogmans, L. / Braud, E. / Etheve-Quelquejeu, M. / Tisne, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Bisubstrate analogues as structural tools to investigate m6A methyltransferase active sites. 著者: Oerum, S. / Catala, M. / Atdjian, C. / Brachet, F. / Ponchon, L. / Barraud, P. / Iannazzo, L. / Droogmans, L. / Braud, E. / Etheve-Quelquejeu, M. / Tisne, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 243.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 195.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32271.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0G3KF30, UniProt: P37634*PLUS, 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-HY8 / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MMT pH 6.0, 25% (w/v) PEG1500. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.323 Å / Num. obs: 75173 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2072 / Net I/σ(I): 5.63 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.7769 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4BLV 解像度: 2.1→48.323 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.323 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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