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万見
- PDB-6q1u: Structure of plasmin and peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q1u
タイトルStructure of plasmin and peptide complex
要素
  • GLY-ARG-ALA-TYR-LYS-SER-LYS-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP
  • Plasminogen
キーワードBLOOD CLOTTING / serine protease / cyclic peptide / complex / antifibrinolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / tissue regeneration / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of endopeptidase activity ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / protein antigen binding / tissue regeneration / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of endopeptidase activity / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / negative regulation of cell-substrate adhesion / myoblast differentiation / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / endopeptidase inhibitor activity / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / Schaffer collateral - CA1 synapse / serine-type endopeptidase inhibitor activity / kinase binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / protease binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-methyl-1H-1,2,3-triazole / Plasminogen / Trypsin inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Helianthus annuus (ヒグルマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3467 Å
データ登録者Wu, G. / Law, R.H.P.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Application and Structural Analysis of Triazole-Bridged Disulfide Mimetics in Cyclic Peptides.
著者: White, A.M. / de Veer, S.J. / Wu, G. / Harvey, P.J. / Yap, K. / King, G.J. / Swedberg, J.E. / Wang, C.K. / Law, R.H.P. / Durek, T. / Craik, D.J.
履歴
登録2019年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen
B: Plasminogen
C: GLY-ARG-ALA-TYR-LYS-SER-LYS-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP
D: GLY-ARG-ALA-TYR-LYS-SER-LYS-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7946
ポリマ－57,6284
非ポリマー1662
水3,099172
1
A: Plasminogen
C: GLY-ARG-ALA-TYR-LYS-SER-LYS-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8973
ポリマ－28,8142
非ポリマー831
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
2
B: Plasminogen
D: GLY-ARG-ALA-TYR-LYS-SER-LYS-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8973
ポリマ－28,8142
非ポリマー831
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.228, 80.293, 83.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen


分子量: 27264.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLG / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P00747, plasmin
#2: タンパク質・ペプチド GLY-ARG-ALA-TYR-LYS-SER-LYS-PRO-PRO-ILE-ALA-PHE-PRO-ASP


分子量: 1549.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: WHM is a triazole motif that replaces the disulphide bond
由来: (合成) Helianthus annuus (ヒグルマ) / 参照: UniProt: Q4GWU5*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-WMH / 1-methyl-1H-1,2,3-triazole / 1-メチル-1H-1,2,3-トリアゾ-ル


分子量: 83.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM Sodium Citrate, 100 mM MgCl2, 18% PEG 4000 / PH範囲: 4-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732013702 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953732013702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3467→46.6908 Å / Num. obs: 22667 / % possible obs: 98.87 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.72 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.347→2.431 Å / Rmerge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2197 / CC1/2: 0.819 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.814 / % possible all: 98.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6d3x

6d3x


解像度: 2.3467→46.6908 Å / SU ML: 0.3543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.6329
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2874 993 4.4 %
Rwork0.2328 --
obs0.2352 22557 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3467→46.6908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3915 0 6 172 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70235504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0509608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.58292428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.47040.39051160.30453033X-RAY DIFFRACTION98.31
2.47-2.630.38981650.29143019X-RAY DIFFRACTION99.53
2.63-2.830.32041350.2643065X-RAY DIFFRACTION99.19
2.83-3.110.32041660.25073046X-RAY DIFFRACTION99.26
3.11-3.560.2897880.2243106X-RAY DIFFRACTION98.85
3.56-4.490.26071800.1913089X-RAY DIFFRACTION99.12
4.49-46.680.20561430.20293206X-RAY DIFFRACTION97.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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