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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p1x | ||||||
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タイトル | Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (RT) in complex with dsDNA and L-ddCTP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / Reverse Transcriptase / ternary complex / L-ddCTP / chain terminator / stereochemistry / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / protein processing / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / peptidase activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.553 Å | ||||||
データ登録者 | Bertoletti, N. / Anderson, K.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019 タイトル: Structural insights into the recognition of nucleoside reverse transcriptase inhibitors by HIV-1 reverse transcriptase: First crystal structures with reverse transcriptase and the ...タイトル: Structural insights into the recognition of nucleoside reverse transcriptase inhibitors by HIV-1 reverse transcriptase: First crystal structures with reverse transcriptase and the active triphosphate forms of lamivudine and emtricitabine. 著者: Bertoletti, N. / Chan, A.H. / Schinazi, R.F. / Yin, Y.W. / Anderson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p1x.cif.gz | 448 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p1x.ent.gz | 359.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6p1x_validation.pdf.gz | 812.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6p1x_full_validation.pdf.gz | 821.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6p1x_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6p1x_validation.cif.gz | 48.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64521.895 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S, Q258C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 52748.418 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate HXB2 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#3: DNA鎖 | 分子量: 6460.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 8408.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 39分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NQ4 / [[( | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 6-10% (w/v) PEG 8000, 15 mM magnesium sulfate, and 50 mM MES adjusted at pH 6.0 PH範囲: 5.5-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 97351 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 12.13 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 15225 / CC1/2: 0.837 / Rsym value: 0.715 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6OR7 解像度: 2.553→29.749 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.69
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.553→29.749 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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