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- PDB-6olg: Human ribosome nascent chain complex stalled by a drug-like small... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6olg
タイトルHuman ribosome nascent chain complex stalled by a drug-like small molecule (CDH1_RNC with PP tRNA)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 32
  • (60S ribosomal protein ...) x 44
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Cadherin-1E-カドヘリン
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • mRNA伝令RNA
  • tRNA転移RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / selective stalling / drug-like molecule / human ribosome nascent chain complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to Gram-positive bacterium / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / pituitary gland development / gamma-catenin binding / cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of axon extension / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response ...response to Gram-positive bacterium / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / pituitary gland development / gamma-catenin binding / cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of axon extension / cellular response to indole-3-methanol / flotillin complex / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / embryonic brain development / eukaryotic 80S initiation complex / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of protein neddylation / Formation of definitive endoderm / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / protein tyrosine kinase inhibitor activity / translation at presynapse / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / axial mesoderm development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / nucleolus organization / ribosomal protein import into nucleus / IRE1-RACK1-PP2A complex / : / exit from mitosis / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / 90S preribosome assembly / TNFR1-mediated ceramide production / laminin receptor activity / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / optic nerve development / TORC2 complex binding / Adherens junctions interactions / catenin complex / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / GAIT complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / oxidized purine DNA binding / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / retinal ganglion cell axon guidance / middle ear morphogenesis / NF-kappaB complex / GTPase activating protein binding / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of phagocytosis / cell-cell junction assembly / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / adherens junction organization / A band / regulation of G1 to G0 transition / alpha-beta T cell differentiation / 顔料 / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein kinase A binding / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / Ribosomal scanning and start codon recognition / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / ankyrin binding / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / apical junction complex / positive regulation of mitochondrial depolarization / response to aldosterone / G1 to G0 transition / homeostatic process / negative regulation of cell-cell adhesion / lung morphogenesis / cellular response to lithium ion / negative regulation of Wnt signaling pathway / fibroblast growth factor binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of cell division / ヒドロキシル化 / iron-sulfur cluster binding / macrophage chemotaxis / BH3 domain binding / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Selenocysteine synthesis / monocyte chemotaxis / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / カドヘリン / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein ...Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / カドヘリン / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Cadherin repeats. / Ribosomal protein L6, N-terminal / 60S acidic ribosomal protein P0 / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Ribosomal protein L23 / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L41 / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L41 / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / metallochaperone-like domain / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / TRASH domain / Ribosomal protein S21e, conserved site / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / : / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L22e protein family / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L1 signature. / : / Ribosomal protein L13e
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MVM / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / FAU ubiquitin like and ribosomal protein S30 fusion / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / E-カドヘリン ...Chem-MVM / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / FAU ubiquitin like and ribosomal protein S30 fusion / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / E-カドヘリン / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein eS4, Y isoform 1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li, W. / Cate, J.H.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01-GM065050 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis for selective stalling of human ribosome nascent chain complexes by a drug-like molecule.
著者: Wenfei Li / Fred R Ward / Kim F McClure / Stacey Tsai-Lan Chang / Elizabeth Montabana / Spiros Liras / Robert G Dullea / Jamie H D Cate /
要旨: The drug-like molecule PF-06446846 (PF846) binds the human ribosome and selectively blocks the translation of a small number of proteins by an unknown mechanism. In structures of PF846-stalled human ...The drug-like molecule PF-06446846 (PF846) binds the human ribosome and selectively blocks the translation of a small number of proteins by an unknown mechanism. In structures of PF846-stalled human ribosome nascent chain complexes, PF846 binds in the ribosome exit tunnel in a eukaryotic-specific pocket formed by 28S ribosomal RNA, and alters the path of the nascent polypeptide chain. PF846 arrests the translating ribosome in the rotated state of translocation, in which the peptidyl-transfer RNA 3'-CCA end is improperly docked in the peptidyl transferase center. Selections of messenger RNAs from mRNA libraries using translation extracts reveal that PF846 can stall translation elongation, arrest termination or even enhance translation, depending on nascent chain sequence context. These results illuminate how a small molecule selectively targets translation by the human ribosome, and provides a foundation for developing small molecules that modulate the production of proteins of therapeutic interest.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-0601
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 60S ribosomal protein L8
BA: 40S ribosomal protein SA
AB: 60S ribosomal protein L3
BB: 40S ribosomal protein S3a
AC: 60S ribosomal protein L4
BC: 40S ribosomal protein S2
A3: 5.8S ribosomal RNA
A4: 5S ribosomal RNA
AD: 60S ribosomal protein L5
AE: 60S ribosomal protein L6
AF: 60S ribosomal protein L7
AG: 60S ribosomal protein L7a
AH: 60S ribosomal protein L9
AI: 60S ribosomal protein L10
AJ: 60S ribosomal protein L11
AK: 60S acidic ribosomal protein P0
AL: 60S ribosomal protein L13
AM: 60S ribosomal protein L14
AN: 60S ribosomal protein L15
AO: 60S ribosomal protein L13a
AP: 60S ribosomal protein L17
AQ: 60S ribosomal protein L18
AR: 60S ribosomal protein L19
AS: 60S ribosomal protein L18a
AT: 60S ribosomal protein L21
AU: 60S ribosomal protein L22
AV: 60S ribosomal protein L23
AW: 60S ribosomal protein L24
AX: 60S ribosomal protein L23a
AY: 60S ribosomal protein L26
AZ: 60S ribosomal protein L27
Aa: 60S ribosomal protein L27a
Ab: 60S ribosomal protein L29
Ac: 60S ribosomal protein L30
Ad: 60S ribosomal protein L31
Ae: 60S ribosomal protein L32
Af: 60S ribosomal protein L35a
Ag: 60S ribosomal protein L34
Ah: 60S ribosomal protein L35
Ai: 60S ribosomal protein L36
Aj: 60S ribosomal protein L37
Ak: 60S ribosomal protein L38
Al: 60S ribosomal protein L39
Am: 60S ribosomal protein L40
An: 60S ribosomal protein L41
Ao: 60S ribosomal protein L36a
Ap: 60S ribosomal protein L37a
Aq: 60S ribosomal protein L12
At: 60S ribosomal protein L28
Au: 60S ribosomal protein L10a
A2: 28S ribosomal RNA
B1: 18S ribosomal RNA
BD: 40S ribosomal protein S3
BE: 40S ribosomal protein S4, Y isoform 1
BF: 40S ribosomal protein S5
BG: 40S ribosomal protein S6
BH: 40S ribosomal protein S7
BI: 40S ribosomal protein S8
BJ: 40S ribosomal protein S9
BK: 40S ribosomal protein S10
BL: 40S ribosomal protein S11
BM: 40S ribosomal protein S12
BN: 40S ribosomal protein S13
BO: 40S ribosomal protein S14
BP: 40S ribosomal protein S15
BQ: 40S ribosomal protein S16
BR: 40S ribosomal protein S17
BS: 40S ribosomal protein S18
BT: 40S ribosomal protein S19
BU: 40S ribosomal protein S20
BV: 40S ribosomal protein S21
BW: 40S ribosomal protein S15a
BX: 40S ribosomal protein S23
BY: 40S ribosomal protein S24
BZ: 40S ribosomal protein S25
Ba: 40S ribosomal protein S26
Bb: 40S ribosomal protein S27
Bc: 40S ribosomal protein S28
Bd: 40S ribosomal protein S29
Be: 40S ribosomal protein S30
Bf: 40S ribosomal protein S27a
Bg: Receptor of activated protein C kinase 1
Bv: tRNA
Bx: mRNA
A: Cadherin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,206,720417
ポリマ－3,198,03685
非ポリマー8,684332
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
60S ribosomal protein ... , 44種, 44分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAe...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 45222.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 41171.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34091.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / / Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer ...Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 22262.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 27733.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 26724.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21770.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / Laminin receptor homolog / Large ribosomal subunit protein uL16 / Protein QM / Ribosomal protein ...Laminin receptor homolog / Large ribosomal subunit protein uL16 / Protein QM / Ribosomal protein L10 / Tumor suppressor QM


分子量: 24381.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27635
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 19270.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / / Breast basic conserved protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 23574.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 16220.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 22820.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 17757.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21556.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 21742.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20661.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18276.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 11481.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35268
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L23 /


分子量: 13828.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BTQ7, UniProt: P62829*PLUS
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / / 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL24


分子量: 14087.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83731
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 13614.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 15161.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15647.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16473.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / Cell surface heparin-binding protein HIP / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 13965.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 11500.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 12506.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15179.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12433.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14462.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 11373.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / / G1.16 / Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 9864.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#43: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 / / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62891
#44: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L40 / / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 5957.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62987
#45: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 ...60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12345.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L12 / / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 14942.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30050
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 13991.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L10a / / CSA-19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Neural precursor cell expressed developmentally down- ...CSA-19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 6 / NEDD-6


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62906

+
40S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBeBf

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 24245.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 24660.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 24574.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 24357.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S4, Y isoform 1 / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 28893.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22090
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 21424.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 26913.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 20990.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24132.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 21222.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 17910.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 13393.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 14273.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 15765.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 14447.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / / Ke-3 / Ke3 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 16383.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 15822.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11029.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 8863.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15372.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 14489.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 9801.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 11087.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9000.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6121.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 6239.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E9PR30, UniProt: P62861*PLUS
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S27a / / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 8645.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979

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RNA鎖 , 6種, 6分子 A3A4A2B1BvBx

#7: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#8: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38385.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#51: RNA鎖 28S ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1170164.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#52: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 551108.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#83: RNA鎖 tRNA / 転移RNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#84: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 4853.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AKBg

#16: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / / 60S ribosomal protein L10E / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 12505.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05388
#82: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34726.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#85: タンパク質・ペプチド Cadherin-1 / E-カドヘリン / CAM 120/80 / Epithelial cadherin / E-cadherin / Uvomorulin


分子量: 4040.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12830

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非ポリマー , 3種, 332分子

#86: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#87: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#88: 化合物 ChemComp-MVM / N-(3-chloropyridin-2-yl)-N-[(3R)-piperidin-3-yl]-4-(3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-3-yl)benzamide


分子量: 433.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20ClN7O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human ribosome nascent chain complex stalled by a drug-like small molecule (CDH1_RNC with PP tRNA)
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#85 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16594 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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