PDB-6ogn: Crystal structure of mouse protein arginine methyltransferase 7 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ogn

タイトル

Crystal structure of mouse protein arginine methyltransferase 7 in complex with SGC8158 chemical probe

要素

Protein arginine N-methyltransferase 7

キーワード

TRANSFERASE / PRMT7 / SGC8158 / chemical probe / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

type III protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / genomic imprinting / protein-arginine N-methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Halabelian, L. / Dong, A. / Zeng, H. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Pharmacological inhibition of PRMT7 links arginine monomethylation to the cellular stress response.
著者: Szewczyk, M.M. / Ishikawa, Y. / Organ, S. / Sakai, N. / Li, F. / Halabelian, L. / Ackloo, S. / Couzens, A.L. / Eram, M. / Dilworth, D. / Fukushi, H. / Harding, R. / Dela Sena, C.C. / Sugo, T. ...

履歴

登録	2019年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2019年4月17日	ID: 6NPG
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ogn.cif.gz	138.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ogn.ent.gz	103.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ogn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ogn_validation.pdf.gz	330.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ogn_full_validation.pdf.gz	330.7 KB	表示
XML形式データ	6ogn_validation.xml.gz	1.4 KB	表示
CIF形式データ	6ogn_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/6ogn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/6ogn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c4aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6uc6-1 5xe3-d 4c4a-d 6uc6-2 6zpv-d 2z7a-d 4uzd-d 4g86-d 4kbg-d 6a48-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein arginine N-methyltransferase 7

ヘテロ分子

81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.813, 97.813, 169.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Protein arginine N-methyltransferase 7 / Histone-arginine N-methyltransferase PRMT7 / [Myelin basic protein]-arginine N-methyltransferase PRMT7 分子量: 78391.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prmt7, Kiaa1933 / プラスミド: pFBOH-MHL 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q922X9, type III protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MJ7 / 5'-S-(4-{[(4'-chloro[1,1'-biphenyl]-3-yl)methyl]amino}butyl)-5'-thioadenosine 分子量: 555.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₁ClN₆O₃S
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子量: 647.004 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.44 % / Mosaicity: 0.418 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 20% PEG3350, 0.04 M citric acid, 0.06 M Bis-Tris propane, pH 6.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月20日

放射

モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 33363 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 1.919 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	12.2	1.172	1622	0.689	0.346	1.223	0.61	100
2.44-2.49	13.4	0.984	1635	0.805	0.277	1.023	0.628	100
2.49-2.53	13.6	0.825	1644	0.838	0.23	0.857	0.673	100
2.53-2.59	13.9	0.702	1643	0.883	0.193	0.729	0.715	100
2.59-2.64	13.8	0.57	1615	0.911	0.157	0.591	0.815	100
2.64-2.7	13.6	0.502	1653	0.931	0.14	0.522	0.873	100
2.7-2.77	13.5	0.412	1648	0.95	0.115	0.428	1.019	100
2.77-2.85	13.4	0.34	1648	0.964	0.095	0.354	1.159	100
2.85-2.93	13.2	0.288	1666	0.976	0.082	0.3	1.402	100
2.93-3.02	13	0.242	1652	0.978	0.069	0.251	1.68	100
3.02-3.13	12.7	0.21	1644	0.98	0.061	0.219	2.047	100
3.13-3.26	12.2	0.187	1662	0.987	0.055	0.196	2.354	100
3.26-3.41	10.7	0.162	1654	0.987	0.051	0.17	2.877	98.9
3.41-3.58	11.5	0.143	1643	0.99	0.044	0.149	3.304	98.6
3.58-3.81	13.5	0.132	1677	0.994	0.037	0.137	3.248	100
3.81-4.1	13.6	0.116	1696	0.995	0.032	0.121	3.378	99.9
4.1-4.52	13.3	0.107	1683	0.994	0.03	0.111	3.393	100
4.52-5.17	13	0.101	1718	0.995	0.028	0.105	3.32	99.7
5.17-6.51	11.4	0.093	1730	0.995	0.028	0.097	2.972	99.3
6.51-50	12	0.072	1830	0.986	0.022	0.075	2.329	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4C4A

4c4a

解像度: 2.4→47.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 8.213 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26122	1632	5 %	RANDOM
R_work	0.20849	-	-	-
obs	0.2111	31243	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.365 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4702	0	42	42	4786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.634	6645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.18	1.574	9960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.027	5	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.786	22.222	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.798	15	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.838	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.961	6.952	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.96	6.95	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.273	10.4	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.272	10.403	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.844	7.148	2407
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.847	7.15	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.937	10.588	3575
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.509	78.428	5033
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.514	78.457	5025
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	117	-
R_work	0.327	2250	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)