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- PDB-6nmx: Threonine synthase from Bacillus subtilis ATCC 6633 with PLP and APPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nmx
タイトルThreonine synthase from Bacillus subtilis ATCC 6633 with PLP and APPA
要素Threonine synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / ThrC / threonine synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine synthase / threonine synthase activity / threonine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Threonine synthase, bacterial/archaeal / Threonine synthase-like / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LJS / Threonine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.971 Å
データ登録者Petronikolou, N. / Nair, S.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM077596 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127659 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of Bacillus subtilis ATCC 6633 Self-Resistance to the Phosphono-oligopeptide Antibiotic Rhizocticin.
著者: Petronikolou, N. / Ortega, M.A. / Borisova, S.A. / Nair, S.K. / Metcalf, W.W.
履歴
登録2019年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine synthase
B: Threonine synthase
C: Threonine synthase
D: Threonine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,5978
ポリマ－150,9004
非ポリマー1,6974
水15,223845
1
A: Threonine synthase
C: Threonine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2984
ポリマ－75,4502
非ポリマー8482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
2
B: Threonine synthase
D: Threonine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2984
ポリマ－75,4502
非ポリマー8482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.532, 104.174, 125.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Threonine synthase /


分子量: 37724.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
遺伝子: thrC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8HUA2, threonine synthase
#2: 化合物
ChemComp-LJS / (2E,3Z)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}-5-phosphonopent-3-enoic acid


分子量: 424.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N2O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.03 M MgCl2 hexahydrate, 0.03 M CaCl2 dihydrate, 18% v/v PEG 550 MME, 9% w/v PEG 20,000, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.971→123.828 Å / Num. obs: 80962 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 379109
反射 シェル解像度: 1.971→1.978 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Num. unique obs: 903 / CC1/2: 0.732 / Rpim(I) all: 0.437 / Rrim(I) all: 0.959 / % possible all: 95.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.64 Å123.83 Å
Translation6.64 Å123.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
autoPROCデータスケーリング
PHASER2.7.12位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CGQ

6cgq


解像度: 1.971→123.828 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 3846 4.94 %
Rwork0.1586 --
obs0.1613 80926 91.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.971→123.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10431 0 108 845 11384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91914546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1276506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051900
LS精密化 シェル解像度: 1.971→1.9943 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2973 141
Rwork0.2307 -
obs-2859

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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