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万見
- PDB-6nco: Fragment-based Discovery of an apoE4 Stabilizer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nco
タイトルFragment-based Discovery of an apoE4 Stabilizer
要素Apolipoprotein E
キーワードLIPID TRANSPORT / Lipid Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of heparan sulfate proteoglycan binding / lipoprotein particle / lipid transport involved in lipid storage / chylomicron remnant / triglyceride-rich lipoprotein particle clearance / intermediate-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of lipid transport across blood-brain barrier / regulation of cellular response to very-low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / metal chelating activity ...positive regulation of heparan sulfate proteoglycan binding / lipoprotein particle / lipid transport involved in lipid storage / chylomicron remnant / triglyceride-rich lipoprotein particle clearance / intermediate-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of lipid transport across blood-brain barrier / regulation of cellular response to very-low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / metal chelating activity / regulation of amyloid-beta clearance / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / discoidal high-density lipoprotein particle / intermediate-density lipoprotein particle / chylomicron remnant clearance / maintenance of location in cell / very-low-density lipoprotein particle remodeling / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / very-low-density lipoprotein particle clearance / Chylomicron clearance / response to caloric restriction / NMDA glutamate receptor clustering / acylglycerol homeostasis / negative regulation of triglyceride metabolic process / Chylomicron remodeling / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron assembly / positive regulation of cholesterol metabolic process / regulation of amyloid fibril formation / regulation of behavioral fear response / regulation of protein metabolic process / high-density lipoprotein particle clearance / lipoprotein catabolic process / chylomicron / lipid transporter activity / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / melanosome organization / multivesicular body, internal vesicle / AMPA glutamate receptor clustering / cholesterol transfer activity / reverse cholesterol transport / high-density lipoprotein particle assembly / intracellular transport / positive regulation of amyloid-beta clearance / very-low-density lipoprotein particle / positive regulation by host of viral process / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / positive regulation of CoA-transferase activity / protein import / high-density lipoprotein particle / negative regulation of blood coagulation / low-density lipoprotein particle remodeling / heparan sulfate proteoglycan binding / negative regulation of amyloid fibril formation / synaptic transmission, cholinergic / regulation of Cdc42 protein signal transduction / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / triglyceride homeostasis / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of protein metabolic process / HDL remodeling / triglyceride metabolic process / negative regulation of endothelial cell migration / Scavenging by Class A Receptors / low-density lipoprotein particle receptor binding / cholesterol efflux / artery morphogenesis / regulation of axon extension / regulation of cholesterol metabolic process / positive regulation of amyloid fibril formation / virion assembly / positive regulation of dendritic spine development / regulation of innate immune response / cholesterol catabolic process / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of endothelial cell proliferation / locomotory exploration behavior / regulation of neuronal synaptic plasticity / antioxidant activity / lipoprotein particle binding / response to dietary excess / positive regulation of endocytosis / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of protein secretion / positive regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of platelet activation / positive regulation of cholesterol efflux / regulation of protein-containing complex assembly / fatty acid homeostasis / long-term memory / long-chain fatty acid transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / synaptic cleft
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KQP / Apolipoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.707 Å
データ登録者Jakob, C.G. / Qiu, W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Fragment-Based Discovery of an Apolipoprotein E4 (apoE4) Stabilizer.
著者: Petros, A.M. / Korepanova, A. / Jakob, C.G. / Qiu, W. / Panchal, S.C. / Wang, J. / Dietrich, J.D. / Brewer, J.T. / Pohlki, F. / Kling, A. / Wilcox, K. / Lakics, V. / Bahnassawy, L. / ...著者: Petros, A.M. / Korepanova, A. / Jakob, C.G. / Qiu, W. / Panchal, S.C. / Wang, J. / Dietrich, J.D. / Brewer, J.T. / Pohlki, F. / Kling, A. / Wilcox, K. / Lakics, V. / Bahnassawy, L. / Reinhardt, P. / Partha, S.K. / Bodelle, P.M. / Lake, M. / Charych, E.I. / Stoll, V.S. / Sun, C. / Mohler, E.G.
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8662
ポリマ－21,5231
非ポリマー3431
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.960, 52.870, 86.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein E / Apo-E


分子量: 21523.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02649
#2: 化合物 ChemComp-KQP / 1-[5-chloro-4'-(2-hydroxypropan-2-yl)[1,1'-biphenyl]-3-yl]cyclobutane-1-carboximidamide


分子量: 342.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23ClN2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether mesylate 5,000; 0.1M Bis-Tris buffer at pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.707→45.105 Å / Num. obs: 20917 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.707→1.737 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 972 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GS9

1gs9


解像度: 1.707→33.462 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 1007 4.8 %
Rwork0.1931 --
obs0.1944 20914 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.707→33.462 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1164 0 24 151 1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2931719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1561087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.283187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6977-1.78710.42041490.3332712X-RAY DIFFRACTION95
1.7871-1.89910.27631440.23152838X-RAY DIFFRACTION100
1.8991-2.04570.25331460.20812881X-RAY DIFFRACTION100
2.0457-2.25160.24071560.19372863X-RAY DIFFRACTION100
2.2516-2.57730.20051290.18212935X-RAY DIFFRACTION100
2.5773-3.24660.22481600.19662893X-RAY DIFFRACTION100
3.2466-33.46850.18841330.17873065X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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