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万見
- PDB-6n5v: Crystal Structure of Strictosidine in complex with 1H-indole-4-et... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n5v
タイトルCrystal Structure of Strictosidine in complex with 1H-indole-4-ethanamine
要素Strictosidine synthase
キーワードLYASE / ALKALOID METABOLISM / SIX BLADED BETA PROPELLER FOLD / STR1 / VACUOLE / SYNTHASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / biosynthetic process / endomembrane system / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Strictosidine synthase, conserved region / Strictosidine synthase / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(1H-indol-4-yl)ethan-1-amine / Strictosidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rauvolfia serpentina (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.549 Å
データ登録者Cai, Y. / Shao, N. / Xie, H. / Futamura, Y. / Panjikar, S. / Liu, H. / Zhu, H. / Osada, H. / Zou, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21472170 中国
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Strictosidine in complex with 1H-indole-4-ethanamine
著者: Cai, Y. / Shao, N. / Xie, H. / Futamura, Y. / Panjikar, S. / Liu, H. / Zhu, H. / Osada, H. / Zou, H.
#1: ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: The structure of Rauvolfia serpentina strictosidine synthase is a novel six-bladed beta-propeller fold in plant proteins.
著者: Ma, X. / Panjikar, S. / Koepke, J. / Loris, E. / Stoeckigt, J.
履歴
登録2018年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strictosidine synthase
B: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7354
ポリマ－70,4152
非ポリマー3202
水1629
1
A: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3682
ポリマ－35,2071
非ポリマー1601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3682
ポリマ－35,2071
非ポリマー1601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.400, 150.400, 122.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Strictosidine synthase


分子量: 35207.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (植物) / 遺伝子: STR1 / プラスミド: PQE-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15PREP4 / 参照: UniProt: P68175, EC: 4.3.3.2
#2: 化合物 ChemComp-KDY / 2-(1H-indol-4-yl)ethan-1-amine


分子量: 160.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.8 M potassium sodium tartrate tetrahydrate and 0.1 M HEPES, pH 7.4, 5 mg/mL strictosidine synthase, 3 mM 4-IEA (1H-indole-4-ethanamine)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月1日 / 詳細: DCM
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.549→37.6 Å / Num. obs: 64264 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.23 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.55→2.7 Å / 冗長度: 2.27 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10128 / CC1/2: 0.906 / Rrim(I) all: 0.839 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126データ削減
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126データスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V91

2v91


解像度: 2.549→37.6 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 33.89
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 989 3.08 %993
Rwork0.207 ---
obs0.2083 32132 95.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.549→37.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4810 0 24 9 4843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1636762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.0072906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5493-2.68370.45891330.3954393X-RAY DIFFRACTION94
2.6837-2.85180.30751380.3124548X-RAY DIFFRACTION97
2.8518-3.07190.33511620.28914540X-RAY DIFFRACTION98
3.0719-3.38080.30261300.25474532X-RAY DIFFRACTION97
3.3808-3.86960.2511290.22484367X-RAY DIFFRACTION93
3.8696-4.87360.21741380.16614429X-RAY DIFFRACTION95
4.8736-37.60410.20041590.15944334X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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