PDB-6myn: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6myn

タイトル

Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound to inhibitor R7

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / NIK / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.744 Å

データ登録者

Harris, S.F. / Smith, M. / Barker, J.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Structure Based Design of Potent Selective Inhibitors of Protein Kinase D1 (PKD1).
著者: Feng, J.A. / Lee, P. / Alaoui, M.H. / Barrett, K. / Castanedo, G. / Godemann, R. / McEwan, P. / Wang, X. / Wu, P. / Zhang, Y. / Harris, S.F. / Staben, S.T.

履歴

登録	2018年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.2	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6myn.cif.gz	144.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6myn.ent.gz	112.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6myn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6myn_validation.pdf.gz	950.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6myn_full_validation.pdf.gz	963.3 KB	表示
XML形式データ	6myn_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	6myn_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w5qC 4g3c C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j1d-d 6g4y-1 4g3e-1 6g4z-1 6g4y-2 5jk4-d 2a5l-d 4idv-1 3ce3-d 3h75-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

78.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.220, 143.220, 46.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK 分子量: 38399.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, Nik 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WUL6, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-K6Y / (5s,7s)-9-fluoro-10-[(3R)-3-hydroxy-3-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)but-1-yn-1-yl]-N~3~-methyl-6,7-dihydro-5H-5,7-methanoimidazo[2,1-a][2]benzazepine-2,3-dicarboxamide 分子量: 463.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₂FN₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.68 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 6.2), 0.5 M ammonium sulfate, 0.9 M lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9173 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.744→44.15 Å / Num. obs: 25142 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 58.27 Å² / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.106 / R_sym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 8.4 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.744-2.82	6.9	0.69	1.1	1828	0.31	0.816	0.69	100
2.82-2.89	6.9	0.641	1.2	1832	0.285	0.754	0.641	100
2.89-2.98	6.7	0.484	1.6	1690	0.221	0.575	0.484	99.8
2.98-3.07	6.6	0.365	2.1	1705	0.169	0.435	0.365	99.8
3.07-3.17	6.2	0.291	2.6	1636	0.14	0.351	0.291	99.8
3.17-3.28	5.5	0.223	3.4	1603	0.117	0.281	0.223	99.7
3.28-3.4	6.9	0.162	4.7	1530	0.073	0.193	0.162	100
3.4-3.54	7	0.129	5.9	1492	0.059	0.157	0.129	99.9
3.54-3.7	6.9	0.097	7.8	1408	0.045	0.119	0.097	99.9
3.7-3.88	6.9	0.088	8.7	1384	0.041	0.108	0.088	99.9
3.88-4.09	6.7	0.067	11	1272	0.032	0.083	0.067	99.8
4.09-4.34	6.8	0.056	12.7	1240	0.027	0.07	0.056	99.9
4.34-4.64	6.6	0.046	15	1172	0.023	0.06	0.046	100
4.64-5.01	6.5	0.046	15.2	1076	0.024	0.062	0.046	99.9
5.01-5.49	6.3	0.048	14.9	999	0.025	0.064	0.048	100
5.49-6.14	5.9	0.046	15.3	901	0.025	0.061	0.046	99.6
6.14-7.09	6.1	0.038	18.4	814	0.019	0.047	0.038	100
7.09-8.68	6.9	0.029	22.1	688	0.013	0.035	0.029	100
8.68-12.27	6.7	0.025	24.8	556	0.012	0.03	0.025	100
12.27-44.15	6.1	0.024	27	316	0.012	0.029	0.024	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.12-2829_final	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.744→42.191 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	2603	10.36 %
R_work	0.1795	-	-
obs	0.1871	25125	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.73 Å² / B_iso mean: 55.4264 Å² / B_iso min: 26.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.744→42.191 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5053	0	93	105	5251
B_iso mean	-	-	63.89	51.2	-
残基数	-	-	-	-	650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	7190
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	976
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.567	3214

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.7444-2.7943	0.3551	153	0.2902	1145	1298
2.7943-2.848	0.3853	140	0.2776	1170	1310
2.848-2.9061	0.3643	141	0.2848	1177	1318
2.9061-2.9693	0.3663	164	0.2731	1120	1284
2.9693-3.0384	0.3651	120	0.2309	1181	1301
3.0384-3.1143	0.3394	130	0.2277	1207	1337
3.1143-3.1985	0.2775	131	0.2186	1158	1289
3.1985-3.2926	0.3036	119	0.2094	1195	1314
3.2926-3.3988	0.2729	145	0.2075	1165	1310
3.3988-3.5202	0.2953	137	0.2049	1183	1320
3.5202-3.6611	0.2619	148	0.1756	1167	1315
3.6611-3.8276	0.2631	130	0.1716	1187	1317
3.8276-4.0293	0.2382	130	0.1605	1170	1300
4.0293-4.2815	0.2172	169	0.1469	1173	1342
4.2815-4.6117	0.2037	125	0.1322	1218	1343
4.6117-5.0751	0.2359	125	0.142	1196	1321
5.0751-5.8079	0.2431	119	0.1627	1225	1344
5.8079-7.3111	0.2088	143	0.1625	1201	1344
7.3111-42.1957	0.1967	134	0.1653	1284	1418

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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