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- PDB-6myn: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6myn | ||||||
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Title | Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound to inhibitor R7 | ||||||
![]() | Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / NIK / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center ...CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harris, S.F. / Smith, M. / Barker, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure Based Design of Potent Selective Inhibitors of Protein Kinase D1 (PKD1). Authors: Feng, J.A. / Lee, P. / Alaoui, M.H. / Barrett, K. / Castanedo, G. / Godemann, R. / McEwan, P. / Wang, X. / Wu, P. / Zhang, Y. / Harris, S.F. / Staben, S.T. #1: ![]() Title: Structure based design of potent selective inhibitors of protein kinase D1 (PKD1) Authors: Feng, J.W. / Lee, P. / Alaoui, M.H. / Barrett, K. / Castaneda, G.M. / Godemann, R. / McEwan, P. / Wang, X. / Wu, P. / Zhang, Y. / Harris, S.F. / Staben, S.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 112.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 950.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 963.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 38399.320 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9WUL6, mitogen-activated protein kinase kinase kinase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 6.2), 0.5 M ammonium sulfate, 0.9 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Aug 14, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9173 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.744→44.15 Å / Num. obs: 25142 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 58.27 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.106 / Rsym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 8.4 / Net I/σ(I): 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.73 Å2 / Biso mean: 55.4264 Å2 / Biso min: 26.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.744→42.191 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %
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