+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6myj | ||||||||||||
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Title | Pleurotus ostreatus OstreolysinA plus sphingomyelin | ||||||||||||
Components | Ostreolysin A6 | ||||||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / BETA-SANDWICH FOLD / MEMBRANE BINDING PROTEIN | ||||||||||||
Function / homology | Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #50 / Hemolysin, aegerolysin type / Aegerolysin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / Sandwich / Mainly Beta / N-[(2S)-1-hydroxypropan-2-yl]butanamide / Ostreolysin A6 Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Pleurotus ostreatus (oyster mushroom) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.33 Å | ||||||||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A. / Endapally, S. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2019 Title: Molecular Discrimination between Two Conformations of Sphingomyelin in Plasma Membranes. Authors: Endapally, S. / Frias, D. / Grzemska, M. / Gay, A. / Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6myj.cif.gz | 329.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6myj.ent.gz | 273 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6myj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6myj_validation.pdf.gz | 478.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6myj_full_validation.pdf.gz | 481.1 KB | Display | |
Data in XML | 6myj_validation.xml.gz | 27.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6myj_validation.cif.gz | 40.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6myiC 6mykC 4ov8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15135.701 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C62S, C94S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pleurotus ostreatus (oyster mushroom) / Gene: OlyA6 / Plasmid: pLysS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P83467 #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-K6V / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.49 % / Mosaicity: 0.188 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M ammonium chloride, 0.05 M tris hydrochloride, 0.15 M sodium chloride, 19% (w/v) PEG3350, saturated sphingomyelin, saturated cholesterol, 30% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2016 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.33→50 Å / Num. obs: 117866 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 13.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4OV8 Resolution: 1.33→44.561 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 16.67
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.46 Å2 / Biso mean: 22.0634 Å2 / Biso min: 7.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.33→44.561 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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