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- PDB-6m93: Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-193... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m93
タイトルMonophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-1933 ternary complex
要素
  • Catenin beta-1
  • F-box/WD repeat-containing protein 1A
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードLIGASE / Ubiquitin Molecular Glue Enhancer
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphorylated amino acid binding / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development ...protein phosphorylated amino acid binding / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / Regulation of CDH19 Expression and Function / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin-ICAT complex / metanephros morphogenesis / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / neural plate development / glial cell fate determination / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / regulation of timing of anagen / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centriole-centriole cohesion / Regulation of CDH11 function / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Specification of the neural plate border / embryonic axis specification / endodermal cell fate commitment / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / F-box domain binding / beta-catenin-TCF complex / lens morphogenesis in camera-type eye / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / acinar cell differentiation / dorsal/ventral axis specification / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / Formation of the nephric duct / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of myoblast proliferation / positive regulation of endothelial cell differentiation / establishment of blood-retinal barrier / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / lung epithelial cell differentiation / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / regulation of calcium ion import / positive regulation of determination of dorsal identity / ectoderm development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / PcG protein complex / cranial skeletal system development / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / cellular response to indole-3-methanol / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / endothelial tube morphogenesis / positive regulation of odontoblast differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / detection of muscle stretch / smooth muscle cell differentiation / histone methyltransferase binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / alpha-catenin binding / establishment of blood-brain barrier / Germ layer formation at gastrulation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / male genitalia development / fascia adherens / flotillin complex / apicolateral plasma membrane / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / Formation of definitive endoderm / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / regulation of smooth muscle cell proliferation / embryonic brain development / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / beta-catenin destruction complex / oocyte development / ubiquitin ligase activator activity / adherens junction assembly / lung-associated mesenchyme development / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / Formation of axial mesoderm / positive regulation of circadian rhythm
類似検索 - 分子機能
D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / : / Monooxygenase - #50 / Beta-catenin / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like ...D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / : / Monooxygenase - #50 / Beta-catenin / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Monooxygenase / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J8Y / PHOSPHATE ION / Catenin beta-1 / S-phase kinase-associated protein 1 / F-box/WD repeat-containing protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Simonetta, K.R. / Clifton, M.C. / Walter, R.L. / Ranieri, G.M. / Lee, S.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Prospective discovery of small molecule enhancers of an E3 ligase-substrate interaction.
著者: Simonetta, K.R. / Taygerly, J. / Boyle, K. / Basham, S.E. / Padovani, C. / Lou, Y. / Cummins, T.J. / Yung, S.L. / von Soly, S.K. / Kayser, F. / Kuriyan, J. / Rape, M. / Cardozo, M. / Gallop, ...著者: Simonetta, K.R. / Taygerly, J. / Boyle, K. / Basham, S.E. / Padovani, C. / Lou, Y. / Cummins, T.J. / Yung, S.L. / von Soly, S.K. / Kayser, F. / Kuriyan, J. / Rape, M. / Cardozo, M. / Gallop, M.A. / Bence, N.F. / Barsanti, P.A. / Saha, A.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box/WD repeat-containing protein 1A
B: S-phase kinase-associated protein 1
C: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8685
ポリマ－69,4233
非ポリマー4452
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.530, 82.530, 111.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 F-box/WD repeat-containing protein 1A / E3RSIkappaB / Epididymis tissue protein Li 2a / F-box and WD repeats protein beta-TrCP / ...E3RSIkappaB / Epididymis tissue protein Li 2a / F-box and WD repeats protein beta-TrCP / pIkappaBalpha-E3 receptor subunit


分子量: 49418.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTRC, BTRCP, FBW1A, FBXW1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y297
#2: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 16459.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 3544.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35222

-
非ポリマー , 3種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-J8Y / 2-oxo-N-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carboxamide


分子量: 350.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9F3N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.265 Å / Num. obs: 29168 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.115 % / Biso Wilson estimate: 73.77 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 10.91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.574.4361.940.9421730.3192.201100
2.57-2.644.4391.41.2820890.4241.589100
2.64-2.714.411.041.7720500.6091.183100
2.71-2.84.3820.7332.5520000.7570.834100
2.8-2.894.320.5433.3719540.8860.62100
2.89-2.994.2640.4074.4618580.9150.465100
2.99-3.14.2290.3096.1417940.9410.35499.9
3.1-3.234.1240.2158.4817580.9720.24799.9
3.23-3.374.0860.1711.4116620.9850.19699.8
3.37-3.543.9790.12514.2415850.9880.14499.9
3.54-3.733.9280.10217.1215190.990.11899.9
3.73-3.953.8660.09218.914590.9930.10799.5
3.95-4.233.8330.07820.9413050.9930.09199.5
4.23-4.563.7560.07122.5612390.9930.08398.9
4.56-53.7680.06424.0211390.9960.07499.5
5-5.593.7520.07623.4910330.9920.08998.8
5.59-6.463.8780.11523.579260.9820.13399
6.46-7.913.8630.14124.77670.9810.16399.4
7.91-11.183.6480.08725.545710.980.10396.1
11.18-41.2653.30.09323.082870.9740.11186.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→41.265 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 2013 6.91 %
Rwork0.2135 --
obs0.2147 29129 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.71 Å2 / Biso mean: 90.1758 Å2 / Biso min: 52.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→41.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4123 0 30 14 4167
Biso mean--77.61 69.52 -
残基数----542
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5001-2.56260.34641400.315819392079100
2.5626-2.63190.31151380.290419342072100
2.6319-2.70930.33531540.291919662120100
2.7093-2.79680.30841420.285919142056100
2.7968-2.89670.32631440.280119662110100
2.8967-3.01260.31151420.26819542096100
3.0126-3.14970.28351480.258719552103100
3.1497-3.31570.28431540.251219572111100
3.3157-3.52330.25881350.230119282063100
3.5233-3.79520.23681440.213819372081100
3.7952-4.17680.22191490.20111949209899
4.1768-4.78040.16891330.16531950208399
4.7804-6.01980.20451520.19141915206799
6.0198-41.27060.1971380.19951852199095
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0323-0.0233-0.01360.03140.04530.04210.0724-0.13690.024-0.05840.09980.11710.36950.08890.00021.3722-0.38380.53261.62590.03811.11385.9045-73.7519-9.3383
20.04450.0156-0.00740.0198-0.01010.00250.2445-0.2798-0.20670.68-0.2632-0.415-0.0899-0.293501.10430.02860.30421.60380.10480.81459.1319-75.7508-6.3631
30.04670.0245-0.00380.0142-0.00960.01530.10720.07110.0183-0.1352-0.38010.3026-0.14310.09560.00021.15870.46590.1661.7964-0.29511.24375.1545-62.3158-8.3512
40.0147-0.0042-0.00770.028-0.01480.0388-0.34820.05470.0429-0.18610.4170.5253-0.0127-0.198400.80860.30010.26591.68050.17681.26896.6697-64.7422-16.5233
50.0320.03520.05670.05050.06880.1086-0.8626-0.38270.1820.0342-0.29170.2314-0.2306-0.2635-0.00641.10320.16540.28862.37190.11621.26443.285-70.9967-18.9775
60.0737-0.13190.06760.2174-0.12270.0688-0.42530.191-0.10730.5238-0.4234-0.6325-0.221-0.46920.00020.95420.06880.38281.33950.06550.95314.5934-73.1369-12.4196
71.0621-0.48170.57070.4457-0.16940.3138-0.249-1.00920.62810.4006-0.5381-0.2242-0.5779-0.5956-0.07661.30170.12160.60951.43830.140.973612.9095-66.1704-0.9685
80.24590.8422-0.36443.3032-1.50720.7081-0.4499-0.6602-0.23940.5987-1.4013-0.1395-0.2668-0.2625-0.30581.39420.16340.27771.6664-0.18190.822818.6302-59.66524.9669
90.16410.1902-0.01340.1771-0.02930.02970.31150.0111-0.55661.3742-0.1470.63550.4986-0.39160.00061.16240.32380.23071.21310.06870.848721.4563-64.5247-7.9146
101.3291-0.98511.03550.7677-0.82580.9382-0.30710.07870.28960.9273-0.17510.4426-0.5525-0.2169-0.13221.30590.48430.27381.1411-0.10480.795524.0109-55.3601-3.4367
111.69291.2296-0.09131.7777-0.19240.02790.1676-1.0641-0.45831.0566-0.4007-0.5570.26770.5007-0.07751.41010.4612-0.07920.7917-0.19010.749442.6849-57.4814-2.6423
120.0510.0195-0.04150.008-0.01390.0228-0.67430.1917-0.01120.03920.47990.31160.1156-0.409900.98060.2432-0.16451.05410.27681.573150.8056-48.7889-10.1095
130.02390.0179-0.00550.03740.06150.0490.4903-0.28480.43480.4458-0.0988-0.12910.3256-0.077400.87490.06190.06570.5826-0.07750.71576.0739-0.63245.747
141.0197-0.26830.30160.85090.52850.28920.0115-0.07430.4641-0.0711-0.0811-0.25770.20090.11010.01181.00580.33370.07010.6642-0.06330.917133.687-43.649-11.4505
152.8972-0.2947-0.33781.9711-0.31272.48740.16460.0856-0.1186-0.00040.0106-0.28340.161-0.1397-00.76880.137-0.07010.4175-0.03150.647511.4286-13.167-1.5616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 3 through 8 )B3 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 9 through 17 )B9 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 18 through 24 )B18 - 24
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 25 through 32 )B25 - 32
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 33 through 38 )B33 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 39 through 45 )B39 - 45
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 46 through 58 )B46 - 58
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 59 through 78 )B59 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 79 through 94 )B79 - 94
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 95 through 109 )B95 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 110 through 128 )B110 - 128
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 129 through 139 )B129 - 139
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 30 through 40 )C30 - 40
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 138 through 252 )A138 - 252
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 253 through 547 )A253 - 547

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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