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- PDB-6qm2: NlaIV restriction endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qm2
タイトルNlaIV restriction endonuclease
要素Type-2 restriction enzyme NlaIV
キーワードHYDROLASE / RESTRICTION ENDONUCLEASE / NLAIV / BLUNT END CUTTER
機能・相同性Type-2 restriction enzyme NlaIV / NgoBV restriction endonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / : / Type II restriction enzyme NlaIV
機能・相同性情報
生物種Neisseria lactamica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Czapinska, H. / Siwek, W. / Szczepanowski, R.H. / Bujnicki, J.M. / Bochtler, M. / Skowronek, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure and Directed Evolution of Specificity of NlaIV Restriction Endonuclease.
著者: Czapinska, H. / Siwek, W. / Szczepanowski, R.H. / Bujnicki, J.M. / Bochtler, M. / Skowronek, K.J.
#1: ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2005
タイトル: A theoretical model of restriction endonuclease NlaIV in complex with DNA, predicted by fold recognition and validated by site-directed mutagenesis and circular dichroism spectroscopy.
著者: Chmiel, A.A. / Radlinska, M. / Pawlak, S.D. / Krowarsch, D. / Bujnicki, J.M. / Skowronek, K.J.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme NlaIV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2163
ポリマ－29,1541
非ポリマー622
水2,216123
1
A: Type-2 restriction enzyme NlaIV
ヘテロ分子

A: Type-2 restriction enzyme NlaIV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4316
ポリマ－58,3072
非ポリマー1244
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area3490 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.380, 110.380, 209.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Type-2 restriction enzyme NlaIV / R.NlaIV / Endonuclease NlaIV / Type II restriction enzyme NlaIV


分子量: 29153.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria lactamica (バクテリア)
株: NRCC 2118 / 遺伝子: nlaIVR / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: P50183, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10 mg/ml of the enzyme in 15 % glycerol, 50 mM NaOH/HEPES pH 7,5, 50 mM KCl, 10 mM DTT and 5 mM CaCl2 was mixed in 1:1 ratio with double stranded DNA composed of the 5'-ATGGTACCTGC-3' and 5'- ...詳細: 10 mg/ml of the enzyme in 15 % glycerol, 50 mM NaOH/HEPES pH 7,5, 50 mM KCl, 10 mM DTT and 5 mM CaCl2 was mixed in 1:1 ratio with double stranded DNA composed of the 5'-ATGGTACCTGC-3' and 5'-CAGGTACCATG-3' strands. The protein-DNA solutions were in turn mixed in 1:1 ratio with the precipitant solution containing 2 M NaCl and 100 mM citric acid, pH 5.
PH範囲: 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 18997 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 28.92
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Rsym value: 0.986 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
autoSHARP位相決定
SHELXDE位相決定
SOLOMON位相決定
直接法位相決定
PARROT位相決定
ARP/wARPモデル構築
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 11.197 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.221
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The ION IDENTITY HAS BEEN ASSIGNED TENTATIVELY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22103 912 4.8 %RANDOM
Rwork0.19095 ---
obs0.19245 18083 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 115.889 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20.84 Å20 Å2
2--1.68 Å2-0 Å2
3----5.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 2 123 2181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0831.9362893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84934637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2895253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83424.352108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.63915405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2891512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.82511.6481003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.81411.6431002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.42717.4821259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.42717.4891260
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.76511.8941139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.76511.8931139
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.54217.6321634
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.963127.8012402
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.927127.7342390
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 54 -
Rwork0.392 1305 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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