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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qm2 | ||||||
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タイトル | NlaIV restriction endonuclease | ||||||
要素 | Type-2 restriction enzyme NlaIV | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / RESTRICTION ENDONUCLEASE (制限酵素) / NLAIV / BLUNT END CUTTER | ||||||
機能・相同性 | Type-2 restriction enzyme NlaIV / NgoBV restriction endonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / : / Type-2 restriction enzyme NlaIV 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria lactamica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Czapinska, H. / Siwek, W. / Szczepanowski, R.H. / Bujnicki, J.M. / Bochtler, M. / Skowronek, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019 タイトル: Crystal Structure and Directed Evolution of Specificity of NlaIV Restriction Endonuclease. 著者: Czapinska, H. / Siwek, W. / Szczepanowski, R.H. / Bujnicki, J.M. / Bochtler, M. / Skowronek, K.J. #1: ジャーナル: Protein Eng. Des. Sel. / 年: 2005 タイトル: A theoretical model of restriction endonuclease NlaIV in complex with DNA, predicted by fold recognition and validated by site-directed mutagenesis and circular dichroism spectroscopy. 著者: Chmiel, A.A. / Radlinska, M. / Pawlak, S.D. / Krowarsch, D. / Bujnicki, J.M. / Skowronek, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qm2.cif.gz | 66 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qm2.ent.gz | 51.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/6qm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/6qm2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29153.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria lactamica (バクテリア) 株: NRCC 2118 / 遺伝子: nlaIVR / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 参照: UniProt: P50183, type II site-specific deoxyribonuclease |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10 mg/ml of the enzyme in 15 % glycerol, 50 mM NaOH/HEPES pH 7,5, 50 mM KCl, 10 mM DTT and 5 mM CaCl2 was mixed in 1:1 ratio with double stranded DNA composed of the 5'-ATGGTACCTGC-3' and 5'- ...詳細: 10 mg/ml of the enzyme in 15 % glycerol, 50 mM NaOH/HEPES pH 7,5, 50 mM KCl, 10 mM DTT and 5 mM CaCl2 was mixed in 1:1 ratio with double stranded DNA composed of the 5'-ATGGTACCTGC-3' and 5'-CAGGTACCATG-3' strands. The protein-DNA solutions were in turn mixed in 1:1 ratio with the precipitant solution containing 2 M NaCl and 100 mM citric acid, pH 5. PH範囲: 5 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 18997 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 28.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Rsym value: 0.986 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 11.197 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.221 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The ION IDENTITY HAS BEEN ASSIGNED TENTATIVELY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 115.889 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.72 Å
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拘束条件 |
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