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- PDB-6m91: Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-103... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m91
タイトルMonophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide, b-TrCP/Skp1, NRX-103094 ternary complex
要素
  • Catenin beta-1
  • F-box/WD repeat-containing protein 1A
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードLIGASE / Ubiquitin Molecular Glue Enhancer
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphorylated amino acid binding / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex ...protein phosphorylated amino acid binding / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / central nervous system vasculogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / embryonic axis specification / Specification of the neural plate border / regulation of fibroblast proliferation / Scrib-APC-beta-catenin complex / lens morphogenesis in camera-type eye / beta-catenin-TCF complex / endodermal cell fate commitment / acinar cell differentiation / dorsal root ganglion development / synaptic vesicle clustering / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / neuron fate determination / layer formation in cerebral cortex / F-box domain binding / Formation of the nephric duct / positive regulation of myoblast proliferation / establishment of blood-retinal barrier / dorsal/ventral axis specification / sympathetic ganglion development / fungiform papilla formation / positive regulation of endothelial cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / mesenchymal to epithelial transition / embryonic foregut morphogenesis / hindbrain development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of determination of dorsal identity / positive regulation of skeletal muscle tissue development / ectoderm development / regulation of protein localization to cell surface / hair cell differentiation / cellular response to indole-3-methanol / detection of muscle stretch / mesenchymal stem cell differentiation / smooth muscle cell differentiation / positive regulation of odontoblast differentiation / endothelial tube morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / histone methyltransferase binding / PcG protein complex / alpha-catenin binding / cranial skeletal system development / regulation of calcium ion import / Germ layer formation at gastrulation / establishment of blood-brain barrier / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / fascia adherens / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / flotillin complex / regulation of epithelial to mesenchymal transition / apicolateral plasma membrane / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / Formation of definitive endoderm / regulation of smooth muscle cell proliferation / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / embryonic brain development / catenin complex / beta-catenin destruction complex / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of circadian rhythm / lung-associated mesenchyme development / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex
類似検索 - 分子機能
D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / : / Monooxygenase - #50 / Beta-catenin / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like ...D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / D domain of beta-TrCP / : / Monooxygenase - #50 / Beta-catenin / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Monooxygenase / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J97 / PHOSPHATE ION / Catenin beta-1 / S-phase kinase-associated protein 1 / F-box/WD repeat-containing protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Simonetta, K.R. / Clifton, M.C. / Walter, R.L. / Ranieri, G.M. / Carter, J.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Prospective discovery of small molecule enhancers of an E3 ligase-substrate interaction.
著者: Simonetta, K.R. / Taygerly, J. / Boyle, K. / Basham, S.E. / Padovani, C. / Lou, Y. / Cummins, T.J. / Yung, S.L. / von Soly, S.K. / Kayser, F. / Kuriyan, J. / Rape, M. / Cardozo, M. / Gallop, ...著者: Simonetta, K.R. / Taygerly, J. / Boyle, K. / Basham, S.E. / Padovani, C. / Lou, Y. / Cummins, T.J. / Yung, S.L. / von Soly, S.K. / Kayser, F. / Kuriyan, J. / Rape, M. / Cardozo, M. / Gallop, M.A. / Bence, N.F. / Barsanti, P.A. / Saha, A.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box/WD repeat-containing protein 1A
B: S-phase kinase-associated protein 1
C: Catenin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0416
ポリマ－69,4073
非ポリマー6343
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area23170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.490, 82.490, 111.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 F-box/WD repeat-containing protein 1A / E3RSIkappaB / Epididymis tissue protein Li 2a / F-box and WD repeats protein beta-TrCP / ...E3RSIkappaB / Epididymis tissue protein Li 2a / F-box and WD repeats protein beta-TrCP / pIkappaBalpha-E3 receptor subunit


分子量: 49418.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTRC, BTRCP, FBW1A, FBXW1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y297
#2: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 16459.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 3528.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35222

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非ポリマー , 4種, 28分子

#4: 化合物 ChemComp-J97 / 3-({4-[(2,6-dichlorophenyl)sulfanyl]-2-oxo-6-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridine-3-carbonyl}amino)benzoic acid


分子量: 503.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H11Cl2F3N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% PEG 4000 0.1M BTP pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.063 Å / Num. obs: 33157 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.232 % / Biso Wilson estimate: 68.42 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 17.69 / Num. measured all: 140329 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.464.2471.3910.9910506248924740.3971.58999.4
2.46-2.534.2581.0611.2910117239623760.4891.21299.2
2.53-2.64.2560.7281.949784232422990.6660.83298.9
2.6-2.684.2630.5662.489702228622760.7590.64699.6
2.68-2.774.260.3873.659215217221630.890.44299.6
2.77-2.874.2650.2755.019098214921330.9390.31499.3
2.87-2.984.2580.1897.038767206520590.970.21699.7
2.98-3.14.2610.149.58314195619510.9820.1699.7
3.1-3.244.2690.09413.988171192119140.9920.10799.6
3.24-3.394.250.06319.877612179817910.9960.07299.6
3.39-3.584.2450.04825.517319172717240.9980.05599.8
3.58-3.794.2110.03931.426759160916050.9980.04599.8
3.79-4.064.2030.03335.476422152915280.9980.03899.9
4.06-4.384.1530.02940.395927142914270.9990.03399.9
4.38-4.84.1540.02644.415479132013190.9990.0399.9
4.8-5.374.1720.02545.054898117511740.9990.02899.9
5.37-6.24.1850.02643.534390104910490.9990.029100
6.2-7.594.1850.02446.5737088878860.9990.02899.9
7.59-10.734.1460.0251.4927906786730.9990.02299.3
10.73-44.0634.0210.0252.3313513703360.9990.02390.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→44.063 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2163 1245 3.76 %
Rwork0.1914 31910 -
obs0.1923 33155 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.95 Å2 / Biso mean: 84.3341 Å2 / Biso min: 45.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→44.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4217 0 38 25 4280
Biso mean--78.33 67.87 -
残基数----544
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.49610.33251460.31563542368899
2.4961-2.60970.31131400.27163519365999
2.6097-2.74730.30181400.258935603700100
2.7473-2.91940.27541440.23735363680100
2.9194-3.14470.27911400.229135363676100
3.1447-3.46110.22851310.210435783709100
3.4611-3.96160.2141270.189835733700100
3.9616-4.99020.17171420.157735333675100
4.9902-44.07050.20081350.17133533366899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3314-0.14090.47671.92750.55120.45570.04440.18730.4129-0.0958-0.1610.09460.08590.1920.10041.05270.37940.0560.7475-0.03820.917133.5083-43.583-11.5324
23.2216-0.6705-0.08922.2841-0.15862.55140.23940.1515-0.2347-0.0171-0.1141-0.3180.18820.0022-0.11310.73740.1018-0.07530.36760.00070.613511.4421-13.4314-1.6466
33.8469-0.3228-0.59161.39750.6481.514-0.0633-0.58730.11880.5921-0.34350.79150.0191-1.27360.38170.97320.17750.37631.47150.05480.97118.8164-69.4707-9.2563
41.17350.44251.55882.2535-1.45184.06140.7452-0.13020.45630.1995-1.35960.3398-0.4309-0.66690.45041.24850.18410.36531.3238-0.15480.830418.3344-59.56114.4838
55.74831.29660.56663.26790.07591.72210.0251-0.33290.15560.9104-0.0057-0.2069-0.2824-0.3690.10631.11240.4440.10040.82670.01250.626434.0029-57.5171-5.9798
62.0224-1.1730.12841.5806-1.2515.69320.2254-0.48230.64150.4935-0.5310.0272-0.5421-0.23530.19650.9790.1247-0.04030.5074-0.03430.52387.0595-0.21663.9811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 138 through 252 )A138 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 253 through 548 )A253 - 548
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 58 )B2 - 58
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 59 through 78 )B59 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 79 through 139 )B79 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 29 through 38 )C29 - 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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