PDB-6l7h: crystal structure of GgCGT in complex with UDP and Nothofagin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l7h

タイトル

crystal structure of GgCGT in complex with UDP and Nothofagin

要素

GgCGT1

キーワード

TRANSFERASE / di-C-glycosyltransferase

機能・相同性

Chem-E7F / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Glycyrrhiza glabra (マメ科)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhang, M. / Li, F.D. / Ye, M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Functional Characterization and Structural Basis of an Efficient Di-C-glycosyltransferase fromGlycyrrhiza glabra.
著者: Zhang, M. / Li, F.D. / Li, K. / Wang, Z.L. / Wang, Y.X. / He, J.B. / Su, H.F. / Zhang, Z.Y. / Chi, C.B. / Shi, X.M. / Yun, C.H. / Zhang, Z.Y. / Liu, Z.M. / Zhang, L.R. / Yang, D.H. / Ma, M. / Qiao, X. / Ye, M.

履歴

登録	2019年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l7h.cif.gz	119.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l7h.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l7h_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l7h_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6l7h_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	6l7h_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l5pSC 6l5qC 6l5rC 6l5sC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l5s-d 6aav-1 5h06-3 3wy3-2 4ml8-4 6lr8-d 3wy3-1 2wy0-d 3vnq-d 1f34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GgCGT1

ヘテロ分子

53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.193, 71.306, 110.022
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GgCGT1 分子量: 52093.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycyrrhiza glabra (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-E7F / 1-[3-[(2S,3R,4R,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]-2,4,6-tris(oxidanyl)phenyl]-3-(4-hydroxyphenyl)propan-1-one / ノトファギン分子量: 436.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄O₁₀
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-Tris, pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54056 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54056 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→59.838 Å / Num. all: 39867 / Num. obs: 39867 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.107 / R_sym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 256181

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.9	4.6	0.621	1.2	26316	5750	0.322	0.703	0.621	2.1	99.3
1.9-2.01	5	0.474	1.5	27536	5477	0.239	0.533	0.474	3.3	99.8
2.01-2.15	5.4	0.287	2.6	28061	5176	0.137	0.319	0.287	5.3	100
2.15-2.32	5.8	0.205	3.5	28119	4813	0.093	0.226	0.205	8	99.9
2.32-2.55	6.3	0.146	5	28297	4468	0.063	0.159	0.146	10.6	100
2.55-2.85	7	0.107	6.6	28551	4061	0.043	0.116	0.107	14.1	100
2.85-3.29	7.9	0.072	9.7	28307	3590	0.027	0.078	0.072	20.5	100
3.29-4.02	9	0.052	11.9	27582	3070	0.018	0.055	0.052	31.8	100
4.02-5.69	10.5	0.044	13.4	25618	2433	0.014	0.046	0.044	39.8	100
5.69-9.002	7.6	0.057	10.2	7794	1029	0.022	0.061	0.057	28.5	74.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
CrysalisPro		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6L5P

6l5p

解像度: 1.8→9.002 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2193	1973	4.96 %
R_work	0.1692	-	-
obs	0.1717	39795	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.56 Å² / B_iso mean: 19.5475 Å² / B_iso min: 3.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→9.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3508	0	77	559	4144
B_iso mean	-	-	13.87	29.18	-
残基数	-	-	-	-	453

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8447	0.2799	128	0.2176	2614	2742	99
1.8447-1.8941	0.2519	121	0.2095	2698	2819	100
1.8941-1.9493	0.2894	139	0.2267	2678	2817	100
1.9493-2.0115	0.2748	121	0.2125	2657	2778	99
2.0115-2.0826	0.2521	148	0.1896	2697	2845	100
2.0826-2.1648	0.2326	143	0.1772	2664	2807	100
2.1648-2.2619	0.2349	151	0.1706	2668	2819	100
2.2619-2.379	0.2346	148	0.174	2681	2829	100
2.379-2.525	0.2068	152	0.1685	2675	2827	100
2.525-2.715	0.2165	152	0.1705	2712	2864	100
2.715-2.9792	0.2482	148	0.171	2717	2865	100
2.9792-3.39	0.1865	138	0.162	2744	2882	100
3.39-4.1976	0.1786	152	0.1364	2754	2906	100
4.1976-9.002	0.1966	132	0.1468	2863	2995	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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