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- PDB-6l0r: Crystal Structure of the O-Phosphoserine Sulfhydrylase from Aerop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l0r
タイトルCrystal Structure of the O-Phosphoserine Sulfhydrylase from Aeropyrum pernix Complexed with O-Acetylserine
要素Protein CysO
キーワードTRANSFERASE / CYSTEINE BIOSYNTHESIS / SULFHYDRYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phosphoserine sulfhydrylase / O-phosphoserine sulfhydrylase activity / cystathionine beta-synthase / cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E1R / Protein CysO
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Nakabayashi, M. / Takeda, E. / Ishikawa, K. / Nakamura, T.
引用ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2021
タイトル: Identification of amino acid residues important for recognition of O-phospho-l-serine substrates by cysteine synthase.
著者: Takeda, E. / Matsui, E. / Kiryu, T. / Nakagawa, T. / Nakabayashi, M. / Ishikawa, K. / Nakamura, T.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CysO
B: Protein CysO
C: Protein CysO
D: Protein CysO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,33210
ポリマ－167,5914
非ポリマー1,7416
水1,20767
1
A: Protein CysO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3923
ポリマ－41,8981
非ポリマー4942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
2
B: Protein CysO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2742
ポリマ－41,8981
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
3
C: Protein CysO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3923
ポリマ－41,8981
非ポリマー4942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
4
D: Protein CysO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2742
ポリマ－41,8981
非ポリマー3761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.460, 74.460, 275.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Protein CysO / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase / O-acetylserine sulfhydrylase / O-phosphoserine ...Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase / O-acetylserine sulfhydrylase / O-phosphoserine sulfhydrylase / Serine sulfhydrase


分子量: 41897.637 Da / 分子数: 4 / 変異: K127A, F225Y, R297A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)
株: K1 / 遺伝子: cysO, APE_1586 / プラスミド: pET3D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q9YBL2, cystathionine beta-synthase, cysteine synthase, O-phosphoserine sulfhydrylase
#2: 化合物
ChemComp-E1R / (2S)-3-acetyloxy-2-[(E)-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]propanoic acid


分子量: 376.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17N2O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium N-2-hydroxyethylpiperazine-N'-2-ethanesulfonate buffer, pH 8.2 (7.9), 29% (v/v) 2-propanol, 13% (11%) (v/v) polyethylene glycol 4,000, and 11 mM TCEP-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→74.46 Å / Num. obs: 139467 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.79→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.835 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 20355

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B3A

5b3a


解像度: 1.79→74.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1701 / WRfactor Rwork: 0.163 / FOM work R set: 0.951 / SU B: 1.127 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.0988 / SU Rfree: 0.0816 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1498 6914 5 %RANDOM
Rwork0.1454 ---
obs0.1457 132444 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.46 Å2 / Biso mean: 24.612 Å2 / Biso min: 6.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→74.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11624 0 116 67 11807
Biso mean--38.06 45.99 -
残基数----1528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911978
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.98716276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0713.00126486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.33551524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38222.937504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.816151908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8415108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022664
LS精密化 シェル解像度: 1.794→1.841 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 550 -
Rwork0.227 9783 -
all-10333 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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