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万見
- PDB-6k41: cryo-EM structure of alpha2BAR-GoA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k41
タイトルcryo-EM structure of alpha2BAR-GoA complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Alpha-2A adrenergic receptor,Endolysin,Alpha-2B adrenergic receptor,Alpha-2B adrenergic receptor
  • scFv
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Complex / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


Adrenoceptors / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / Surfactant metabolism / Activation of the phototransduction cascade / Olfactory Signaling Pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor ...Adrenoceptors / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / Surfactant metabolism / Activation of the phototransduction cascade / Olfactory Signaling Pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / G beta:gamma signalling through BTK / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / negative regulation of norepinephrine secretion / G alpha (s) signalling events / negative regulation of epinephrine secretion / Ca2+ pathway / G-protein activation / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (12/13) signalling events / G alpha (q) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / heterotrimeric G-protein binding / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of blood pressure / G alpha (i) signalling events / dopaminergic synapse / mu-type opioid receptor binding / fear response / vesicle docking involved in exocytosis / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / thioesterase binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / norepinephrine binding / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / Adrenoceptors / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / adrenergic receptor signaling pathway / spectrin binding / positive regulation of wound healing / G alpha (i) signalling events / regulation of heart contraction / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / parallel fiber to Purkinje cell synapse / phototransduction, visible light / photoreceptor outer segment / regulation of vasoconstriction / negative regulation of lipid catabolic process / viral release from host cell by cytolysis / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cardiac muscle cell apoptotic process / peptidoglycan catabolic process / photoreceptor inner segment / positive regulation of neuron differentiation / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / muscle contraction / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / female pregnancy / platelet activation / negative regulation of insulin secretion / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels
類似検索 - 分子機能
Alpha 2B adrenoceptor / Alpha 2A adrenoceptor / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : ...Alpha 2B adrenoceptor / Alpha 2A adrenoceptor / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / G-protein alpha subunit, group I / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Few Secondary Structures / Irregular / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Lysozyme-like domain superfamily / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZX / Endolysin / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Alpha-2B adrenergic receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Alpha-2A adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Bos taurus (ウシ)
Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yuan, D. / Liu, Z. / Wang, H.W. / Kobilka, B.K.
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Activation of the α adrenoceptor by the sedative sympatholytic dexmedetomidine.
著者: Daopeng Yuan / Zhongmin Liu / Jonas Kaindl / Shoji Maeda / Jiawei Zhao / Xiaoou Sun / Jun Xu / Peter Gmeiner / Hong-Wei Wang / Brian K Kobilka /
要旨: The α adrenergic receptors (αARs) are G protein-coupled receptors (GPCRs) that respond to adrenaline and noradrenaline and couple to the Gi/o family of G proteins. αARs play important roles in ...The α adrenergic receptors (αARs) are G protein-coupled receptors (GPCRs) that respond to adrenaline and noradrenaline and couple to the Gi/o family of G proteins. αARs play important roles in regulating the sympathetic nervous system. Dexmedetomidine is a highly selective αAR agonist used in post-operative patients as an anxiety-reducing, sedative medicine that decreases the requirement for opioids. As is typical for selective αAR agonists, dexmedetomidine consists of an imidazole ring and a substituted benzene moiety lacking polar groups, which is in contrast to βAR-selective agonists, which share an ethanolamine group and an aromatic system with polar, hydrogen-bonding substituents. To better understand the structural basis for the selectivity and efficacy of adrenergic agonists, we determined the structure of the αAR in complex with dexmedetomidine and Go at a resolution of 2.9 Å by single-particle cryo-EM. The structure reveals the mechanism of αAR-selective activation and provides insights into Gi/o coupling specificity.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年4月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年4月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年4月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年4月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年4月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月13日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9911
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
R: Alpha-2A adrenergic receptor,Endolysin,Alpha-2B adrenergic receptor,Alpha-2B adrenergic receptor
H: scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,6206
ポリマ－177,4205
非ポリマー2001
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10530 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area47910 Å2

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha


分子量: 40100.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAO1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P09471
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38402.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnb1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P62874
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P59768

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タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 3分子 RH

#4: タンパク質 Alpha-2A adrenergic receptor,Endolysin,Alpha-2B adrenergic receptor,Alpha-2B adrenergic receptor / Alpha-2A adrenoreceptor / Alpha-2AAR / Alpha-2D adrenergic receptor / Lysis protein / Lysozyme / ...Alpha-2A adrenoreceptor / Alpha-2AAR / Alpha-2D adrenergic receptor / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Alpha-2 adrenergic receptor subtype C2 / Alpha-2B adrenoreceptor / Alpha-2BAR / Alpha-2 adrenergic receptor subtype C2 / Alpha-2B adrenoreceptor / Alpha-2BAR


分子量: 58156.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ), (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ADRA2A, e, RB59_126, ADRA2B, ADRA2L1, ADRA2RL1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q28838, UniProt: A0A097J809, UniProt: P18089, lysozyme
#5: 抗体 scFv


分子量: 32898.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾)
#6: 化合物 ChemComp-CZX / 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole


分子量: 200.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N2 / コメント: 薬剤*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: alpha2BAR-GoA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.15 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 258283 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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