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- PDB-6jn6: Metallo-Beta-Lactamase VIM-2 in complex with Dual MBL/SBL Inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jn6
タイトルMetallo-Beta-Lactamase VIM-2 in complex with Dual MBL/SBL Inhibitor MS19
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BY0 / FORMIC ACID / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Li, G.-B. / Liu, S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81874291 中国
National Natural Science Foundation of China81502989 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Based Development of (1-(3'-Mercaptopropanamido)methyl)boronic Acid Derived Broad-Spectrum, Dual-Action Inhibitors of Metallo- and Serine-beta-lactamases.
著者: Wang, Y.L. / Liu, S. / Yu, Z.J. / Lei, Y. / Huang, M.Y. / Yan, Y.H. / Ma, Q. / Zheng, Y. / Deng, H. / Sun, Y. / Wu, C. / Yu, Y. / Chen, Q. / Wang, Z. / Wu, Y. / Li, G.B.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,64216
ポリマ－49,3592
非ポリマー1,28314
水7,548419
1
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3218
ポリマ－24,6791
非ポリマー6417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3218
ポリマ－24,6791
非ポリマー6417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.510, 79.236, 67.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / BlaVIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / ...BlaVIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 class B beta-lactamase / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 metallo beta-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 24679.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BY0 / [(1S)-2-(1-benzofuran-3-yl)-1-[[(2S)-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]ethyl]boronic acid


分子量: 307.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18BNO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium Formate, 23-30% (v/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 53601 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 12.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.824 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 288867
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.633.80.36426000.8680.2030.4190.88497.1
1.63-1.664.20.33826500.8890.180.3840.86498.4
1.66-1.694.60.30726500.9090.1570.3460.86598.9
1.69-1.724.80.28726530.9280.1420.3210.88898.9
1.72-1.764.90.26126940.9410.1290.2910.89499.1
1.76-1.84.80.23726350.9340.1170.2650.90399.2
1.8-1.855.10.21926750.9460.1060.2440.89999.4
1.85-1.95.60.18926650.9520.0870.2090.8899.6
1.9-1.955.70.17426820.9540.080.1920.86299.6
1.95-2.025.70.1526670.970.0690.1660.89499.7
2.02-2.095.60.13327000.9660.0620.1470.86199.6
2.09-2.175.40.11726920.9680.0560.130.83199.9
2.17-2.275.70.11126730.9760.0510.1220.81499.7
2.27-2.3960.10126800.9770.0460.1110.78999.6
2.39-2.5460.09426800.9710.0430.1030.794100
2.54-2.745.70.08727070.9650.0410.0960.756100
2.74-3.015.80.07926880.9780.0360.0870.74199.9
3.01-3.456.20.07627270.9730.0340.0840.718100
3.45-4.345.80.07327270.9740.0340.080.73100
4.34-506.10.07627560.9820.0340.0840.75399.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.32 Å38.91 Å
Translation6.32 Å38.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N4S

5n4s


解像度: 1.602→38.91 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1872 1980 3.72 %
Rwork0.1559 51308 -
obs0.1571 53288 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.18 Å2 / Biso mean: 17.407 Å2 / Biso min: 3.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.602→38.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3443 0 66 420 3929
Biso mean--32.54 27.98 -
残基数----462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d15001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8072120
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6019-1.6420.22461270.19213235336287
1.642-1.68640.22051370.18283608374597
1.6864-1.7360.2271400.16753660380099
1.736-1.7920.2111470.16473682382999
1.792-1.85610.20911460.15913668381499
1.8561-1.93040.20511400.15263676381699
1.9304-2.01820.18771450.156236893834100
2.0182-2.12460.19971390.151737173856100
2.1246-2.25770.2121460.15336933839100
2.2577-2.4320.17261360.149737073843100
2.432-2.67670.18421420.146837143856100
2.6767-3.06390.18961440.159837303874100
3.0639-3.85970.18141480.149937423890100
3.8597-38.92150.15121430.154937873930100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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