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- PDB-6jci: Crystal structure of Prolyl Endopeptidase from Haliotis discus ha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jci
タイトルCrystal structure of Prolyl Endopeptidase from Haliotis discus hannai with SUAM-14746
要素Prolyl endopeptidase
キーワードHYDROLASE / Serine protease family
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / : / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller ...Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / : / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BKO / Prolyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Haliotis discus hannai (エゾアワビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.493 Å
データ登録者Li, W. / Cao, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Haliotis discus hannai Prolyl Endopeptidase
著者: Li, W. / Cao, M.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5314
ポリマ－85,8801
非ポリマー6513
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.570, 104.840, 137.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Prolyl endopeptidase


分子量: 85880.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliotis discus hannai (エゾアワビ)
組織: Muscle / 遺伝子: PREP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1X9T5X9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-BKO / 1-[4-oxidanyl-2-(1,3-thiazolidin-3-ylcarbonyl)pyrrolidin-1-yl]-4-[2-[(~{E})-2-phenylethenyl]phenoxy]butan-1-one


分子量: 466.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N2O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.58 % / 解説: Rod like
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.65 / 詳細: 22% PEG3350,0.2 M ammonium citrate dibasic / PH範囲: 6.0 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Ambient temp details: Nitrogen steam / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 125569 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.41 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 18.03
反射 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / 冗長度: 5.84 % / Num. unique obs: 8856 / CC1/2: 0.716 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QFS

1qfs


解像度: 1.493→49.003 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1944 6278 5 %
Rwork0.1783 --
obs0.1791 125545 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.493→49.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5657 0 45 407 6109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6477949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2673479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041029
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.493-1.510.33451900.32953610X-RAY DIFFRACTION92
1.51-1.52770.31022070.30173934X-RAY DIFFRACTION99
1.5277-1.54640.31762050.27923889X-RAY DIFFRACTION98
1.5464-1.5660.27672050.26123906X-RAY DIFFRACTION99
1.566-1.58660.26632070.24033924X-RAY DIFFRACTION99
1.5866-1.60830.26182060.2293908X-RAY DIFFRACTION99
1.6083-1.63130.22792090.21153965X-RAY DIFFRACTION99
1.6313-1.65560.22772050.19643909X-RAY DIFFRACTION99
1.6556-1.68150.23052100.19563972X-RAY DIFFRACTION99
1.6815-1.70910.24862050.19283900X-RAY DIFFRACTION99
1.7091-1.73850.22132080.1893953X-RAY DIFFRACTION99
1.7385-1.77010.22362080.18693958X-RAY DIFFRACTION99
1.7701-1.80420.19692100.18883981X-RAY DIFFRACTION99
1.8042-1.8410.18852070.1743950X-RAY DIFFRACTION99
1.841-1.88110.1782080.17533945X-RAY DIFFRACTION100
1.8811-1.92480.21152090.17083992X-RAY DIFFRACTION99
1.9248-1.9730.18642110.16773983X-RAY DIFFRACTION99
1.973-2.02630.15772070.15833958X-RAY DIFFRACTION100
2.0263-2.08590.17692110.16053994X-RAY DIFFRACTION100
2.0859-2.15330.20262090.1653979X-RAY DIFFRACTION99
2.1533-2.23020.18212120.16254023X-RAY DIFFRACTION100
2.2302-2.31950.19352100.17473981X-RAY DIFFRACTION100
2.3195-2.42510.19872110.17454021X-RAY DIFFRACTION100
2.4251-2.55290.19282130.17724040X-RAY DIFFRACTION100
2.5529-2.71290.19432100.18483987X-RAY DIFFRACTION100
2.7129-2.92230.17872130.17754048X-RAY DIFFRACTION100
2.9223-3.21630.18182130.1744056X-RAY DIFFRACTION100
3.2163-3.68160.18252150.16814085X-RAY DIFFRACTION100
3.6816-4.63790.17232170.15744129X-RAY DIFFRACTION100
4.6379-49.02920.19182270.18284287X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 109.5387 Å / Origin y: 6.8652 Å / Origin z: 158.5918 Å
111213212223313233
T0.1308 Å20.0029 Å20.0093 Å2-0.1285 Å20.0025 Å2--0.151 Å2
L0.2035 °20.0805 °20.0439 °2-0.5081 °20.0784 °2--0.2846 °2
S0.004 Å °0.0164 Å °0.0032 Å °-0.0038 Å °0.0087 Å °-0.0339 Å °0.0068 Å °0.0265 Å °-0.013 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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