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万見
- PDB-6iql: Crystal structure of dopamine receptor D4 bound to the subtype-se... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iql
タイトルCrystal structure of dopamine receptor D4 bound to the subtype-selective ligand, L745870
要素D(4) dopamine receptor,Soluble cytochrome b562,D(4) dopamine receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / DRD4 / L745870 / ligand / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine receptors / : / positive regulation of sodium:proton antiporter activity / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / : / response to histamine / : / epinephrine binding / dopamine neurotransmitter receptor activity / positive regulation of penile erection ...Dopamine receptors / : / positive regulation of sodium:proton antiporter activity / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / : / response to histamine / : / epinephrine binding / dopamine neurotransmitter receptor activity / positive regulation of penile erection / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / dopamine binding / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / G alpha (i) signalling events / regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of neurotransmitter secretion / olfactory learning / short-term memory / vesicle membrane / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / G protein-coupled serotonin receptor activity / inhibitory postsynaptic potential / positive regulation of kinase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / negative regulation of synaptic transmission / norepinephrine binding / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / arachidonic acid secretion / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / plasma membrane => GO:0005886 / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / associative learning / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / behavioral response to cocaine / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / GABA-ergic synapse / negative regulation of protein secretion / behavioral fear response / axon terminus / regulation of calcium-mediated signaling / response to amphetamine / adult locomotory behavior / electron transport chain / regulation of circadian rhythm / terminal bouton / SH3 domain binding / rhythmic process / cell cortex / chemical synaptic transmission / dendritic spine / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / heme binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dopamine D4 receptor / Dopamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L74 / Soluble cytochrome b562 / D(4) dopamine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhou, Y. / Cao, C. / Zhang, X.C.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910104 中国
National Natural Science Foundation of China31470745 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020301 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of dopamine receptor D4 bound to the subtype selective ligand, L745870.
著者: Zhou, Y. / Cao, C. / He, L. / Wang, X. / Zhang, X.C.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D(4) dopamine receptor,Soluble cytochrome b562,D(4) dopamine receptor
B: D(4) dopamine receptor,Soluble cytochrome b562,D(4) dopamine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7854
ポリマ－87,1312
非ポリマー6542
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area36110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.700, 142.000, 146.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 D(4) dopamine receptor,Soluble cytochrome b562,D(4) dopamine receptor / D(2C) dopamine receptor / Dopamine D4 receptor / Cytochrome b-562


分子量: 43565.680 Da / 分子数: 2 / 変異: F121W,C181R,P201I,M1007W,H1106L,P317A,G307A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of dopamine receptor D4 (residues 23-218), cytochrome b562 (residues 23-127), Linker and dopamine receptor D4 (residues 304-387).
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: Drd4, cybC / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): High5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P51436, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-L74 / 3-{[4-(4-chlorophenyl)piperazin-1-yl]methyl}-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine / L-745870


分子量: 326.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19ClN4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗精神病薬, アンタゴニスト*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES (pH 6.0), 50 mM ammonium citrate, 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. obs: 13628 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.427 % / Biso Wilson estimate: 161.8 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Rrim(I) all: 0.253 / Χ2: 0.837 / Net I/σ(I): 3.19
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.4-3.650.936710.55195
3.6-3.85.871.7213970.84198.9
3.8-45.832.8125000.887198.7
4-4.55.653.8716170.98198.5
4.5-55.34.8733160.955197.7
5-84.127.565420.981198.4
8-105.277.724240.987197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WIU, 1M6T

5wiu

1m6t


解像度: 3.5→20 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 636 4.99 %
Rwork0.306 --
obs0.307 12748 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 317.41 Å2 / Biso mean: 182.4523 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4967 0 46 0 5013
Biso mean--209.13 --
残基数----681
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.5003-3.770.43011180.3943233398
3.77-4.14840.40871250.37482403100
4.1484-4.74640.38811310.33362408100
4.7464-5.97130.36291250.3754241099
5.9713-200.29621370.254255899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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