PDB-6i4a: Structure of P. aeruginosa LpxC with compound 18d: (2R)-N-Hydroxy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i4a

タイトル

Structure of P. aeruginosa LpxC with compound 18d: (2R)-N-Hydroxy-4-(6-((1-(hydroxymethyl)cyclopropyl)buta-1,3-diyn-1-yl)-3-oxo-1H-pyrrolo[1,2-c]imidazol-2(3H)-yl)-2-methyl-2-(methylsulfonyl)butanamide

要素

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.251 Å

データ登録者

Surivet, J.-P. / Panchaud, P. / Specklin, J.-L. / Diethelm, S. / Blumstein, A.-C. / Gauvin, J.-C. / Jacob, L. / Masse, F. / Mathieu, G. / Mirre, A. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Novel Inhibitors of LpxC Displaying Potent in Vitro Activity against Gram-Negative Bacteria.
著者: Surivet, J.P. / Panchaud, P. / Specklin, J.L. / Diethelm, S. / Blumstein, A.C. / Gauvin, J.C. / Jacob, L. / Masse, F. / Mathieu, G. / Mirre, A. / Schmitt, C. / Lange, R. / Tidten-Luksch, N. / ...

履歴

登録	2018年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i4a.cif.gz	131.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i4a.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i46C 6i47C 6i48C 6i49C 2vesS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ovh-d 3nzk-2 2oog-4 3epp-1 4okg-2 7den-d 3up3-d 3qvb-d 5byj-d 6i49-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.071, 66.485, 63.193
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.648, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase 分子量: 33146.617 Da / 分子数: 1 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌) 遺伝子: lpxC, PLES_47851 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B7UZI4, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-H2Q / (2~{R})-4-[6-[4-[1-(hydroxymethyl)cyclopropyl]buta-1,3-diynyl]-3-oxidanylidene-1~{H}-pyrrolo[1,2-c]imidazol-2-yl]-2-methyl-2-methylsulfonyl-~{N}-oxidanyl-butanamide 分子量: 433.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₃O₆S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→36.003 Å / Num. obs: 14233 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.45 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC_1/2: 0.46 / R_rim(I) all: 1.25 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238 2018/15/10	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ves

2ves

解像度: 2.251→36.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 12.012 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.276 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2812	709	-
R_work	0.225	-	-
all	0.228	-	-
obs	-	14226	99.587 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.019 Å²	0 Å²	-0.473 Å²
2-	-	-1.512 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.541 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.251→36.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2287	0	31	71	2389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.986	1.671	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.303	1.602	5333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	15.677	5.222	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.152	21.967	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.571	15	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.551	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.133	2.901	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.133	2.9	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.973	4.339	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.973	4.339	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.072	3.064	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.071	3.064	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.857	4.539	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.856	4.54	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.661	33.333	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.594	33.34	2568

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.251-2.309	0.445	52	0.358	971	1040	98.3654	0.355
2.309-2.372	0.361	51	0.333	984	1037	99.8071	0.334
2.372-2.44	0.302	50	0.3	946	998	99.7996	0.298
2.44-2.515	0.371	48	0.313	906	956	99.7908	0.309
2.515-2.597	0.315	46	0.278	891	939	99.787	0.271
2.597-2.688	0.307	45	0.27	836	883	99.7735	0.262
2.688-2.789	0.309	44	0.231	846	894	99.5526	0.221
2.789-2.902	0.28	42	0.237	791	834	99.8801	0.222
2.902-3.03	0.337	40	0.235	770	812	99.7537	0.221
3.03-3.177	0.255	39	0.226	727	767	99.8696	0.21
3.177-3.347	0.276	36	0.205	695	732	99.8634	0.19
3.347-3.548	0.252	35	0.216	655	692	99.711	0.199
3.548-3.79	0.252	33	0.197	625	661	99.5461	0.182
3.79-4.09	0.267	30	0.177	582	612	100	0.163
4.09-4.475	0.204	29	0.162	546	575	100	0.149
4.475-4.994	0.276	24	0.17	468	492	100	0.161
4.994-5.748	0.24	24	0.198	447	473	99.5772	0.18
5.748-6.995	0.286	19	0.196	363	383	99.7389	0.179
6.995-9.711	0.181	15	0.173	294	310	99.6774	0.16
9.711-36.003	0.27	7	0.2	174	188	96.2766	0.198

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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