PDB-6i48: Structure of P. aeruginosa LpxC with compound 12: (2R)-4-(6-(2-Fl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i48

タイトル

Structure of P. aeruginosa LpxC with compound 12: (2R)-4-(6-(2-Fluoro-4-methoxyphenyl)-3-oxo-1H-pyrrolo[1,2-c]imidazol-2(3H)-yl)-N-hydroxy-2-methyl-2-(methylsulfonyl)butanamide

要素

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / : / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.196 Å

データ登録者

Surivet, J.-P. / Panchaud, P. / Specklin, J.-L. / Diethelm, S. / Blumstein, A.-C. / Gauvin, J.-C. / Jacob, L. / Masse, F. / Mathieu, G. / Mirre, A. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Novel Inhibitors of LpxC Displaying Potent in Vitro Activity against Gram-Negative Bacteria.
著者: Surivet, J.P. / Panchaud, P. / Specklin, J.L. / Diethelm, S. / Blumstein, A.C. / Gauvin, J.C. / Jacob, L. / Masse, F. / Mathieu, G. / Mirre, A. / Schmitt, C. / Lange, R. / Tidten-Luksch, N. / ...

履歴

登録	2018年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i48.cif.gz	127.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i48.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6i48_validation.pdf.gz	679 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i48_full_validation.pdf.gz	682.7 KB	表示
XML形式データ	6i48_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	6i48_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i46C 6i47C 6i49C 6i4aC 2vesS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ci7-d 7ci9-d 5e9j-1 6mod-d 4okg-1 7dem-d 7cib-d 4mdt-2 4fw3-1 4j3d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.583, 67.018, 63.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.761, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase 分子量: 33146.617 Da / 分子数: 1 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa LESB58 (緑膿菌) 遺伝子: lpxC, PLES_47851 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B7UZI4, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-H2H / (2~{R})-4-[6-(2-fluoranyl-4-methoxy-phenyl)-3-oxidanylidene-1~{H}-pyrrolo[1,2-c]imidazol-2-yl]-2-methyl-2-methylsulfonyl-~{N}-oxidanyl-butanamide 分子量: 439.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂FN₃O₆S
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 26-30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.196→45.931 Å / Num. obs: 28187 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.78 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 3.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / CC_1/2: 0.161 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238 2018/15/10	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ves

2ves

解像度: 2.196→45.931 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 13.75 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.242 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2688	756	-
R_work	0.2156	-	-
all	0.218	-	-
obs	-	15110	99.18 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.112 Å²	0 Å²	-0.271 Å²
2-	-	-1.355 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.474 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.196→45.931 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2279	0	35	9	2323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.812	1.66	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.294	1.589	5112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.333	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.822	22.105	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.12	15	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.776	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.135	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.655	4	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.656	3.999	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.887	6.004	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.886	6.005	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.978	4.266	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.977	4.266	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.509	6.278	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.508	6.279	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.218	46.54	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.216	46.544	2482

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.196-2.253	0.417	52	0.381	992	1122	93.0481	0.383
2.253-2.315	0.376	54	0.365	1025	1081	99.815	0.368
2.315-2.382	0.356	54	0.352	1018	1074	99.8138	0.355
2.382-2.455	0.384	50	0.331	955	1005	100	0.331
2.455-2.535	0.302	51	0.34	974	1027	99.8053	0.338
2.535-2.624	0.299	48	0.271	896	946	99.7886	0.264
2.624-2.722	0.28	47	0.254	903	952	99.7899	0.245
2.722-2.833	0.347	43	0.247	826	871	99.7704	0.234
2.833-2.959	0.255	44	0.227	834	880	99.7727	0.209
2.959-3.102	0.35	41	0.204	763	808	99.5049	0.183
3.102-3.269	0.237	39	0.191	756	799	99.4994	0.17
3.269-3.467	0.31	37	0.189	702	742	99.5957	0.17
3.467-3.705	0.275	35	0.196	657	696	99.4253	0.178
3.705-3.999	0.265	33	0.174	630	667	99.4003	0.157
3.999-4.378	0.205	29	0.156	557	590	99.322	0.145
4.378-4.889	0.183	28	0.137	518	551	99.0926	0.131
4.889-5.634	0.191	24	0.175	462	487	99.7947	0.167
5.634-6.875	0.294	21	0.189	398	419	100	0.18
6.875-9.615	0.165	16	0.162	304	323	99.0712	0.163
9.615-45.931	0.269	10	0.23	184	194	100	0.256

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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