PDB-6he1: Pseudomonas aeruginosa Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6he1

タイトル

Pseudomonas aeruginosa Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-methyluridine

要素

Serine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / Coil-coil / Beta barrel / tRNA Synthetase / Inhibitor / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

selenocysteine biosynthetic process / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Pang, L. / De Graef, S. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D.

資金援助

ベルギー, 3件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Binding of Natural Pyrimidine-Based Inhibitors of Class II Aminoacyl-tRNA Synthetases.
著者: Pang, L. / Nautiyal, M. / De Graef, S. / Gadakh, B. / Zorzini, V. / Economou, A. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Weeks, S.D.

履歴

登録	2018年8月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6he1.cif.gz	324.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6he1.ent.gz	261.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6he1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6he1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6he1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6he1_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	6he1_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6he1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6he1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hdzC 6he3C 6hhvC 6hhwC 6hhxC 6hhyC 6hhzC 6hi0C 6rltC 6rluC 6rlvC 6s30C 6sjcC 2dq3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hdz-d 6he3-d 6i4y-d 6ote-2 2w19-d 3j1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Serine--tRNA ligase

B: Serine--tRNA ligase

ヘテロ分子

95.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.948, 121.841, 65.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.830, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase 分子量: 47305.516 Da / 分子数: 2 / 断片: Seryl-tRNA Synthetase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: serS, ALP65_01227 / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS 参照: UniProt: A0A3P3Q1W7, UniProt: Q9I0M6*PLUS, serine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FZT / 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-methyluridine 分子量: 424.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₄O₁₀S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. ...詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. Suitable crystals were soaked with 2 mM 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-methyluridine in a solution similar to the crystallization condition but containing 22% v/v ethylene glycol.

結晶

マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.972422 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→91.09 Å / Num. obs: 64736 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 52.56 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.17	5.8	1.256	9288	0.742	0.559	1.377	96.1
6.5-91.09	5.5	0.03	2056	0.999	0.014	0.033	95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.6.2	データスケーリング
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER	1.13-2998	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Model generated using 2DQ3 as a template

2dq3

解像度: 2.22→32.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.199 / SU R_free Blow DPI: 0.163 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.168

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	2052	3.99 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.188	51413	97.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 177.85 Å² / B_iso mean: 58.74 Å² / B_iso min: 36.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.7459 Å²	0 Å²	5.591 Å²
2-	-	-9.3005 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.0464 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.22→32.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6098	0	82	173	6353
B_iso mean	-	-	52.06	58.19	-
残基数	-	-	-	-	801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2167	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	158	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	941	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	6288	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	823	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	7266	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	6288	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	8530	HARMONIC	2	1.11
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.52
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.79

LS精密化シェル

解像度: 2.22→2.28 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	163	4.27 %
R_work	0.2047	3658	-
all	0.2054	3821	-
obs	-	-	97.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.211	-5.1183	-0.8465	4.9985	0.3085	5.3732	0.0251	-0.0759	-0.5133	0.1244	0.0625	0.3912	0.6888	0.2371	-0.0876	0.6069	-0.0076	0.0497	0.2907	0.0143	0.3758	-31.0106	-30.2083	29.5797
2	0.4514	-0.7012	-2.318	0.1226	0.3131	8.1821	-0.2879	-0.0699	-0.1948	0.1047	-0.0937	0.1437	0.9845	-0.5014	0.3816	0.5385	-0.112	0.0461	0.681	-0.0769	0.4227	-36.308	-26.9378	59.9936
3	1.2509	0.4748	-3.0821	0.2975	-1.3236	7.5438	0.1009	-0.212	0.05	-0.0708	-0.1195	0.1134	0.0167	0.0964	0.0186	0.4423	0.0485	0.0547	0.649	-0.0025	0.4132	-31.9822	-20.414	58.3072
4	0.5785	0.1654	-0.1973	1.3967	-0.1037	0.8165	-0.0968	0.2201	-0.0811	-0.2105	0.1157	-0.2086	0.2009	0.0506	-0.0189	0.4675	-0.0203	-0.0052	0.5176	-0.0605	0.4002	-21.9281	-12.1271	1.2523
5	1.1227	0.2154	-0.3019	1.7396	-0.3885	1.2986	-0.0955	-0.0486	-0.0543	0.0614	0.0848	0.0674	-0.0836	-0.1576	0.0108	0.3736	0.0052	-0.0351	0.4058	-0.0013	0.3246	-32.3395	-4.8305	15.4433
6	0.5532	-0.2354	0.2521	1.5873	-0.1081	1.7414	-0.1089	0.1179	-0.0814	-0.1747	0.139	0.158	0.1889	-0.1941	-0.0301	0.3464	-0.0626	-0.0386	0.409	-0.0228	0.2852	-34.1121	-13.8858	6.1714
7	2.9237	-1.1824	0.1392	1.2437	-0.2051	2.514	-0.0526	-0.6401	0.3819	0.2285	0.2507	-0.4926	-0.2998	0.6006	-0.1981	0.5699	-0.0919	-0.1642	0.6134	-0.126	0.646	-4.4564	31.7223	19.6634
8	0.306	1.0327	-0.561	3.9183	-0.0714	0.9718	-0.0421	-0.0943	0.101	0.3151	0.2723	0.4156	-0.5029	-0.231	-0.2302	0.5114	0.1434	0.0207	0.5886	0.1237	0.4778	-45.0761	29.8959	14.1772
9	0.5614	0.4465	-0.7313	0.744	-0.0313	0.4337	-0.0427	-0.0617	-0.0855	0.4065	0.2579	0.4844	0.0767	-0.6118	-0.2152	0.4049	0.0721	0.0345	0.5317	0.092	0.3916	-43.8667	5.8531	22.3455
10	0.3663	-0.4372	-0.0849	1.0845	-0.853	1.6086	-0.1783	0.1718	0.1353	-0.0606	0.1462	-0.0735	-0.1804	-0.0391	0.0321	0.362	-0.0051	-0.0565	0.3737	0.0065	0.3233	-27.8512	11.9909	7.3754
11	0.7224	0.6609	-0.8438	2.5248	-0.9852	2.3947	-0.0701	0.0867	-0.1243	-0.007	0.0143	-0.4267	-0.0656	0.276	0.0558	0.3442	-0.0129	-0.0671	0.4202	-0.0103	0.4096	-15.3201	11.6537	11.797
12	1.7291	0.0423	-1.7042	0.7018	-0.7392	5.5282	-0.0274	-0.085	0.1909	0.1939	0.1328	0.0566	-0.0944	0.2262	-0.1054	0.4492	0.0137	-0.0428	0.4353	0.0119	0.4197	-30.9763	14.6311	16.4131
13	0.6597	-0.1227	-0.1407	1.3147	0.1429	1.1969	-0.0327	0.0431	0.1287	0.0713	0.1071	-0.0075	-0.3143	-0.0573	-0.0744	0.47	0.0365	-0.0466	0.4493	0.0667	0.3674	-31.4634	26.1689	9.4613
14	2.3786	0.5166	0.1138	1.8891	-0.239	1.514	0.0156	0.2189	0.0084	-0.0066	0.1256	-0.0087	-0.169	-0.0857	-0.1412	0.4007	0.0373	-0.0415	0.3861	0.0424	0.3127	-31.7001	18.6366	6.2534

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|26 }	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|27 - A\|64 }	A	27 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|65 - A\|102 }	A	65 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|103 - A\|166 }	A	103 - 166
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|167 - A\|281 }	A	167 - 281
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|282 - A\|426 }	A	282 - 426
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|1 - B\|116 }	B	1 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|117 - B\|138 }	B	117 - 138
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|139 - B\|166 }	B	139 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|167 - B\|213 }	B	167 - 213
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|214 - B\|253 }	B	214 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ B\|254 - B\|281 }	B	254 - 281
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ B\|282 - B\|357 }	B	282 - 357
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ B\|358 - B\|426 }	B	358 - 426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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