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Yorodumi- PDB-6he1: Pseudomonas aeruginosa Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6he1 | ||||||||||||
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Title | Pseudomonas aeruginosa Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-methyluridine | ||||||||||||
Components | Serine--tRNA ligase | ||||||||||||
Keywords | LIGASE / Coil-coil / Beta barrel / tRNA Synthetase / Inhibitor / Complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information selenocysteine biosynthetic process / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.22 Å | ||||||||||||
Authors | Pang, L. / De Graef, S. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D. | ||||||||||||
Funding support | Belgium, 3items
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Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2020 Title: Structural Insights into the Binding of Natural Pyrimidine-Based Inhibitors of Class II Aminoacyl-tRNA Synthetases. Authors: Pang, L. / Nautiyal, M. / De Graef, S. / Gadakh, B. / Zorzini, V. / Economou, A. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Weeks, S.D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6he1.cif.gz | 324.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6he1.ent.gz | 261.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6he1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6he1_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6he1_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6he1_validation.xml.gz | 29.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6he1_validation.cif.gz | 41.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6he1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/6he1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6hdzC 6he3C 6hhvC 6hhwC 6hhxC 6hhyC 6hhzC 6hi0C 6rltC 6rluC 6rlvC 6s30C 6sjcC 2dq3S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47305.516 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Seryl-tRNA Synthetase Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: serS, ALP65_01227 / Plasmid: pETRUK / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 (DE3) pLysS References: UniProt: A0A3P3Q1W7, UniProt: Q9I0M6*PLUS, serine-tRNA ligase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. ...Details: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. Suitable crystals were soaked with 2 mM 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)N3-methyluridine in a solution similar to the crystallization condition but containing 22% v/v ethylene glycol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.972422 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 8, 2018 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.972422 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→91.09 Å / Num. obs: 64736 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 52.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.5 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Model generated using 2DQ3 as a template Resolution: 2.22→32.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.199 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.168
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Displacement parameters | Biso max: 177.85 Å2 / Biso mean: 58.74 Å2 / Biso min: 36.39 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.22→32.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.22→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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