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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hdz | ||||||||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa Seryl-tRNA Synthetase in Complex with 5'-O-(N-(L-seryl)-Sulfamoyl)uridine | ||||||||||||
要素 | Serine--tRNA ligase | ||||||||||||
キーワード | LIGASE / Coil-coil / Beta barrel / tRNA Synthetase / Inhibitor / Complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 selenocysteine biosynthetic process / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Pang, L. / De Graef, S. / Strelkov, S.V. / Weeks, S.D. | ||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 3件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Structural Insights into the Binding of Natural Pyrimidine-Based Inhibitors of Class II Aminoacyl-tRNA Synthetases. 著者: Pang, L. / Nautiyal, M. / De Graef, S. / Gadakh, B. / Zorzini, V. / Economou, A. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Weeks, S.D. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hdz.cif.gz | 327.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hdz.ent.gz | 262.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hdz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6hdz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hdz_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6hdz_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hdz_validation.cif.gz | 46.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/6hdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/6hdz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6he1C 6he3C 6hhvC 6hhwC 6hhxC 6hhyC 6hhzC 6hi0C 6rltC 6rluC 6rlvC 6s30C 6sjcC 2dq3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47305.516 Da / 分子数: 2 / 断片: Seryl-tRNA Synthetase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: serS, ALP65_01227 / プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS 参照: UniProt: A0A3P3Q1W7, UniProt: Q9I0M6*PLUS, serine-tRNA ligase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. ...詳細: Holo protein, concentrated to 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5mM DTT, was mixed with an equal volume of 100 mM Tris pH 8, 200 mM NaCl, 23% w/v PEG 3350 and 5% v/v ethylene glycol. Suitable crystals were soaked with 2 mM 5'-O-(N-(L-seryl)-sulfamoyl)uridine in a solution similar to the crystallization condition but containing 22% v/v ethylene glycol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.972422 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→91.47 Å / Num. obs: 78548 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 44.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 453673 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Model generated using 2DQ3 as a template 解像度: 2.06→91.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.14
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原子変位パラメータ | Biso max: 286.97 Å2 / Biso mean: 49.39 Å2 / Biso min: 30.32 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.06→91.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.06→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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