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Yorodumi- PDB-6h8h: Molybdenum storage protein - in a recombinant and in vivo-like form -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h8h | ||||||
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Title | Molybdenum storage protein - in a recombinant and in vivo-like form | ||||||
Components | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / polyoxomolybdate cluster / molybdenum storage protein / bionanolab | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Azotobacter vinelandii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.901 Å | ||||||
Authors | Ermler, U. / Bruenle, S. | ||||||
Citation | Journal: J. Inorg. Biochem. / Year: 2018 Title: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters. Authors: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6h8h.cif.gz | 230.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6h8h.ent.gz | 180.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6h8h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6h8h_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6h8h_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | 6h8h_validation.xml.gz | 23.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6h8h_validation.cif.gz | 32.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8h | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6gwbC 6h6wC 6h73C 6h74C 6h8bC 4ndoS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 28247.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Azotobacter vinelandii (bacteria) / Gene: mosB, Avin_43210 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P84253 |
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#2: Protein | Mass: 29245.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Azotobacter vinelandii (bacteria) / Gene: mosA, Avin_43200 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P84308 |
-Non-polymers , 9 types, 257 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FUQ / | #5: Chemical | ChemComp-GX2 / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-ATP / | #8: Chemical | ChemComp-MG / | #9: Chemical | ChemComp-MOO / | #10: Chemical | ChemComp-M27 / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.06 Å3/Da / Density % sol: 69.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M sodium citrate, 1 M NH4H2PO4, 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 11, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 141946 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / CC1/2: 0.735 / Rsym value: 1.276 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NDO Resolution: 1.901→46.942 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / Phase error: 22.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.901→46.942 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 42.543 Å / Origin y: 19.9155 Å / Origin z: 28.1741 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |