PDB-6h4r: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17f

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h4r

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17f

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Histone demethylase / Inhibitor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: C8-substituted pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-ones: Studies towards the identification of potent, cell penetrant Jumonji C domain containing histone lysine demethylase 4 subfamily (KDM4) ...
著者: Le Bihan, Y.V. / Lanigan, R.M. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Velupillai, S. / Malcolm, A.G. / England, K.S. / Ruda, G.F. / Mok, N.Y. / Tumber, A. / Tomlin, K. / Saville, H. / Shehu, E. / ...

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h4r.cif.gz	576.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h4r.ent.gz	475.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h4oC 6h4pC 6h4qC 6h4sC 6h4tC 6h4uC 6h4vC 6h4wC 6h4xC 6h4yC 6h4zC 6h50C 6h51C 6h52C 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h4o-2 5vmp-1 6h4p-3 5anq-1 6h4t-1 5fpv-3 5fyc-1 6cg2-3 5f3i-1 6u69-d 6cg2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.114, 101.468, 142.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 6種, 757分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FQB / 8-[4-[2-[4-[4-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 471.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→49.29 Å / Num. obs: 89600 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.79 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 2.047 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4579 / CC_1/2: 0.397 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2oq7

2oq7

解像度: 2.14→49.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.202 / SU R_free Blow DPI: 0.168 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.169

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	4548	5.08 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.181	89577	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0602 Å²	0 Å²	1.7956 Å²
2-	-	-1.7348 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3254 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.14→49.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10690	0	131	741	11562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11347	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	15469	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3666	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		217	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1778	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11347	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		6	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.47
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1439	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		26	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13637	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.14→2.2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	303	4.59 %
R_work	0.2118	6294	-
all	0.2127	6597	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7229	0.3849	-0.6329	6.2045	1.9427	3.255	0.0992	-0.026	0.3619	-0.1826	-0.0055	0.1919	-0.501	-0.3113	-0.0937	0.1138	0.0121	0.1734	-0.178	-0.0405	-0.0736	-32.5723	0.9328	-11.2595
2	2.9616	-0.1656	1.1136	2.5106	1.1746	2.2354	0.2345	-0.0966	-0.0579	0.1143	-0.1601	0.1964	0.1194	-0.1481	-0.0745	-0.0094	-0.08	0.0361	-0.098	-0.0337	-0.1572	-28.4429	-26.4886	-12.9654
3	2.0421	-0.2461	-0.245	1.7286	0.7172	1.3275	0.196	0.1121	0.2631	-0.2374	0.0602	-0.1111	-0.2672	0.0286	-0.2562	0.0484	-0.0563	0.1099	-0.1007	-0.043	-0.143	-22.8537	-13.2706	-14.3728
4	4.3683	0.6046	-1.1818	4.4385	-0.8632	3.054	-0.0317	0.4705	0.4787	-0.3163	0.0735	-0.1557	-0.3063	0.4602	-0.0418	0.2064	-0.1663	0.2346	-0.1772	0.0742	-0.2278	-14.6292	3.566	-23.5848
5	2.0719	-1.0607	-1.6476	4.5902	-1.5439	4.5493	0.0224	-0.0577	0.4316	0.0007	-0.1551	-0.3702	-0.5109	0.3979	0.1327	0.0352	-0.059	0.0458	-0.0959	0.0157	-0.0768	-13.1886	-36.5108	-56.8063
6	1.5351	0.2203	0.2539	1.1774	-0.1636	1.4206	0.0657	-0.0503	-0.0841	0.0133	-0.0409	-0.1413	0.0859	0.1182	-0.0248	0.0366	0.0472	-0.0022	-0.071	-0.0121	-0.1601	-21.5071	-55.0441	-55.6094
7	1.6614	-0.8442	-0.1267	1.9594	2.3683	5.2443	0.1156	-0.2173	0.1908	0.1181	-0.1462	-0.0138	-0.412	-0.5409	0.0305	0.0877	0.048	0.0029	-0.0438	-0.0625	-0.1801	-31.8736	-35.4239	-42.5484
8	1.6427	1.1231	-0.2358	3.3533	-1.2404	2.8997	-0.1386	0.0742	-0.4259	-0.3082	0.0587	-0.3883	0.5107	0.4216	0.0799	-0.0425	0.0999	0.0668	-0.0343	0.0931	-0.1174	8.826	-57.5628	-17.594
9	7.2397	-0.3258	-2.4252	2.1268	-0.9916	5.8457	0.054	-0.1215	0.5868	0.1893	0.1259	-0.0246	-0.4045	0.2117	-0.1798	-0.0587	-0.0637	-0.039	-0.1674	-0.0084	-0.0471	-1.5827	-35.9009	-10.6392
10	3.046	-0.1202	-1.1682	2.3753	-0.5832	2.3126	-0.2108	0.1258	-0.0796	-0.3285	0.1159	0.1374	0.4127	0.0258	0.0949	-0.0114	-0.0358	-0.0332	-0.0967	0.0702	-0.1919	-3.4663	-50.9743	-15.6199
11	0.6459	3.273	0.606	0.6265	-2.1735	2.6274	-0.0493	0.1429	-0.0405	-0.1622	-0.0174	0.0915	0.0786	-0.053	0.0667	0.2082	-0.1407	-0.1082	-0.1104	-0.0803	-0.0973	-14.2882	-60.8658	-22.4953
12	-0.4787	2.5951	1.5403	3.2465	2.1421	1.4944	-0.0139	0.147	-0.4255	-0.0951	-0.0523	0.1954	0.212	-0.1715	0.0662	0.2791	-0.1404	0.0656	-0.1989	-0.0823	-0.1473	-11.1322	-73.2557	-22.5635
13	3.1058	1.2357	0.6348	4.39	2.2253	4.1901	-0.0336	-0.4479	-0.2462	0.4495	-0.0958	0.3962	0.5223	-0.6259	0.1294	-0.0085	-0.0249	0.0538	-0.009	0.0667	-0.2685	-54.4973	5.4611	-53.7624
14	6.7293	0.7392	-1.7602	2.6472	1.6901	7.1359	-0.0321	-0.3064	0.5457	-0.0891	0.0703	0.1053	-0.5291	-0.1872	-0.0382	0.0675	0.1074	-0.0085	-0.2328	-0.059	-0.1316	-44.5578	28.0312	-58.4031
15	2.6385	0.4497	-1.1761	0.8243	2.2374	3.4483	-0.1211	-0.5008	0.2262	0.4274	0.1115	0.0136	-0.0109	-0.2545	0.0096	0.0321	0.1135	0.0037	0.0331	-0.062	-0.1756	-46.5346	21.6197	-49.908
16	2.8443	0.3663	-0.279	2.4085	0.5019	2.2864	-0.1012	-0.2777	-0.1056	0.2797	0.145	-0.2193	0.3017	-0.019	-0.0437	0.0364	0.0542	-0.0149	-0.0962	-0.0319	-0.231	-41.7862	11.3013	-56.8267
17	3.0347	-2.6343	-0.3994	1.2063	-1.9057	2.8731	-0.1116	-0.3725	-0.5688	0.3522	0.0474	-0.3413	0.4994	0.4666	0.0642	0.2816	0.1357	-0.0893	-0.2234	0.1109	-0.1364	-33.4885	-6.0606	-50.6047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|6 - 53}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|54 - 124}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|125 - 291}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|292 - 354}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|7 - 53}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|54 - 293}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|294 - 353}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{C\|10 - 70}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|71 - 124}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|125 - 293}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|294 - 317}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|318 - 354}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{D\|10 - 70}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{D\|71 - 124}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{D\|125 - 144}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|145 - 293}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|294 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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