PDB-6fug: Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(amin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fug

タイトル

Complement factor D in complex with the inhibitor 3-((3-((3-(aminomethyl)phenyl)amino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino)phenol

要素

Complement factor D

キーワード

HYDROLASE / SERINE PROTEASE / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / protein maturation / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Ostermann, N. / Vulpetti, A. / Maibaum, J. / Erbel, P. / Lorthiois, E. / Yoon, T. / Randl, S. / Ruedisser, S.

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Discovery and Design of First Benzylamine-Based Ligands Binding to an Unlocked Conformation of the Complement Factor D.
著者: Vulpetti, A. / Ostermann, N. / Randl, S. / Yoon, T. / Mac Sweeney, A. / Cumin, F. / Lorthiois, E. / Rudisser, S. / Erbel, P. / Maibaum, J.

履歴

登録	2018年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年11月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fug.cif.gz	261 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fug.ent.gz	209.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fug.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/6fug	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ftyC 6ftzC 6fuhC 6fuiC 6fujC 6futC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ij3-d 6ij5-d 1fn6-d 6nvb-2 6kuo-d 1utl-d 2x1r-1 5yns-d 3unr-d 4yta-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Complement factor D

B: Complement factor D

C: Complement factor D

D: Complement factor D

E: Complement factor D

F: Complement factor D

ヘテロ分子

151 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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3

C: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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5

E: Complement factor D

ヘテロ分子

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6

F: Complement factor D

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.523, 68.482, 73.380
Angle α, β, γ (deg.)	95.21, 116.70, 102.43
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	16 - 243	1 - 228
2	1	ALA	ALA	B	B	16 - 243	1 - 228
1	2	ALA	ALA	A	A	16 - 245	1 - 230
2	2	ALA	ALA	C	C	16 - 245	1 - 230
1	3	ALA	ALA	A	A	16 - 245	1 - 230
2	3	ALA	ALA	D	D	16 - 245	1 - 230
1	4	ALA	ALA	A	A	16 - 245	1 - 230
2	4	ALA	ALA	E	E	16 - 245	1 - 230
1	5	ALA	ALA	A	A	16 - 245	1 - 230
2	5	ALA	ALA	F	F	16 - 245	1 - 230
1	6	ALA	ALA	B	B	16 - 243	1 - 228
2	6	ALA	ALA	C	C	16 - 243	1 - 228
1	7	LEU	LEU	B	B	16 - 242	1 - 227
2	7	LEU	LEU	D	D	16 - 242	1 - 227
1	8	ALA	ALA	B	B	16 - 243	1 - 228
2	8	ALA	ALA	E	E	16 - 243	1 - 228
1	9	ALA	ALA	B	B	16 - 243	1 - 228
2	9	ALA	ALA	F	F	16 - 243	1 - 228
1	10	ALA	ALA	C	C	16 - 245	1 - 230
2	10	ALA	ALA	D	D	16 - 245	1 - 230
1	11	ALA	ALA	C	C	16 - 245	1 - 230
2	11	ALA	ALA	E	E	16 - 245	1 - 230
1	12	ALA	ALA	C	C	16 - 245	1 - 230
2	12	ALA	ALA	F	F	16 - 245	1 - 230
1	13	ALA	ALA	D	D	16 - 245	1 - 230
2	13	ALA	ALA	E	E	16 - 245	1 - 230
1	14	ALA	ALA	D	D	16 - 245	1 - 230
2	14	ALA	ALA	F	F	16 - 245	1 - 230
1	15	ALA	ALA	E	E	16 - 245	1 - 230
2	15	ALA	ALA	F	F	16 - 245	1 - 230

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D 分子量: 24739.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, PFD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物	ChemComp-E85 / 3-[[3-[[3-(aminomethyl)phenyl]amino]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl]amino]phenol 分子量: 347.374 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇N₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 100 mM TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50.8 Å / Num. obs: 52329 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.21→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 3.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→46.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 8.687 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.268 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25905	2617	5 %	RANDOM
R_work	0.22127	-	-	-
obs	0.22316	49708	94.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.556 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.01 Å²	-0.07 Å²
2-	-	0.31 Å²	-0.27 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.21→46.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9568	0	156	285	10009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	10077
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	9400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.987	13756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.017	3	21714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.997	5	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.831	23.197	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.969	15	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.364	15	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	11276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.458	4.094	5188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.458	4.093	5187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.236	6.112	6463
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.235	6.113	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.745	4.561	4889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.744	4.56	4890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.795	6.657	7284
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.356	48.389	10551
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.348	48.372	10523
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12776	0.05
1	2	B	12776	0.05
2	1	A	13012	0.04
2	2	C	13012	0.04
3	1	A	12986	0.04
3	2	D	12986	0.04
4	1	A	12820	0.05
4	2	E	12820	0.05
5	1	A	12832	0.05
5	2	F	12832	0.05
6	1	B	12978	0.04
6	2	C	12978	0.04
7	1	B	13012	0.05
7	2	D	13012	0.05
8	1	B	12974	0.04
8	2	E	12974	0.04
9	1	B	12942	0.05
9	2	F	12942	0.05
10	1	C	12952	0.05
10	2	D	12952	0.05
11	1	C	12752	0.05
11	2	E	12752	0.05
12	1	C	12768	0.05
12	2	F	12768	0.05
13	1	D	12920	0.05
13	2	E	12920	0.05
14	1	D	12910	0.05
14	2	F	12910	0.05
15	1	E	13068	0.04
15	2	F	13068	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	193	-
R_work	0.281	3660	-
obs	-	-	94.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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